Strain
Porcine_MF577027
(Region: Russia; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain PEDV/Belgorod/dom/2008, complete genome.; Date: 2008)
Gene
ORF1A
Description
Annotated in NCBI,
ORF1A
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCTAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTGGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTGTGCAATGCCGCTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTTACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAGAAATATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAATTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTTCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTACACGGATTTCTTTGTTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGGATCACGTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATAAAGTCTATTACTTATTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACCGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATCAAGAAGACTGTTGTCTTATCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGTAGCGATGTTCGTTCAATCATTAAGAGACCAGTGTTTCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTGCCTATGTCTCCACCTGCTGTGGCTTTAAGTGCAAGCCAGTCCTTGTGGCCTCATGTTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACACGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTTCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTTACAGACCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCCTCGCTACTACGCTCAAGTTTGACATACTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCGCTCGTTGATATTGTTGACGATGCACTGGGACAACCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGAGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTTTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTTTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTTATCGCCGAAGTGCCAGAGAAGTTGGCTGCAGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCCTATGTTCTTTTTGTCAATGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGTCCACGACAGGCAGGTATTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTGGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTTGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGATGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACATTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCAGCTTGTGATCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTTCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAGTTTATAGCTGCGTGGTGAGAGGTGGTAAGTGTTGCATCAATTGCACCTTACAGTTCAAAGCACCAAGTTATGTGGAGGATGCTGTTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTATATTACAGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTTGTAACTACTTGTTGCACTATGTCAGGCTTTGAGTGTTTTATGCCTACAGTCCCACAGTGCCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGCGGCATCTGGCGGTCTTTCATCACTGGTTGTAAGTCAATGTGGGATTTTTGTAAGTATCTTAAAGTCAGTTTTGGACTGGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGTTCTTTTGGCAGAAATGTATAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCGGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCACGTGCCTTCCAGATTCCTGTTCAGGCAGGCATTGAGAAGTTTAAAGTTTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAGGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTCGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCTACCGATGGTAATAGTGTTGTGCCAATCTGTTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTTAGATTCTCTGATGAGGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATGTCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATCGATGTTCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGACCTGCTTGATGTGGAGGTTGTTACGGATGCACCAATTGATTCCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGGCCCTGAGAAGGTGGCAGATGTGGCTAATTCTGAGCCTGAGGGTGATGGTCTTAATGTAGTTCCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGAATTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAATGCTATTTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAGGTATTGTCGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACCAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTGTTGATGGTTATGGTCGTCACCAGATAAAGTATGACACACTGAACACCATTTGTGTTAAAGACGTGAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCTGACGTTGAGCCTGTATTGAAGCCTGTCGTCAAACCTTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGGGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCACGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCAAATGATTACGTTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTCGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCTACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCCTGGTAGATGCTATTTTCAAAGAGGCGCTTGTTGATACTATTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCCTTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGTGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCCGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCGAATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCATGTTGTACTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTCACAGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTATTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACAC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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTAGEAVSYYSEAAASGFVQCRFVSFDLAYTVEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFVDSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDVRSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTAYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSLATTLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATFSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFVNALVKLVKAKVRGPRQAGICEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADIVIEHPVYKSACDLKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKVYSCVVRGGKCCINCTLQFKAPSYVEDAVNFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPTVPQCPAVLEEIDGGGIWRSFITGCKSMWDFCKYLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGVLLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGGCFHSVKSVLARAFQIPVQAGIEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVRFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYVNVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPIDSEGDEVDSSGPEKVADVANSEPEGDGLNVVPETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFEFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQNAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKGIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAVDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLKPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYVKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRYCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKEALVDTIPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECANMISITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDAMLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVIYGQQIGPCLVNDTVVTNNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLIGVDKGHPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHDTGMVHDGDVFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGSPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVVIGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKEALKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQECKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKFSVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLSSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLVGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMIYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVALCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFFSTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMIDYASNRSDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILVCYDGVAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGCDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSKIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFIITILHGTYTWRFFNTPASSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAVTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRLTTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREVSTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDMAYLNEYGALVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014822
NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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IPR037227 EndoU-like
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR042515 Nsp15_N
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014827 Viral_protease
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IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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IPR037204 NSP7_sf
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IPR009466 NSP11
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IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5GWZ
E-value=0.0 Score= 613 Identity=97.02%
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4117
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
425.672419999999
Exp number, first 60 AAs:
0.01527
Total prob of N-in:
0.00098
outside
1 - 1962
TMhelix
1963 - 1982
inside
1983 - 2019
TMhelix
2020 - 2042
outside
2043 - 2102
TMhelix
2103 - 2125
inside
2126 - 2129
TMhelix
2130 - 2152
outside
2153 - 2164
TMhelix
2165 - 2184
inside
2185 - 2527
TMhelix
2528 - 2550
outside
2551 - 2622
TMhelix
2623 - 2645
inside
2646 - 2745
TMhelix
2746 - 2768
outside
2769 - 2782
TMhelix
2783 - 2805
inside
2806 - 2825
TMhelix
2826 - 2848
outside
2849 - 2857
TMhelix
2858 - 2880
inside
2881 - 3309
TMhelix
3310 - 3327
outside
3328 - 3336
TMhelix
3337 - 3354
inside
3355 - 3360
TMhelix
3361 - 3383
outside
3384 - 3397
TMhelix
3398 - 3420
inside
3421 - 3426
TMhelix
3427 - 3449
outside
3450 - 3458
TMhelix
3459 - 3481
inside
3482 - 3500
TMhelix
3501 - 3520
outside
3521 - 4117
