Strain
Bat_LC469308
(Region: Japan:Tokyo, Okutama; Strain: Bat coronavirus Vs-CoV-1 genomic RNA, nearly complete genome.; Date: presumed 2019)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGTGGCTGGTGTGGTCGCGCAAGGTGCGCGCGACATGTATCGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTCAAGACCATGTGTCTCAAACTGTGTCATTCTGTGGCGCAGGAGACCTGGCTATGAAACTCTCACCTTGGTTTGCGGATGGCGAAACAGCCTGCAATACGGTGAAAGCTACTCTTAAGAACAAAGGGAAAATTCTCTTTGTGCCGGTCAAATTGGCCAGCTTTGTTAAGCATCTCCCAGGCCCTCGTGTCTACCTGGTTGAGAGGCTCACGGGTGGGAACTATTCCGACCCATTCATGGTTAGCCAACTGGCGTATAGCTCTAGTGCACGCGATGCCATTGTCGGCACTACCCTGCAGGGCAAGCCAGTTGGTTACTTCTTCCCTTATGACCCTGCACTTGAGACTGGTGACTACACCTTTCTCCTGCGCAAGGATGGATTCGGAGGTAATTACTTCCGCAAACCTCGTCCTAACCCGGATGAGGAAATTCCATTTGAACTCTTGGATGACCTCGAGGGCAACCCTAAGGGGAAGTATGCCAAGGGCCTGCTTAAGAAGTTGGTTGGTGGGGATTTTATTCCTATTGACCAGTTCATGTGTGGTAAGGACGGTGCACCTGTGCCTGACTACGCCACTTTGGCTGCTAGTGAGAATTTAATCTCACTGGCTGACGTTGCAACCGATGTTTCAGCCCGCGCTGATTCTGATGGTTACATCGATTTCAAGAGCAAACTTTACAGGATTGTTTGGCATGTTGAGCGTAAGAACGTTCCGTATGCCAAGCAAACCATCTTTACTATTAACAGTGTGGTTCAATGTGATGGCATTCAAGATGTGCCACCCCACACGTTTACTCTGGGAGGTAAGGTTGACTTGATTGTCCCACGTAACAAGTGGACAGGCAAGACAGCGCTTAACCTCAAACAGAAGATCCTTTACACCTTCTATGGAAAGGATGCTCTTGATAACCACTCTTACATCTACCATTCCGCCTATGCAGATTGCACTAGTTGTGGTAAGGGTAGTTGGCTCACAGGTAATGCTGTGCAAGGCTTTGCATGCGATTGTGGTGCACAATACTCGGCAAATGATGTCGAGCTTCAGTCTTCTGGAGTTGTTAACCCCAATGCTATCTTTTGTGCTACTTGCCCATTCGCAAAGGGTGATAGCTGCTCTTCCTCGTGCAAACACACTTTGGCTCAAATGGTTAGTCAACTGTCTGAGAAGTGTGATGTTGCACCTGATGGTAAATCATTCACTTTGGCATTTGGTGGCGTCGTTTACGCATACCTGGGGTGTCTTGAAGGTACTATGTACTTTATTCCTCGTGCTAAATCCATTGTCTCAAAGGTGGGTGATGCCATCTTCACTGGATGTGTAGGCACGTGGTCTAAGGTTGCTACTATCGCAAGCCTTTTCTTGGAGCAAACACAGCGTTCCTTGAATTTTGTCGGAGAGTTTGTGCTTAACGATGTCGTTCTTGCTATTCTCTCTGGCACCACTACTAATGTGGACAAGCTCCGTAATCTTGTTAAGCATCTAGATGTTGACAAGTTACGTGAGTATCTTGCTGGCTATGACATTGCTGTCACAGTTGGACCCTACCTTGATGGTGCCATTAATGTTGGTAAGCAAGGACTACAGTTTGCTGCCATTACAGCACCTTTTGTTGTTCTCACTGGTCTTGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAGCCATTCCGTATAAGGCATGCAAATCTATTAAAGAAACTCTGTTGTATTATGCTGAAAGCATTTTATACAGAGTTTTTCCGTATGAGATCTCGTCTGATGTCTCTACTTTTTCTGAACTGCTGTTAGACTGTGTTGGTTTTACAGCAGCATCATGCTATTTTGTAGTGCGACTGCTGGATGAGAAAGCCGAAGCACTTTTGTCCACTGTATTCTCTTCTTGTCAAGCTGCAGTTTCGAAGTTTCTTAATGGATGCTTCGAGGCTACAACTGCAACTGTCAACTTTCTTTTAGACCTTGCAAACCTTTTTAAGATCTTTCTTACGCAGGCCTATGTCTACACGACAACTGGCTTTGTTGCTGTAGGTTGCAAGGTTTCAAATCTTACTAAGCAGCTCTTGGAGATTCTGTCTAAAGCTATGCAGCTTTTACACACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTGCTAAAGTTAAGGCTGTTATTTACAACAGTAGGGAATCACTTGTTTTCCCTTCAGGTACTTACTATTGTGTGGCTGCTCGTGCTAATGCTGTGCAACAAGAGTTTAGCGCAGTATTGCCTGGGGAGCTTGCAAAGAAGCAATTAGGTTTGCTTGAACCTGTTCGCCATGCTACCACCGTGGATGTGCAAGTCCAAAATAAAGTGGTGGATGTAGTTGTTGGCCAACTTGAAGAAACTAATATGCATAGCCCAGACCTCATTGTAGGCGACTATGTTGTTATTAGTGATAAGCTTTTTGTGCGTTGTGAAGAGGATGGTCAGACTGTTTTCTATCCAATGTGCACTAATGGCCAAGCTGTTCCTACCTTATTCAGACTTAAGGGCGGAGCACCTATTAAGAAAGTCACTTTTGGCGATGAGGAAGTACATGAAGTGGCTGCAACAAGAAGTGTTACAGTCAAGTACAACATTCATGCTGTGCTAGACGCGCTGCTTTCAAATTCTAATCTTAGAATTTTTTCTGTTGACAAGTCTCTTACTGTCGAGGATTTTGTTGATGTCGTGAAGGACGAGGTTTGTGAGTTGCTCACTAAGCTTCTGCGCGGCGTTGCATTAGATGACTTTGACTTGGAGACTTTTATTGACACTCCATGCTACTGTTTTAACCAGGATGGTGATGTACAGTGGAGTTCTACTATGTTCTTTTCAACACACCCTGTAGAGTGTGATGATGAGAATGAGGAAGAGCCTGCAGACGATGAGGCTGAGGATTTTGACGAGTGTTCAGGTGACGAAGCCTGGGCTAGTCTTGTTGATGAGGCATTTCCTATGGATGACGATGAGGAGTCCATTGTAGATGAGCCTAAGCCTATTGAGCTCTGTACTGCCACAGAGCAACAAATTACTGTACAGGTGTTTGAGGCTAAAGCCTTTGAAACACCGGCAGTCAATTTTTGTAATGCTGTTAGTGTAGTCATTGACACACATACTGCTGATGTTATAGTTCGGGATGTAAAAATTGCACCCGAGCCACCAAAGCTGGAACAACCGCAAGTGTCAGCTGTGCAGGTTGAGGGCGACGCGTACGTACGGGTTCAGGCTACGTCTGAACCTGGACAGGCCGCTCTACCTGAGCCTGTTATGGCTGAGGATGGTGTTACAGCAGTTACTAAGCCTAAAGAGTCGCAAGAGCTTGCCATGCGGTCTCAGGGTGATGCATCAACGCAGGTTCAGGTTCAGCCTCAATCTGTTGCTGCCGCACAACCTGAGGTACCTGTGGGAGCCGTGACTCCAGCAGCTACTGCTAAACCGGAAATTCCGGCTTCTAGCAACTATGAAGCTGACGTGGAGGTTGAACAACCAGTTGTGCGACCTAAGGTAAAGACACCTAAGAAGCGCACTACTAAAAGTGTTTCGGCCGCTGCTAGTGATAGTGATACGTCAGTTGATCCTTTAGTAGCTTTTAAGCACAAGGTTTGCACTGATAGTGTTACACTTGTTTTGTGTGACGCTATTAAGCTAGCCAAGTGTTTTAAAGATTGTGTGTTGGTTAATGCCGCTAACACACATCTTAAACATGGTGGTGGTATTGCTGCTGCTATAAATAAGGCATCTCATGGCTCAGTGCAAATGGAGTCTGATGAGTATATTAACTCAAAAGGCCCATTGCAGGTTGGTGATGCTGTATTATTAAAGGGGCATGGTTTAGCCAAAAATATCCTCCATGTTGTTGGACCGGATATGCGTTCTAAACAAGATGTTTCTTTGCTTACTAAGTGTTACAAGGCTATGAATTCATATCCTTTAATTGTGACACCACTTGTATCTGCAGGCATTTTTGGAGTTGATCCTAAGGTGTCATTTGAGTATCTTCAGCGTGAGGCTAAGACGAGAATTCTGGTCGCCACCAATTCTGAAGATGTTTTTAACAAGCTTACAGAAGTTAAAGTGCCAGTTGGCTTAACTTTTTCTTATGATGGTCTTAAAGGCGGTATACGTAAGGCTAAAGATTATGGCTTTACGGTATTTGTCTGTATTGATAATTCTGCTAATACCAAGATCCTGCGTAGTAAGGGTGTTGATTACACTAAAAAGCAAGTTACAGTGGGCGGTGTCCATTACTATTGTTATAGTTCAAAGGACTTTCTGCCTGAACTTGTTTCTGCAGCTAATAGTACTAGAGGAATAATAGCTCATCCATTGGGATATATATCTCATGGTTTAGATCTTATGCAGGCTAGAGCTTTTGTTAAAATGGTACGTGTACCATATGTCTGCCTGCTTACTAATAAAGAGCAAGCTCTAGTTCTTACATCCACTGGTGAGCGTCTCTCTCCTGTAGATGAGTTTATAAAGCATGTTCAAGAGGAGGGCTCTTTTCATCATTGGCATCTTGTCAAGGGTGAGATCCTCCTTAACAATGCTATATATAACAAGTTGTTGCATTGGTCTGATCAAACCATTTGCTACAAAGACCAACAGCTCTTCGTGTTAAAGAACGGTTGTGCTTTACCATTTGAAGACCTTAATAAGTGTCGGACCTATTTGACTTCAAGGACGGCTCAGCAATTAACAATCGAAGTACTTGTTACGGTCGATGGTGTTAATTTTCGGACATGTGTCCTTAATAATCAAAGCACATACAGAGCACAAGTCGGTTGTGTTTTTCTTGATGGTGCCGATATATCCGATACCATTCCGGATGAACAGCAGAATGGTTTGGGTTTGTTTTTAGCCGACAATTTGTCTGCAGCTGAGAAGGATGTGCTTAAACAGTTATATGGCACTCCTGATGATACGTTCCTATACAGGTATTATTCCCT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Protein
MSSVAGVVAQGARDMYRAALNNEKRQDHVSQTVSFCGAGDLAMKLSPWFADGETACNTVKATLKNKGKILFVPVKLASFVKHLPGPRVYLVERLTGGNYSDPFMVSQLAYSSSARDAIVGTTLQGKPVGYFFPYDPALETGDYTFLLRKDGFGGNYFRKPRPNPDEEIPFELLDDLEGNPKGKYAKGLLKKLVGGDFIPIDQFMCGKDGAPVPDYATLAASENLISLADVATDVSARADSDGYIDFKSKLYRIVWHVERKNVPYAKQTIFTINSVVQCDGIQDVPPHTFTLGGKVDLIVPRNKWTGKTALNLKQKILYTFYGKDALDNHSYIYHSAYADCTSCGKGSWLTGNAVQGFACDCGAQYSANDVELQSSGVVNPNAIFCATCPFAKGDSCSSSCKHTLAQMVSQLSEKCDVAPDGKSFTLAFGGVVYAYLGCLEGTMYFIPRAKSIVSKVGDAIFTGCVGTWSKVATIASLFLEQTQRSLNFVGEFVLNDVVLAILSGTTTNVDKLRNLVKHLDVDKLREYLAGYDIAVTVGPYLDGAINVGKQGLQFAAITAPFVVLTGLGESFKKVAAIPYKACKSIKETLLYYAESILYRVFPYEISSDVSTFSELLLDCVGFTAASCYFVVRLLDEKAEALLSTVFSSCQAAVSKFLNGCFEATTATVNFLLDLANLFKIFLTQAYVYTTTGFVAVGCKVSNLTKQLLEILSKAMQLLHTKVSWAGAKVKAVIYNSRESLVFPSGTYYCVAARANAVQQEFSAVLPGELAKKQLGLLEPVRHATTVDVQVQNKVVDVVVGQLEETNMHSPDLIVGDYVVISDKLFVRCEEDGQTVFYPMCTNGQAVPTLFRLKGGAPIKKVTFGDEEVHEVAATRSVTVKYNIHAVLDALLSNSNLRIFSVDKSLTVEDFVDVVKDEVCELLTKLLRGVALDDFDLETFIDTPCYCFNQDGDVQWSSTMFFSTHPVECDDENEEEPADDEAEDFDECSGDEAWASLVDEAFPMDDDEESIVDEPKPIELCTATEQQITVQVFEAKAFETPAVNFCNAVSVVIDTHTADVIVRDVKIAPEPPKLEQPQVSAVQVEGDAYVRVQATSEPGQAALPEPVMAEDGVTAVTKPKESQELAMRSQGDASTQVQVQPQSVAAAQPEVPVGAVTPAATAKPEIPASSNYEADVEVEQPVVRPKVKTPKKRTTKSVSAAASDSDTSVDPLVAFKHKVCTDSVTLVLCDAIKLAKCFKDCVLVNAANTHLKHGGGIAAAINKASHGSVQMESDEYINSKGPLQVGDAVLLKGHGLAKNILHVVGPDMRSKQDVSLLTKCYKAMNSYPLIVTPLVSAGIFGVDPKVSFEYLQREAKTRILVATNSEDVFNKLTEVKVPVGLTFSYDGLKGGIRKAKDYGFTVFVCIDNSANTKILRSKGVDYTKKQVTVGGVHYYCYSSKDFLPELVSAANSTRGIIAHPLGYISHGLDLMQARAFVKMVRVPYVCLLTNKEQALVLTSTGERLSPVDEFIKHVQEEGSFHHWHLVKGEILLNNAIYNKLLHWSDQTICYKDQQLFVLKNGCALPFEDLNKCRTYLTSRTAQQLTIEVLVTVDGVNFRTCVLNNQSTYRAQVGCVFLDGADISDTIPDEQQNGLGLFLADNLSAAEKDVLKQLYGTPDDTFLYRYYSLKAKVAGWKMLVCDKARSLRLSDANCYMNVVIMMLDLLRDIRFTVPALQQAYIKHKGGDSTDFIALIMTYGNCTFGAPDDATRLLHIVLAKAELCVTARMVWREWCNVCGTKDVTFQGLKACCYVGMQTLDELRARTTYTCQCGGVRHRQLIEHNTPWLLLSGKPSEQTVSTATSPDFEAFNVFLGSETSVGHYVHVRVKDSLLYKYDSGSLTKASDWKCKVTDILYPGQKYTSDCNVVVYSLDGNTKAEVNPDLSAYYVKDGKYFTSKPPVSYSPATVIAGSVYTNSCLIAADGQVSGDPISLAFNNMLGYDPSKPTSKKYTYSVLPDETGDVLMAEYSTYDPIYKNGAMLNGKPVLWVSNGLFDAALSRFNRASIRQIYDPEPVELENKFTPLVVEDLPPIVKEVKPIIVNPPELKLVKCKGLKKPFVKDNFSFVDDSAGVTVVEYLTRDDMHQLYVDPKHQLIVLNDNFLSLLFGLHTVQSGDLSVIAANGSLTKKVRALFRASALFKEFASRTFQAASLVGRAVRFTARHCGTVASVFYSCYTIIKMLCLIPLNYFKSRGPVGTEVEVSALRTAGIVTGNVVKQCCTAAVDLTITKLQRIDWKASLRLLLVLCTTGLLLSSLYHLYIFNEVVSSDALLEDATGVTALYKEARSYLGITSACDGVARDYRANSFDISNYCANRSVLCKWCLLGQDSITHYSALKMVQTHLSHYVLNVDWMWFVLELLVAYALYTAAFNWVLLACTLQYFFSQTSLFVDWRSYNYVVSCIYLFFTHIPLDGLVRIYNVLACLWFLRRFYNHVINGCKDTACLLCYKRNRLTRVEASTVVCGAKRTFYITANGGTSFCRKHNWNCVECDVAGIGSTFICEEVANDLTTTLRRLVKPTDKSHYYVESVLVKDTAVQFTYDRDGQTCYERFPLCHFSNMDKLKFKEVCKSTTGIPEHNFIIYDASDRGQENLARSACVYYSQVLCKPILLVDSNLVTSVGDSCEIATKMFDSFVNSFVSLYNVTRDRLEKLISTARDGIKRGENLQPVLKTFIDAARGPAGVESDVETGEIVDAVQYAHKHDIQLTNEGYNNYVPSYVKPDSVATSDLGSLIDCNAASVNPANMRNANGACIWNAAAYFKLSDALKRQIRIACRKCNLNFRLTTSKLRAHDNLLSVRFSATKIVGGAPSWLTSLYSFTLKSYVCLTLLLVLCAVLMYFTLPTFNMETVEFYEDRTLEYKVLDNGVIRDITSGDKCFANKYRSFAQWYHEHVGGSFDNDITCPVTVAVIAGVAGARVPGVPTTLAWVKKQIVFFVSRVFANSPNVCYTPRSEIPYKSFSDSGCILPSECTMFRDAEGKMVPYCYDPTVLPGAHAYANMKPHVRYDMFEGNMFIKFPEVVFESTIRVTKTLSTQYCRFGSCEYAQEGVCITTNGSWAIFNDFHVNRPGVYCGFDYLDIVRRLALGVFQPITYFQLTTSLVLGIGLCAFMTLVFYYINKVKRALADYTQCAVIAVCATIMNSLCLCFVVACPLCVVPYTALYYYATFYFTNEPAFIMHLSWFVMFGAVVPVWTTCLYVVAMCFRHFFWVLAYFSRKHVDVFTDGKLNCTFQEAAANIFVVNKDTYVALRNSINADVYARYLAMFNKYKYFSGAMDTAAYREAAASHLAKALQTYSETGSDLLYQPPNCSITSGVLQSGLVKMSHPSGAVEACMVQVTCGSMTLNGLWLDNYVWCPRHVMCPADQLNDPNYDGLLISMTNHSFTVQKHVGAPANLRVVGHAMQGTLLKLTVDSPNPNTPAYTFTTVKPGASFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNHTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGNVINFCYMHQMELANGTHTGSSFDGNMYGAFQDRQVHQAQLTDKYCTVNIVAWLYAAILNGCTWFVKPSRTSVVSFNEWAMANQFTEFIGTHALDMLAVKTGVSVEQLLSAIQQLNQGFQGKQILGSSMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQSGVKKVTYGTFHWLLATLVLSYVAVLQCTKFTLWNYLFQTIPTQLTPLMIIVAACVMLLVKHKHTFLTLFLLPTALCLTYANIVYEPSTPVSSALIAVANWLAPNNMYMRTTHTDLGLYLSLSLALAVVVKRLYTPSLSNLALALCSLVMWVYTYSIGEHSSPVAYLVFVTTLTSDYTVTVFTAVNLAKFLTYLIYSYSPQTMLVFPEVKMILLMYTFIGYVCTCYFGVFSLLNFKLRSPMGVYDFKVSTQEFRYMTANGLHAPRNSWEAMALNFKLIGIGGTPCIKVASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWAYCVKCHNDILTAVDPTEAFEKFVCLFATLMTFSGNVDLDGLASDLFENSAVLQATLNEFSHLASFAELEAAQRSYQEALDSGDASPQVLKALQKAVNVAKNAYEKDKSVARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIIANARNGCIPLSIVPLCASNKLRVVIPDFTVWNQVVTYPALNYAGALWDIASINNVDNEIIKSSDVSENNEHLTWPLVLECTRAAASAVKLQNNEIRPTGLKTMVVTAGLDQTSFNINSLAYYEPIQGRKMLMGLLSENAYLKYAKVESQDGFVTIELQPPCKFLIAGPKGPEIRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVKLQAGSNTEFASNSSVLSLVTFTVDPKKAYMDFVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGRFVQIPSQCTRDPVGFCLTNDPCPLCQYWKGYGCNCDSLREAALPQSKDSNFLNESGVLL
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR013016
Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038123 NSP4_C_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5WKM
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host membrane
Topology
Length:
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Number of predicted TMHs:
14
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Total prob of N-in:
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3866 - 3888
outside
3889 - 4492
