Strain
Bat_MF094687
(Region: China; Strain: Swine acute diarrhea syndrome related coronavirus isolate 141388, complete genome.; Date: 2013-2016)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTATCAACCAATTGACACTTGCAGTTGCAAGTGATCAGGAAATTTCAGCTCATGGCTATCCTACTATGTCTGATGCCGTTGAACATTTTAGTTCCTCCGCATCACACGGTTTTAAGGATTGCCGTTTTGTAGCCTTTGGGCTGCAGGACATCGTTATTGGAGTTGAACCCAGTGACTTTGTCGTGGCTTTGGAGGGTGATGAAATTCTCACTGCCTATATAGCCACTTTTGGAGCTAGACCTCGCTGTTTGCGCGGCTGGCTTATACCTTCTAATTCTAATTATGTTTTGGAGGAATTTCAAGTGATTTTTGGCAAGCGTGGCGGTGACGTCGTGCCTGTTGATAATTACATGTGCGGTGCTGATGGTAAACCGGCAGTTCCTAGCGAACAGTGGTCTTTTGTTGAGCACTTTGATGATGATACAGATGAGATCATCGTTAATGGTGTCACTTTTCGCCACGCATGGAACACCGTTCGTGCCGACGACCCCTATGAAAAGCAGGGTCTTCTTTCTATTAAGTCTATAGAGTATATCTCTAATGTTCCTCACAAGTTGCCTAATGGTTCTGTTCTTGGTGTTGCTGGGGCCCCTAAGAAGCGTAAAGCTGTTGTGCTTGATGACAAGTATAGCAAGCTTTATGATGCTTGTGGTGTTCCTTTTGTCACTAATGGCAAATCTATTTCAGAAGTTGTCACTAAACCACTCTTTTTGCATGCTCTTGTTAAGTGCAAGTGCGGTAATGAGTCTTGGACTGTTGGTGACTGGACTGGCTTTAAAACTACTTGTTGTGGTGTTACTGGTAAAGTTACAACTTTAGCAGTTGGTGATGTTACTCCTGGTGACATTGTTTTTACTACACCTGGTGCAGGTAAAGGAACTAAGTTCTTTTGTGGTCTCGTTCTCACCTTTGTTGACACACTTGAGGGTGTTTCCGCATGGCGTGTTGTTAAGGCCTATACAGTTGATAAGTTTGTTGCATCCTCTAACTTTGATGAACACAACCATGTTATGAGCTTGGATCAATGCTCATTTGACAACTTTAGTCCTATTAGCGTAGCACTGAAGTTTTCACTTTTGCGTGGTAATTGCTGTGACGACGTCAAGGTTGCTGTTGCAACTGGTGTGATTGACATTGGTCTTGGTGTCTTTGATGTTAATGATACTGTTTTTGAGAATGTACCATGGTTTGTTCAGAAGTTTGAGTTTTTGAAACCAGCATGGGATGCTCTAAAGCAGGCCATTATCAACCTTGGTGTAACATCTAAGGCTGTTTTGTCTTTTATTAAGTCACTGTGTAGTGCTGCATTCAGTGTTGTTGACGGCGTTCCAGTTATTGTCTGCACTGTTGCTGAGAGATTTTCTAAGGCTTTTACTGATTTTCTGAGTTACACCCGTGAATGCTTTACTGCCCTCTGTGATGACATCGTTGTGTTCGGTGTCAAGTGCAAAGCTGTTGGTGACTACATTATTTTTAATAATAGTGTCGTCAAAACTGTTAAAGCCAAAATAAAGGGTGTTAAAGAAGCTGGTCTTAAGACTATGACCTACACACAGTGTCTACTTGGACCTACCAAGCCTGTTAAGGTTAAGCGCGTTGAACGTAGTGTTGCACAGCTTAAAGTTGTTGACACTGCTGTACCATTAAAACAGGAAGGTGAATGTCTTGTTGTTGGTGGTCGTGCTATGTTTAGGTCTGATGGCTATTATAGGTTTATGGCTGATGCTGATGTTGTACTCGAGTCACCTGTTTTTACAGCTGGCTCTCAATACAATGTTGTGTTCGAAACTGATGCCCTATTCATAGCCCCAGAGGTTGGCACTGTGTTTGAAGGTGACAACATTGACACTGTGGTTCAGACTGTTGCCAATAAAGTCCAAGCATTTAACAATAGATTCGTTGTTTACAACGCACATGTTGTTGATGGTGCTATTAATGTGTTTTGTGATTATAAGTTTACTTGTCCTGCTTTCTTGGATGGTTTTCCAGAGTGGTTTTCATTCTGTAAGAATCATTTTAAGGATGCCGGATTTGTTGAGTTTTATGACTGCATTATTAATAGTGACAGTACTTTTCAGACCACTTTTCAGCCTTATTTGGACCTTAAACCATCTGTTGATGCGTATTTAGGTCCTGAGATTGTACGAGCTGTTGATGGTGGTCGTCTGTGGCGTACTGTTATTAATGGCATTAGTGACGCTGTTAATTTTTGTAAGAATCTTAGGTTGCACTTCGATTTTGGTGAGCTTAAGGGTACTGTTGTTAAGCGTTTTAAGGGTATACTTAGGACGCTTCTTACAGTTTACAATGAGTTTATTCAAACTACTGTGTCTGTTCTTACTATCTGCGGCATTAGTGCCAAGTACTATGCTTTTGACAAGCCTATGCTTTGTATGCATGGTATTACAGAGCGTGTTATTAGTTTTGACATTACTAGTCTTGGAAAGCCTATTTTAGATGGTCTTTCTAGGTGTAATGTCTTTGCACGTGGTTCTACTGCAGTTGTAGTTGATTCTGTTGATCACGAACTTCTTGATCTTGAGGAGTGTGATTTTGTTGAACCTGCTAGTCATGGTGTGCTTGTCGTATCAGATGATTATGGCTTTTATTCTTGTGAAACTGGCATATATCCCTATGCTAGTGATGGTAAAGTTTTGCCATTGCGGTTTAGGAAAAAGGCTGGTGGTAAGAATGTTGCCTTTGATGACAATGTTACAGTTACTGAGATTGACCCTATTTTTAAGGTTAAACTGTCCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAATTGATTGAACTTTGTAAGAAGGTTATTGGTAGCAAAGTTAAGTGTAGTTCCTGGTCCCAACTTGTTGAGATCATTGATACTGCTCTTACTGCAACTAAGTCATACTACAATGTTCCAGAATATTTTATCTATGATGAGGAAGGTGGTAATGACCTTAATTTGGATGTCATGATTTCTGAATGGCCTTTGCAGGTTGACGAGGTCAGTGAATTAGTTAGCACTGATGAAACAGTTGAAGAGCAAGCTGTTGAACAAGTAGAGCCAGTTGTTGAAGATGTAAGTGATGTCATTGAGGTAAACAAGGCTTTTGCTATTGATGATTCACCAAAGAGAGCTATTAGTCCATTTGGTTTTGACACAAATGAGATTAATGGACGGCGTGTGCTTGTACAGTCTAACAACAACTGTTGGGTTAATGCTGCTTGTTATCAGTTACAAGTTCTAGGTTTTGACAGCCCAGCTATGGAACTTTATAGAGTTGGTGGTACACATAATCTTGTTAAGCAATGTTATGAGGCCACTGGTGCGTTTTTAGGTTCTTTGGGTGATGTTGCACATTGTTTAGAGGTATTGCTTAAGGATGCTAAGACAGCCAAAGTTACTGTTGAAGTTACTTGTGATTGTTCATCTAACTTCGAAGAACTTAGCGGTGCTTTCTTTAGGTTTTTGCCTCTTAAGAGTAAGTTTGAATATGGTAGTTGCTTTGCTTGTCATGGCACTCGTTATTATCGTGTGTGTGGTATTGTTGGCTCTGCAATATTTTCACAGACTCTTAAGCCATTGGATTTCAATGACCTGATCTGTGATGTTGCTAGTGCTAGCGTCTTTCTTGGTGATGATTGTGGTCATTATTTAATTAATGACTACGACAAGAGACTATGTGTCGATGGTATGGGTGTTTACAAGATTAAGCATAACACCATTGACACAATAGTTGTTAAGGACGCCGATATTAAGCCTTCTACTGTGGCACCTTTTACCGAGTACTGTAATGTGAAGTTCTACCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGCTGGTTTGTCTCATGACTTTGTAGTTAATGCAGCAAATTGCAACTTGGCCCACGGTGGTGGTGTAGCTAAGGCTATAGATCATCACACTGGTGGCAAGTTGCAAAAGCTTTCCACTTCTTTTGTTAAAAAGAATGGTAAGGTTGCAACTGGTGAGTGTGTTATGATTGATACTGGCAAGTTAAAAGTCCTTAATGCAGTTGGTCCCCGTAAGGGCAAGGATGCAGAGTCTTTATTAAATACTGTTTACACTAATATCTTTGTGCGTAAGGGTGTTCCCCTTATGCCTTTGATTAGTTGTGGTATTTTTGGCTTTGACATTAAAGACTCACTTAGGGCATTCTTGGATGCATGTGGTGATAGGCACGTTAAATGCTTTGTTTATTCTGACTCTGAAAGGGAGTCAGTTATGAAGTTCTTGACGACACCTTTTGAGGAACATGTTGCACCTGTTGAAGAAATGCTTGAAACACCTGTGGTTGAAACAACAACTGATGTTGTTGCTCCATTTCACACTATTGGTTCTCATAAGTTTTATGATTGCAATAGTGTTGAGCCTATTTTAGGTCTAGGTGTTAAGAACATTGTTCTCTTCACAGACCAGGTGTTGTCTGTTAAAGATTTCGGTGTTGTTGTTGATAAGTATCTCAATGGCTTGTTATCTGACATGTCCAACAAGTATGTTAATGATCATAAAGCTGTTCCTTTCGGTAACATTTTGTCACTTGATTGTGGTGCTTTTACTGTAGTGGATGCTGTGTCACCTTTTGATGGTGCTAGCTTTGAGAAGCAGAGTGGTCGTACCATACGTAAATTGGCTAGATTGGATGGCAGCACATTGTGTGTCTTACCTAATGCCAGTGCATTATTTGACAAGCTTTTTGCGTTGGGTGACAATTTTTCATTTTTAGTATTAGATAATGTTAGACCTTTGTTTGATAATTATCTTAAACCTAAAGATGTTAAAGTTAAAGTCACAGCGGATGGTCGCAATGTCAATGATGTTGTAGTTACAACTGCGGAAACCTTTGATGCACAGTTGGGACCTTCTGCTAATGGTGTTGAATCACTTGTTGGTGTTGTTCCCACTCCAATGGATAGTGGTAGGGTTGTTAATACAGCACCTGATGTCAATTGGAGTAAGCACTTTGGTTTTTCTGATGCTGCTGCATTTGCCGTTCTTGACCATAGCAA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Protein
MSINQLTLAVASDQEISAHGYPTMSDAVEHFSSSASHGFKDCRFVAFGLQDIVIGVEPSDFVVALEGDEILTAYIATFGARPRCLRGWLIPSNSNYVLEEFQVIFGKRGGDVVPVDNYMCGADGKPAVPSEQWSFVEHFDDDTDEIIVNGVTFRHAWNTVRADDPYEKQGLLSIKSIEYISNVPHKLPNGSVLGVAGAPKKRKAVVLDDKYSKLYDACGVPFVTNGKSISEVVTKPLFLHALVKCKCGNESWTVGDWTGFKTTCCGVTGKVTTLAVGDVTPGDIVFTTPGAGKGTKFFCGLVLTFVDTLEGVSAWRVVKAYTVDKFVASSNFDEHNHVMSLDQCSFDNFSPISVALKFSLLRGNCCDDVKVAVATGVIDIGLGVFDVNDTVFENVPWFVQKFEFLKPAWDALKQAIINLGVTSKAVLSFIKSLCSAAFSVVDGVPVIVCTVAERFSKAFTDFLSYTRECFTALCDDIVVFGVKCKAVGDYIIFNNSVVKTVKAKIKGVKEAGLKTMTYTQCLLGPTKPVKVKRVERSVAQLKVVDTAVPLKQEGECLVVGGRAMFRSDGYYRFMADADVVLESPVFTAGSQYNVVFETDALFIAPEVGTVFEGDNIDTVVQTVANKVQAFNNRFVVYNAHVVDGAINVFCDYKFTCPAFLDGFPEWFSFCKNHFKDAGFVEFYDCIINSDSTFQTTFQPYLDLKPSVDAYLGPEIVRAVDGGRLWRTVINGISDAVNFCKNLRLHFDFGELKGTVVKRFKGILRTLLTVYNEFIQTTVSVLTICGISAKYYAFDKPMLCMHGITERVISFDITSLGKPILDGLSRCNVFARGSTAVVVDSVDHELLDLEECDFVEPASHGVLVVSDDYGFYSCETGIYPYASDGKVLPLRFRKKAGGKNVAFDDNVTVTEIDPIFKVKLSFEFEDEKLIELCKKVIGSKVKCSSWSQLVEIIDTALTATKSYYNVPEYFIYDEEGGNDLNLDVMISEWPLQVDEVSELVSTDETVEEQAVEQVEPVVEDVSDVIEVNKAFAIDDSPKRAISPFGFDTNEINGRRVLVQSNNNCWVNAACYQLQVLGFDSPAMELYRVGGTHNLVKQCYEATGAFLGSLGDVAHCLEVLLKDAKTAKVTVEVTCDCSSNFEELSGAFFRFLPLKSKFEYGSCFACHGTRYYRVCGIVGSAIFSQTLKPLDFNDLICDVASASVFLGDDCGHYLINDYDKRLCVDGMGVYKIKHNTIDTIVVKDADIKPSTVAPFTEYCNVKFYQGDFKDLAGLSHDFVVNAANCNLAHGGGVAKAIDHHTGGKLQKLSTSFVKKNGKVATGECVMIDTGKLKVLNAVGPRKGKDAESLLNTVYTNIFVRKGVPLMPLISCGIFGFDIKDSLRAFLDACGDRHVKCFVYSDSERESVMKFLTTPFEEHVAPVEEMLETPVVETTTDVVAPFHTIGSHKFYDCNSVEPILGLGVKNIVLFTDQVLSVKDFGVVVDKYLNGLLSDMSNKYVNDHKAVPFGNILSLDCGAFTVVDAVSPFDGASFEKQSGRTIRKLARLDGSTLCVLPNASALFDKLFALGDNFSFLVLDNVRPLFDNYLKPKDVKVKVTADGRNVNDVVVTTAETFDAQLGPSANGVESLVGVVPTPMDSGRVVNTAPDVNWSKHFGFSDAAAFAVLDHSKFAFDSEVVDGKRALADSDNNCWVNATCLALQFLKPTFKYVGWEDLWNKFVTGDVAGFVHLLYYIEGVDKGAKGDVESTLSKLDKYIVSSGSVTVERSTLCDRCNSTVKTVTGAIAEASVILNGHIDGHCPHNFEWRVQVIGVKGDIILLHSGSLLNGPYVYGDAYVAFSGNTDNGHYTVFDNKLSKMYDGIKCVKTTLDTLVASSVVIRNGSYAVKTEHVPLIKKLDDSAEKFFNVGDIVAHNIAYFFVWLLTTLSTLYRCWRGGNFKLLSSIPERSGIVLRRSFKYNFRALRSNVASKQKYCLMFAKLLLLLYTIYAMLFILVRFSFFNDYICGSTVRGYASSDFDKSKFCNGSLVCKTCLFGYQELSEFQHVGVVWSYVREPLFASVLPLCYFAVIAIFGGVVERFALCYFAAQFINNVLSFLKLQDSFWLVQLVPFDIFGDEILVMFLSYKAICFFKHVVFGCDKPSCVACCKSAKLKRIAMDTIVNGSRRSFYVNANGGAKLCKKHNFFCVACDSYGSGHTYINDHIANELHNVTKLHVKPTGPAFINIDRVEFSDGFYRIFSGDKFWKYNFDITDKKFSCKEVLKNCNILDDFIVFDNNGSNLSQVQNACVYLSQLLCKPIKIIDSTLLSSLNVDFNGALHKAFLDVLHNSFGKDFSSCKTMHDCKELLELDVSDDDFIKVVSDAHRFDVLITDTSFNNFCTSYAKPAEKLSSFDLAHCMRSGAKVVNHNVLIKEKMPIVWNCVDFAKLSVDARKYIVKTAKVKGVTFLLTVNNNVMETTLPCVSVLQKQGAGKLSSMWKNFWYACGAILALFVLLNCVGFTEYASSLPGYDFKYIEDGQLKPFANGLYCVRNTFDTFMDWHAQKFGFKPSNSDKCPIVVGASDSGRVVPGVASDVYLLGKTLIFTLKTVFGSAGHCYDVNGIADGDKCLFNSACTNLEGLGGTRTYCYKTGLIEGAMTYGDLQHDSYYRLSGDNYVRLPYVVVQGLGFRAVRTQATTYCRVGECVDSKAGMCFGADRWMVYSNDIGSDFICGSSLMDLLRNVLSVFNYNFSTMIMSGQVIFNCVLACVVVFGCYFVMKFRRVFGDMSLAVFTVCAAVVVNNLSYFISLNYVGMVVYSFLYFISTRGLKYCFIWDISYVVAYCLLAPWWLLTWYICAALIGLIPNLFKLKVSTTLFEGTKFVGTFDAASVGTFVIDARSYERLINSTSIEKIKQYASTFNKYKYYSGSANEADYRCACYAHLAKALIDFSTTRQDTLYTPPTVSINSTLQAGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDKVYCPRHVLASDTTVTIDYDAVYHSMRLHNFSISKGNGFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGHKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFEDQPSIQLEGVATLITENVIAFLYAALINGERWWCSNERCTIDSFNEWALGNGFTNLVSGDGFSMLAAKTGVDVCQLLSAIQRLATGLGGKTILGYASLTDEYTLSEVVRQMYGVNIQSTKTSSALKNLLLMGFFFLLFWSEFFMYSTILWINPGLITTFLGLFVMLSMLLASCIKHKMLFLQLFLLPSIIIAACYNFAWDMEVTRMLATQFDYHVSFLNMDIQGAINIIVCFIGISLHTYRFLDTQLRSYSTYVLSMCTVLYTFYYGYDSLSLAIMLLGFGCREWYVGTAAFRLAQFIVPYCPGLISFVGDIKAVLVLYLVFGFVATVYFGLLYWLNRVLKLTLGCYDFKVSAAEFKYMVANGYTAPRGPFDSVLLSLRLLGVGGQKTIKVSTVQSKLTDLKCANVVLLGCLTNMNIAANSREWSYCVNLHNEINLTSDPEEALEKLLALVAFFLSKQQNFGVDDLIDSFFENRNVLQSVASAFANMPSFIAYEKARMNYEDAIANDAAPTVVKQLKKAMNTAKGEFDHEASVQKKIQRMADAAAAQMYKDARAVDRKSKVVSAMHSLLFGMLRKLDMSSINQLMALAKDGCIPMAIIPAAAATKLTVITPDLESFSKIRVDNNIYYAGAAWSITDVKDADGRVVILKEINADNKDALVWPLHVTCERVVKLQNNEIIPGKLKQRAVKAEGDGFSTDAKALYNTEGGHCFVYALIADKPDLKVVKWEYDGGCKTIELEPPLKFAVEAPTGVQIKYLYYVKNLNNLRRGATLGYIGATVRLQAGKQTELACNSSLLTLCAFAVDPAKAYVSAVKQGAKPVGNCVKMLANGSGSGQAVTNGVEANMNQDSYGGASVCIYCRAHVDHPAMDGACRFKGKYVQIPIGVNDPIRFCIENEVCKVCGCWLNNGCSCDRSSVQSTDQAYLNGQGALVQLD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014828
NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=2e-133 Score= 420 Identity=65.45%
Cov(Q)=7.41% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4060
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
345.628799999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00088
Total prob of N-in:
0.00032
outside
1 - 1906
TMhelix
1907 - 1929
inside
1930 - 1968
TMhelix
1969 - 1991
outside
1992 - 2052
TMhelix
2053 - 2072
inside
2073 - 2473
TMhelix
2474 - 2496
outside
2497 - 2726
TMhelix
2727 - 2749
inside
2750 - 2774
TMhelix
2775 - 2797
outside
2798 - 2816
TMhelix
2817 - 2839
inside
2840 - 3255
TMhelix
3256 - 3278
outside
3279 - 3281
TMhelix
3282 - 3301
inside
3302 - 3305
TMhelix
3306 - 3328
outside
3329 - 3347
TMhelix
3348 - 3370
inside
3371 - 3376
TMhelix
3377 - 3394
outside
3395 - 3413
TMhelix
3414 - 3436
inside
3437 - 3440
TMhelix
3441 - 3463
outside
3464 - 4060
