Strain
Avian_LN610099
(Region: France; Strain: Guinea fowl coronavirus GfCoV/FR/2011 complete genome.; Date: )
Gene
1ab
Description
Annotated in NCBI,
1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGCATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTGTTCTTCTATACGTCACACAACCCCAAAGATTACGCTGAAGCTTTTGCCCTTAGGCAGAGGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAGTAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACTTCTAAGCTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTCTTGCACGTAAGTACCGTGAATTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTGGAAACACTGGAGGCTCGTGCACAAACTCTTGATGAAATTTTTGACCCCACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGTTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGATGCTCTTGGCTCTAATTTGAGTGCTCTCTTTCAAATTGTTAAAGAACAAATAGCCAGAATTTTTCAAAAGGCCCTGGCTATTTTTGAGAGTGTGAATGATTTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAAGTGCGCGAAATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGAAAAGACTCTTCTTGTTAAAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGTATTAATGGTGCTATTGCAAAGTTCTTTGAAGAACTGCCAACTGGCTTTATGGGATCTAAAGTTTTCACCACACTTGCTTTTTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGCACTAAGGGTTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAAGGCACACAAGTTGTTGTGCGTTGCATGCGGAATGACTTAACATTGCTTGACCAAAAAGCTGACATTCCCGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAGGAGTGGAGACCGGTTCTACGCGGCACCTCTTTCAGGAAATTTTGCATTGCATGATGTACATTGCTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTTTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTCCTTCTTGCTGCAATTTACTCATCTTTTAGTATATCAGAACTCATGGCGGCTCTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGCCACAAATTTGTGTACGCGAAGGATGCAGCAGTGTCGTTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTTCTAAAGCTGTTTCAATCAGCGCGTGTGAAGGTAGAAGATGTTTGGTCTTCATTCACTGAAAAGTCTTTTGAGTTCTGGAAGATTGCATATGGAAAAGTGCGCAACCTTGATGAATTTGTGAAGACACATTTTTGTAAGGCTCAAATGTCAATTGTTGTTTTAGCAGCAGTTCTTGGTGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCACAAACCATTTATAAAATAAGTGGTTTTTTCAGTAAAGTTGTTGATTTTTGTGAAAAACACTGGAAAGGTTTTTGTGTACAGTTGAAAAAAGTTAAGCTTGTTGTCACTGAAGCTTTTTGTGTTTTGAGGGGAGTGACGCAGCATTGTTTTCAACTGTTGCTAGACGCAATACATGCTATGTACAAGAGCTTTAAAAAATGTGCACTTGGTAGAATCCATGGAGATCTTTTCTTCTGGGAAGGAGGTGTACACAAAGTTGTTCAAGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCATTGATAGCATAGATGTTGAAGACCTGGGTGTTGTTAAAGAAAAACCGATTGATTTTGAGGTTTGCGATGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTACATGTTCTTCCGCTTCAAAAAGGCTGAGAACATTTATTACACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGCAAAACCGTTACCTTTGGAGACACTACAGTGATAGAACTACCGCCACCTGCTGTCGTTCTTATTAAGGTTAGCATTGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAGGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGACGACCTCAAGCTGTTTCCAGAGGCACCAGATCCTCCACCATTTGAGAATGTTGCCCTTGTTGATAAGAATGGTAAAGATTTGGAGTGCATAAAATCATGCTACCTTATTTACCGTGATTGTGAGAGCGATGACGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAAGAGTGTGACACCGATTCAGCTGATTCTGAAGCATGTGACACAGCCTCAGAGTGTGACGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAGGACCCAGCAAGTAATAAATACCCTCTGCCGCTTGATGATGATTATAGCGTCTATAATGGATGTCTTGTTCATAGAGACGCTTTTGATGTAGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTTAATAACTGTTTTGAGGGAGCTATTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTCCTAGGTGACTGGGGCGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTAAACAGGAACCAACCCAAATCACACTTGAGAAACCAATTGATGGTGTTTGTCACATAATGGCTGAACAAGCTGTTGTTAATGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGACAATTCTGAGATGATTGTTTATACACCTGCAGATCTGGAAGTTGTTAAGGAAACAGCAGGAGAACTAGATGAGTTTATTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTCGTGTCTCAAGAGAAAAATGAGCCACAGGTTGAGCAAGAGCCTACGCAAGTTGCTAAATCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAGAGTTAAACCATCTACATGTAAAAAGCCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTAACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTGAACGCCGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGTGTTGCCAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAGACTTATTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGAAAGCAACTTGCGTGAGAAGCTCGTTGCTGCTTACAAGAATGTTATTGTAGATGGCGTGTTTAATTATGTTGTGCCAGTTCTCTCTTCAGGAATCTTTGGTGTGGACTTTAAACTGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGCGACATACGCGTCCTTTTGTTTTCACTGAGTCAAGAACACATCAATTATTTTGATGTAACTTGTAAGCAGAAAACACTCTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCGGTTGTTGTAAAACCTGGTGACTCGCTGAGTCAATTCGGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGAAGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCGTTCACACTACTGACAAGACTGTTCTTGATTATTACCATTTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTTGCGCAGAAATGGGATGTCCAATACAGGGACAATTTTATTGTATTAGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGGTTAGCTCAGCAATAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAAGTGAAGTTTAGAGGTTATCTTGCAGAAGCGTGGGCCAAGTTATTAGGTGGAGATCCTACAGAATTTGTAGCTTGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTGTAGACGTCAATTGGCTTTTGGGTAATTTAGCAGAATATTTTGATGTAGATTATATGAATGCATTTCTTAAGAGGCGCGTATCATGCAATTGCGGTGTTAAGAGTTATGAGCTTAGGGGCCTTTCAGCTTGTATTCAACCAGTAAGGGCACCTAATCTTCTACATTTTAAGACGCAATACTCAAATTGCCCAACTTGTAGTTCAAGTAGTGTGGATGAAGTAATAGAAGCTTCGTTACCATACTTATTGCTCTTTGCTAACTATGGTCCTGCTACATTTGAGTGTGATGAGAGTGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGGTCTATTAAAAGTGGCCATTGTTATACACAAACTGTAGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAGAAGTAGAAGCTTTGGAAAGAAGTCGCCCTACATTACAGCAATGTATACACGCTTCTTTCTTAAGAGTGAAAGTCCTTTGCCTGTTGTCAAGCAGAGCCAGGGTAAAACTAAATTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTAGCAACTAGTTCAAAAGTTAGTTTTGATGATCTTACCGACTTTGAACAGTGGTACGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAGACACCTGAAAATTTAGATGGATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGCTGTTGACTTTAGGTCGAAGGATGGTTTCACTTATAAATTAATACCTGACATTGATGAAAATTCAAAAGCACCAATCTACTATCCAGTCTTGGACTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTGGAAGGTAGTGCTAATTTTGTTGTTGGGCATCCAAATTATTATAGTAAATCTCTCCGCATTCCTACTTTCTGGGAAAGTGCAGAGAGTTTTATTAAAATGGGTGATAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCGGAGCAACTTAATAAACCTAATCTTGAGAAAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGTTGGATC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Protein
MASSLKQGASPKPRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYAEAFALRQRFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKVTPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRELLKTACQWSLTVETLEARAQTLDEIFDPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRFVGEVTAKVMDALGSNLSALFQIVKEQIARIFQKALAIFESVNDLPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVEKTLLVKEFAGTCLASINGAIAKFFEELPTGFMGSKVFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRCMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFRSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLLLAAIYSSFSISELMAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVKVEDVWSSFTEKSFEFWKIAYGKVRNLDEFVKTHFCKAQMSIVVLAAVLGEGIWHLVSQTIYKISGFFSKVVDFCEKHWKGFCVQLKKVKLVVTEAFCVLRGVTQHCFQLLLDAIHAMYKSFKKCALGRIHGDLFFWEGGVHKVVQDGDEIWFDAIDSIDVEDLGVVKEKPIDFEVCDDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKKAENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTTVIELPPPAVVLIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPDPPPFENVALVDKNGKDLECIKSCYLIYRDCESDDDIEEEDAEECDTDSADSEACDTASECDEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCLVHRDAFDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAIKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCKQEPTQITLEKPIDGVCHIMAEQAVVNEQEVVSVFEDNSEMIVYTPADLEVVKETAGELDEFILISDVPKEEVVSQEKNEPQVEQEPTQVAKSQREKKAKKFRVKPSTCKKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLITPSFVKGIQCVNNVVGPRHGESNLREKLVAAYKNVIVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKLSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSQEHINYFDVTCKQKTLYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLSQFGQVFAKNKAVFTAEDVEDKEILFVHTTDKTVLDYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWDVQYRDNFIVLEWRDGNCWVSSAIVLLQAAKVKFRGYLAEAWAKLLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFVDVNWLLGNLAEYFDVDYMNAFLKRRVSCNCGVKSYELRGLSACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCSSSSVDEVIEASLPYLLLFANYGPATFECDESAVGTVVFIGSIKSGHCYTQTVGKAFDNLARSRSFGKKSPYITAMYTRFFLKSESPLPVVKQSQGKTKLVKEDVSNLATSSKVSFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQETPENLDGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSAVDFRSKDGFTYKLIPDIDENSKAPIYYPVLDSISLKAIWVEGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWESAESFIKMGDKVDGVTMGLWRAEQLNKPNLEKIFNIAKKAIVGSGVVTTQCGKVISKAATFIADKVGGGVVRNIIDRIKGLCGFTRGHFELSPQFIKTLIFFFFYFIKASAKGLVSSYKSVLCKVVFATLFIVWFVYXSNPVMFTGIRMLDFLFEGSLCGPYNGYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLYNRDSLHLYKHAYSVEQIYKAASSGIVFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKFLVLNSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKVYIQVHHILYCKDVTCEVCKKVARSNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCGDYGHQNTFMSPEVAGELSEKFKRHVKPTAYAYHVVDEAYLVDDFVNLKYKVATPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDGFIVCNTQSSHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLIVEPVSKSVVDKVCSILSNIVAVDIAALNYKAGTLRDALLSTTKDEEAVDMAIFCHNQDVEYTGDGFTNVVPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCIKYLISATVKSGSRFFVTRSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGVINNTFKRFKSCFKWLFVFYILFTACCLGYYHMEVNKSFVHPVYDVSATMHVEGFKVIDKGVIRDIVSEDTCFSNKFANFDTFWGEPYVNSRDCPIVTAVIDGTGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLHLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQILHTPYIVKFVSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMLLILVVVILIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGSEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLMNEVGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGISRLQAGFKKLVSPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFTGDQWSDVLNLANNHEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQNAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGCTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLHGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVTVDDYNKWAGDNGFTPFATSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIIVKSGQWGNDHILGQYSFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSFVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLRYYVHAAVILLAAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVFIGVCAEVPFIYNTLVSQIVIYVSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVVVNGIGWLCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYTFKVSVDQYRYMCLHKIEPPKTVWEVFSTNILIQGIGGERVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNRILASDDVGECMDNLLGMLITLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSPVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWDINTVIDADGTELHPNSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVAAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTSISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVILQXKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTSDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCEALRQPKPSVQSAAGATDFDKNYLNRVRGSSEARLIPLANGCDPDVVKRAFDVCNKESAGMFRNLKRNCARFQEVRDTEDGSLEYCDSYFVVKQTTPSNYEHEKSCYEDLKSEVTADHDFFVFNKNIYNISRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPVVRRALLNAIEFGNLMVEKGYVGVVTLDNQDLNGKFYDFGDFQKTVLGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSYDLLKYDYTEEKQELFQKYFKYWDQEYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVFVDGVPFIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKMGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGHFNKDFYDFAEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGSAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTSKYFDCYEGGCISASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRIAASLILARKHTNCCTWSERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKSLQYELYQQVYRRVNFDPAFVEKFYSYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREILYYQNNVYMADSKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPDPSRILGACVFVDEVDKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHENEEYRKVFFVLLSYIRKLYQELSQSMLMDYSFVMDIDKGSKFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVVCNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQLGCGEADVTKLYLGGRSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCAGSENVDDFNQLATTNWSTVEPYILANRCSDSLRRFAA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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1141 Identity=61.09%
Cov(Q)=14.08% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6628
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
402.869179999998
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00316
outside
1 - 1721
TMhelix
1722 - 1741
inside
1742 - 1747
TMhelix
1748 - 1770
outside
1771 - 1826
TMhelix
1827 - 1849
inside
1850 - 1855
TMhelix
1856 - 1878
outside
1879 - 1882
TMhelix
1883 - 1905
inside
1906 - 2273
TMhelix
2274 - 2296
outside
2297 - 2554
TMhelix
2555 - 2577
inside
2578 - 2581
TMhelix
2582 - 2604
outside
2605 - 2607
TMhelix
2608 - 2627
inside
2628 - 2639
TMhelix
2640 - 2662
outside
2663 - 2884
TMhelix
2885 - 2902
inside
2903 - 3092
TMhelix
3093 - 3115
outside
3116 - 3119
TMhelix
3120 - 3137
inside
3138 - 3149
TMhelix
3150 - 3172
outside
3173 - 3186
TMhelix
3187 - 3209
inside
3210 - 3220
TMhelix
3221 - 3243
outside
3244 - 3252
TMhelix
3253 - 3275
inside
3276 - 3294
TMhelix
3295 - 3317
outside
3318 - 6628
