Strain
Bat_MG021451
(Region: China; Strain: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate NL13845, complete genome.; Date: 17-Jul-13)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGTGGCTGGTGTGGTTGCGCAAGGTGCGCGCAACATGTATCGAGCAGCGCTCAAAAATGAAAAACGTCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGTCATGTTGTGGTGCAGGAGACCAGGCTGCAAAGCTCTCACCTTGGTTCATGGATGGCCAAAATGCCTATKATACGGTGAAAGCCACTCTTAGAAACAAGGAGAAACTTCTCTTTGTGCCATTCAAATTGACTGGCTTCATAAACCATCTGCCAGGCCCACGTGTCTTCCTGGTAGAGTGGTTGACTGGTGGAACTTATTCCGCCCCTTTTATGGTAAACCAAATTGCGTTTAGCCATAGTGCGAATGATCCGTTGCTTGGAACAACTTTGCAGGGCAAACCAGTTGGTTACTTCTTCCCTTATGATCCTGCTCTTGAGACTGGTGAATACACCTTTCTCTTGCGCAAGAATGGACGTGGTGGTAATCATTTCCGCCACCCGCTGGATGAGGATGAAATCATCTATTTTCCTTATGAAGTCTTTGATGCTCTTCAGGATGATCCTAAGGGTAAATATTCAAAGAAACTCCTTAATAAGTTGGTTGGAGGTGATTTCACCCCAATTGACCAATACATGTGTGGCAAAGATGGAAATCCCATCCGCGACTACGCAGCTCTTGCAGCTAAAGAAGGACTTAACTCCTTGGCTGATGTGTTAACTGATGTATCTGCTCGCGCGGATGCTGAAGGTTACATTAATTTTAAAGAAAAACTTTACAGGATTGTCTGGCATGTTGAGCGTAAGAACGTTCCGTATGCCAAACAGACGATCTTCACTGTTAATAGTGTGGTTCAATGTGATGGAATTGAACGAGTTCCTCCACACTCTTTCACTCTTGGAGGTAAGGTTGATGTGCTAGTCCCAAGTAACAAGTGGACTGGTAAGAAGACTCTTACTCTTAAAGAGCGCATTCTTTACACCTTTTATGGTAAGGATGCTTTTGAGAACCACTCTTACATCTATCATTCTGCCTTTGTCGAGTGCACTGGTTGCGGTAATGGTAGGTGGCTTACTGGTAACGCTGTGCAAGGGTTTGCATGCGATTGTGGAGCTTGTTTTTCGGCTAATGATGTCGAAATTCAATCATCTGGGGTTGTTAAACCCAATGCCATTTTCTGCGCAACTTGTCCCTTTGCTAAGAGTGACGGTTGTTCTTGTTCGTGCAAACATACAACAGCTCAAGTGGTTAGTTACCTCTCTGAGAAGTGTATGATTGCACCGGAGAGTAAGTCTTTCACTATGACCTTCGGAGGTGTTGTTTACGCCTACCTAGGTTGTCATGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTCGCGCTAAATCCATTGTGTCAAGGGTGGGTGATTCCATCTTCACTGGATGTGTAGGTGCATGGGACAAGGTTTCTAAGATCGCTAACCTTTTTGTGGAACAATCACAGCGTTCCTTGAATTTTGTTGGAGAGTTTGTGCTTAACGATATCGTTATTGCCATTCTCTCTGGCACTACTACCAATGTAGACAAGCTTCGTAGTCTCGTTACCAATATGGACATCGAAAAACTACGTCAATATTTGGTTGCATATGACATTGCTGTCACTGCAGGCCCCTATGTTGAAGGAGCGATTAATGTTGGTAAACAAGGACTTGAGTTTGCTGCCATTACTGCTCCTTTCCTAGTACTTACTGGTCTAGGTGAGTCTTTTAAAAAAGTTGCAGCCATACCGTATAAGGCTTGCAAGTCTATTAAGGATACTTTGGCTTACTATTCTCAGAGTATTTTGTATAGGGTTTACCCCTATGAGATATCGGATGATGTCTCTGCTTTTTCTGAACTGTTGTTGGACTGCGTTGGGTTCACAGCAGCATCATGTTATTTTGTGGTGCGTCTACTTGAGGATAAAGTGGAAGCACTAATGTCTACCATTTTTAATTCTTGTCAGAATGCTGTTTCTAGCTTCATTAACGTTTGTTTTGAGGCTACTGCAGCAACTCTTAGTTTCATTTTTGACCTTGCTCAGTTGTTTAAGGTTTTCCTTAGACAGACTTATGTCTATACAACAACTGGTTTTGTAGTAGTTGGCGGCAAGGCTTCACAGCTTACTAAACAGCTCCTTGACATTTTGTCAAAAGCCATGCAATTACTCCATACCAAGGTGTCTTGGGCTGGTGCTAAGGTTAGAGCTGTTATTTATGACAGTAAGGAGTCTCTTGTATTCCCAACTGGTACTTATCATTGTGTCTCAACTCAGGCGAATGCAGTGCAACAAGAATTTAGTGTTGTATTGCCTGGCGAGGTGGCTAAGAAGCAAATTGGTTTGCTCGAACCTGTTAACCACTCTGCCACTGTGGATGTGCAAATCCAAAACAATACAGTGGATGTTGTTGTTGGTCAGTTGGAAGAGACTAATATGCATAGTCCCGACCTTGTTGTCGGTGATTATGTCATTATTAGTGGCAAACTGTTTGTGCGTTGTGATGAGGATGGTCAGACCACCTTCTATCCAATGTGTACTAATGGAAAAGTAGTACCCACTCTTTTTAAATTAAAGGGTGGTGCTCCTGTTAAGAAAGTGACTTTTGGTGAAGAGAAAGTACACCAGGTTGCTGCTACAAGAAGCGTCACAGTTGAATACAACATTCATGTTGTGTTAGACGCATTGCTTGCTAATTCTAACCTTAGAACTTTTTGTGTTGACAAGGCTCTCACAGTTGAAGAATTCGTCGATGTCGTAAAGGATGAAGTTAGTGAGTTGCTTACTAAACTTCTTCGCGGTGTCGAGATTGAAGACTTTGACTTGGAGGACTTTATTGATAATCCCTGCTACTGTTTTAACCGTGATGGCGATGAGCAGTGGGGTTCTACTATGATCTTTTCTGTTCACCCCGTTGAGTGTGATGAACAAGAAGAGGAAGTGGAAGAGCAGGCTGAAGTACAACAATCTGCTGAAGAATTTGATGATAGCACTGGTGATGAGGCCTGGGCTGCACTTGTAGATGAAGAATTTCCCCTTGAAGAAGAAGTTCAGGAGGAGAAGACTTCTATTTCAGTGCTTTGCAATGCTGTAGAGCAACAAATTACTGTAGAAGTGTTTGAAGTTAAAACTTTTGAAACACCTGCAGGTCAGTTTTGTACCGAGTCTGTTGTAGATTTACAACAGGCTGTTGTTAATATCAGGGAAACTAAATGTGCTCCTGAATTAACTAAGACTGAAGTAGTTGAAAATTCTGCTCCAGTTCCTGTAAAGGAGTATGAAGCTGATGTAGAAGCAGCTGAACAAGTAGTAGCTAAGCCTAAAACCCGCACTAAGAAGCGTGCTGTAAAGGCTGCCTCAGGTAGTGATAGTGAATCTACCACTGACCCTTTATTGTCTTTTAAGCACAAAGTCTTTACTGATAGTGTTACACTTGTGTGTTGTGATGCTATTAAATTGGCTAAGTGCTATAAAGATGCTGTATTGGTTAATGCGGCAAACACTCACCTACAGCATGCAGGTGGTATTGCAGCTGCAATTAACAAAGCCTCAAATGACGCTGTCCAGCTTGAGTCGGATGCTTATCTGGATGCTAAAGGTCCACTACAGGTTGGTGATGCTGTCTTATTAAAAGGACATAACCTTGCTAAAAATATCCTCCATGTAGTTGGACCGGATGCTAGAGCAAAACAGGATGTGTCCTTACTTAGTAAGTGTTATAAGGCTATGAATTCATATCCACTTGTTATAACACCTCTTATTTCAGCTGGTATCTTTGGTGTCGATCCTAAGGTATCATTTGAATTTCTTCAGCGTGACATCCGCACTAGAACTCTGGTTGCTGTGAACTCTGAAGAAATATATAATAAATTGACGGAGGTTAAAGTGCCACAAGGCTTAACCTTCTCATATGATGGTCTTAAGGGCGGTATTCGTAAAGCCAAGGATTATGGTTTTACTGTATTCGTCAACATTGACAATTCTGCTAATACCAAGACTCTTCGTAATAAGGGTGTTGATTACACTAAGAGACAGGTTATTGCTGGTGGTGTCCAATATTATTGCTATAGCGCAAAAGACACTCTTCCAGAACTTGTTATTGCAGCTAATAAGACAAAAGGCATAGTAGCACATCCTTTAGGATATATATCTCATGGATGTGATTTAATGCAAGCTAGAGCTTTTGTTAATATGGTCAAAGTACCATATGTCTGCTTGCTGGCTAATAAAGAGCAATCTCTTGTTTTGACATCTACAGACGAGCGTATGTCGCCAGTGGATGAGTTTATTAAACATGTTGAAAAAGAAGGTTCTTACCATAATTGGCATTTGGTCAAAGGTGAGGTCTTTTTTAACAACACTGTTTATCAAAAACTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATTTGCTATAGAGGTCAACAATTCTTCGTGTTAAAGAACGGTTGTGCTTTACCATTTGAAGATCTTAATAAGTGTCGTGCGTATATGACTTCGCGTGCGGTACAGCAATTAACAATCGAAGTACTTGTTACAGTCGATGGTGTTAATTTTAGGACTTGTGTCGTAAATAATCAAACAACTTATAGAGCACAGCTTGGTTGTGTGTTTCTTAATGGAGTTGATGTGTCTGACACTATTCCGGAGCAGAAGCAGAATGGTTTCAGTTTCTTTTTAGCTGATAATTTGTCAGCAGCTGAGAAAGAAGTGCTTAGAGAACTCTATGGCACTCCTGATTCTAATTTCTTGTATAAGTATTATTCCCTCAAGGCTAAGGTAGCTAACTGGAAAATGTTTATGTGTGATAAAGTGCGCTCTCTAAAGTTGAGTGATTCTAATTGCTATCTTAATGTGGTGATTATGATGCTCGATTTGCTTAGAGACATACGCTTTACTATACCTGCTCTGCAACAGGCTTTTATTAAACATAAGGGTGGTGATTCTACTGAATTCATTGCCCTCATTATGGCTTATGGTGACTGTACCTTTGGTGTCCCTGATGATGCATCGCGACTAATACA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Protein
MSSVAGVVAQGARNMYRAALKNEKRQDHVSLTVSCCGAGDQAAKLSPWFMDGQNAYXTVKATLRNKEKLLFVPFKLTGFINHLPGPRVFLVEWLTGGTYSAPFMVNQIAFSHSANDPLLGTTLQGKPVGYFFPYDPALETGEYTFLLRKNGRGGNHFRHPLDEDEIIYFPYEVFDALQDDPKGKYSKKLLNKLVGGDFTPIDQYMCGKDGNPIRDYAALAAKEGLNSLADVLTDVSARADAEGYINFKEKLYRIVWHVERKNVPYAKQTIFTVNSVVQCDGIERVPPHSFTLGGKVDVLVPSNKWTGKKTLTLKERILYTFYGKDAFENHSYIYHSAFVECTGCGNGRWLTGNAVQGFACDCGACFSANDVEIQSSGVVKPNAIFCATCPFAKSDGCSCSCKHTTAQVVSYLSEKCMIAPESKSFTMTFGGVVYAYLGCHEGTMYFVPRAKSIVSRVGDSIFTGCVGAWDKVSKIANLFVEQSQRSLNFVGEFVLNDIVIAILSGTTTNVDKLRSLVTNMDIEKLRQYLVAYDIAVTAGPYVEGAINVGKQGLEFAAITAPFLVLTGLGESFKKVAAIPYKACKSIKDTLAYYSQSILYRVYPYEISDDVSAFSELLLDCVGFTAASCYFVVRLLEDKVEALMSTIFNSCQNAVSSFINVCFEATAATLSFIFDLAQLFKVFLRQTYVYTTTGFVVVGGKASQLTKQLLDILSKAMQLLHTKVSWAGAKVRAVIYDSKESLVFPTGTYHCVSTQANAVQQEFSVVLPGEVAKKQIGLLEPVNHSATVDVQIQNNTVDVVVGQLEETNMHSPDLVVGDYVIISGKLFVRCDEDGQTTFYPMCTNGKVVPTLFKLKGGAPVKKVTFGEEKVHQVAATRSVTVEYNIHVVLDALLANSNLRTFCVDKALTVEEFVDVVKDEVSELLTKLLRGVEIEDFDLEDFIDNPCYCFNRDGDEQWGSTMIFSVHPVECDEQEEEVEEQAEVQQSAEEFDDSTGDEAWAALVDEEFPLEEEVQEEKTSISVLCNAVEQQITVEVFEVKTFETPAGQFCTESVVDLQQAVVNIRETKCAPELTKTEVVENSAPVPVKEYEADVEAAEQVVAKPKTRTKKRAVKAASGSDSESTTDPLLSFKHKVFTDSVTLVCCDAIKLAKCYKDAVLVNAANTHLQHAGGIAAAINKASNDAVQLESDAYLDAKGPLQVGDAVLLKGHNLAKNILHVVGPDARAKQDVSLLSKCYKAMNSYPLVITPLISAGIFGVDPKVSFEFLQRDIRTRTLVAVNSEEIYNKLTEVKVPQGLTFSYDGLKGGIRKAKDYGFTVFVNIDNSANTKTLRNKGVDYTKRQVIAGGVQYYCYSAKDTLPELVIAANKTKGIVAHPLGYISHGCDLMQARAFVNMVKVPYVCLLANKEQSLVLTSTDERMSPVDEFIKHVEKEGSYHNWHLVKGEVFFNNTVYQKLLHWSDQTICYRGQQFFVLKNGCALPFEDLNKCRAYMTSRAVQQLTIEVLVTVDGVNFRTCVVNNQTTYRAQLGCVFLNGVDVSDTIPEQKQNGFSFFLADNLSAAEKEVLRELYGTPDSNFLYKYYSLKAKVANWKMFMCDKVRSLKLSDSNCYLNVVIMMLDLLRDIRFTIPALQQAFIKHKGGDSTEFIALIMAYGDCTFGVPDDASRLIHTLLAKAELSVSARMVWREWCNVCGTKDVVIEGLKACSYVGIQTIEELHVRSSFTCQCGGVRHRQIVEHNTPWLLLSGTPTEQVVSTSSDPGFVAFNVFLGVETSVGHYVHARVKDSLIYKFDSGSLTKSSEWKCKVTDILYPGQKYTSDCNVVVYSLDGISKAEVDPDLSAYYVKDGKYFTSTPSTVYSPATVIAGSVYTNSCLVASDGVPSNDNISLPFNNMLGYNPSKPISKKYTYSKLPDESGDVLLAEFSTHDPIYKNGAMFHGKPVLWVTNGNFDCALSRYNRASLRQIFDPAPVELENKFTPLSVEDLVPSADKEETNILSELKLVKCKGLSKPFVKDGFSFVNDDTGVQVVDYLTREDMHQLYVNPKHQIIVLYGNFLSNFFGLHTVLSGDISVVATSGSLTKKVKMLFKASALFKEFASRTFTAVTVVGSAVKHVVRHYGVATNILNSCFAIVKMLCLIPLRYFKNTDTTCTKVEVNALRTTGIVTGNVVKQCCTAAIDLAYNKLQSVDWKASLRLLLILCTTGLLLSSIYHLYVFNQVVSSDAMLDDATGVMALYKEIRSYLRITSACDGLASNYRENSFDISNFCANRSVLCKWCLLGQDSITHYSALKMVQTHISHYVLNVDWLWFALELLLAYVMYTAAFNWVLLACTLQYFFSQTSLFVDWRSYNYVVSGIYLIFTHIPLDGLVRIYNVLACLWFLRRFYNHAINGCKDTACLLCYKRNRLTRIEASTVVCGAKRTFYITANGGVSFCRRHNWNCVDCDTAGIGNTFICEEVANDLTTTLRRLVKPTDRSHYYVDSVDVKDTVVQFNYTRGGQVCYERFSLCNFSNLDKLKFKEVCKSTTGIPEHNFIIYDASDRGQENLARSACVYYSQVLCKPILLVDSNLVTSVGDSTEIATKMFDSFVNSFVSLYNVTRDRLDKLIATAKDGLKRGENLQPILKTFIDAARGPAGVESDIETGDIVDAVQYAHKHDIQLTVEGYNNYVPSYVKPDSIAISDLGSLIDSNAASVNPANMRNANGACIWNAAAYLKLSDVLKRQIRIACRKCNLNFRLTTSKLRACDNILSVRFSATKTVGGAPNWLMSLYSFTLKSYVFVTLMVFLCAVLMYCFLPTFNMQTVSFHEDRILDYKVLDNGVIRDINSNDKCFANKYQSFVQWFHEHVGGNFDNDINCPVTVAVIAGVAGARVPGVPTAVAWVKKQIVFFVSRVFATSHNVCYTPRSEIPYKSFSDSGCILPSECTLFRDAEGKMVPYCYDPTVLPGAHAYGSMKPHVRYDMFESNMFIKFPEVVLESTVRVTKTLNTQYCRFGSCEYAQEGVCITTNGSWAIFNDYHANRPGVYCGSDYFDIVRRLALGFFQPITYFQLTTSLVMGIGLCAFMTIVFYYINKVKRALADYTQCAVIAFAATIMNSLCLCFVMTCPLCVVPYTALYYYATFYFTNEPAFIMHLSWFVMFSTVSPMWVLCLYVVAMCFRHLFWVLAYFSKKHVDVFTDGKLNCTFQEAAGNIFVVNKDTYVALRNSINADAYARYLAMFNKYKYFSGAMDTAAYREAAASHLAKALQTYSETGSDLLYQPPNCSITSGVLQSGLVKMSHPSGAVESCMVQVTCGSMTLNGLWLDNYVWCPRHVMCPADQLNDPNYDGLLISMTNHSFTVQKHVGAPANLRVVGHSMQGTLLKLTVDSSNPNTPAYTFTTVKPGASFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNYTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGSVINFCYMHQMELANGTHTGSSFDGNMYGAFQDRQIHQAQLTDKYCTINIVAWLYAAILNGCSWFVKPNRTSVVSFNEWAMANQFTEFIGTQALDMLAVKTGVSIEQLLYAVQQLNNGFQGKQILGSSMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQSGVKRVTYGTFHWLFATLVLSYVAILQCTKFTLWNYLFQTIPTQLTPIMFVVAACVMLFVKHKHTFLTLFLLPTALCLTYANIVYEPSTPVSSALIAMANWLAPNNMYMRTTHTDLGLYVSLTLVLAVVVKRLYSPSVSNLALAFCSFVMWLYTYSVGEHSSPIAYLVFVTSLTSDYTITVFVAVNLAKFLTYLVFAYSPQSMLVFPEVKMVLLLYTCIGYICTCYFGVFSLLNFKLRSPMGVYDFKVSTQEFRYMTANGLHAPRNSWEALALNFKLVGIGGTPCIKVASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWAWCVKCHNDILTATDPAEAFEKFVCLFATLMTFSGNVDLEGLASDLLDNVSVLQATFSEFSHLASFAELEAAQKSYQEALASGDASPQVLKALQKAVNIAKNAYEKDKAVARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSAVPLCASNKLRVVIPDFNVWNQVVTYPSLNYAGALWDIAVINTVDNEIIKSSDVSENNEHLTWPLVLECTRAAASAVKLQNNEIRPTGLKTMVVTAGLDQTSFNVSSLAYYEPVQGRKMLMGILSENAYLKYAKVEGQDGFVTIELQPPCKFLISGPKGPEIRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVKLQAGSNTEFAANSSVLSLVTFTVDPKKAYMDFVNAGGVPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLTNDICNVCQYWKGYGCSCDSLREVALPQSKDSNFLNRVRGSIVDARIEPCASGLSTDVVFRAFDICNYKAKVAGIGKYYKTNTCRFVEKDDQGHNLDSYFVVKRHTMENYELEKRCYELVKDCDAVARHDFFTFDVYKVKTPHIVRQRLTEYTMMDLVYALRHFDQNNCEVLKSILVKYGCCDASYFDNKLWFDFVENPGIIGVYHKLGERIRKAVLNTVKFCDQMVSAGLVGVLTLDNQDLNGLWYDFGDFVITQPGSGVAVVDSYYSYLMPVLSMTNCLAAETHRDCDLNKPLIEWPLTEYDFTDYKVQLFEKYFKHWDQAYHANCVNCADDRCVLHCANFNVLFSMTLPKTCFGPIVRKIFVDGVPFVVSCGYHYKELGLVMNMDVSLHRHRLSLKELMMYAADPAMHIASSNALLDLRTSCFSVAALTTGLTFQTVRPGNFNQDFYDFVVSKGFFKEGSSVTLKHFFFAQDGHAAITDYNYYSYNLPTMCDIKQMLFCMEVVNKYFEIYDGGCLNASEVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARVYYESMSYQEQDELFAMTKRNVFPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQYHQKMLKSMAATRGATCVIGTTKFYGGWDFMLKTLYKDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMCRIFASLILARKHGTCCSTSDRFYRLANECAQVLSEYVLCGGGYYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVTTANVSALMGTNGNKIVDKEVRDMQFDLYVNVYRRTSPDPKFVDKYYAFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSDYAAKGYVAGIQSFKETLYYQNNVFMSEAKCWVEPDLKKGPHEFCSQHTLFIKDGDDGYFLPYPDPSRILSAGCFVDDIVKTDGTLMVERFVSLAIDAYPLTKHEDIEYQNVFWVYLQYIEKLYKDLTGHMLDSYSVMLCGDNSAKFWEESFYRELYEAPTTLQAVGSCVVCHSQTSLRCGTCIRRPFLCCKCCYDHVIATTHKMVLSVSPYVCNAPGCDVSDVTKLYLGGMSYFCVDHRPVCSFPLCANGLVFGLYKNMCTGSPSVVEFNRLATCDWTESGDYTLANTTTEPLKLFAAETLRATEEASKQSYAIATIKEIVGERELILVWEAGKSKPPLNRNYVFTGYHITKNSKVQLGEYVFERIDYSDAVSYKSSTTYKLAVGDIFVLTSHSVATLTAPTIVNQEKYVKITGLYPTITVPEEFANHVANFQKAGFSKYVTVQGPPGTGKSHFAIGLAIYYPTARIVYTACSHAAVDALCEKAFKYLNIGKCSRIIPAKARVECYDRFKVNETNSQYLFSTINALPETSADILVVDEVSMCTNYDLSIINARIKAKHIVYVGDPAQLPAPRTLLTRGTLEPENFNSVTRLMCNLGPDIFLSMCYRCPREIVNTVSALVYNNKLLAKKEPSGQCFKILYKGNVTHDASSAINRPQLAFVKSFIAANPAWSKAVFISPYNSQNAVARSMLGLNTQTVDSSQGSEYPYVIFCQTADTAHANNLNRFNVAVTRAQKGILCVMTSQALFDSLQFAELSTNNYKLQSQIVTGLFKDCSRDPSGLSPAYAPTYVSVDDKYKTSDELCVNLNLPANVPYSRVISRMGFKLDANIPGYPKLFITREEAVRQVRSWIGFDVEGAHASKNACGTNVPLQLGFSTGVNFVVQPVGVVDTEWGNMMTCISARPPPGEQFKHLVPLMHKGAAWPIVRRRIVQMLSDTLDKLSDYCTFVCWAHGFELTSASYFCKIGKEQKCCMCSRRAGAYSSHLQSYACWAHSCGYDYVYNPFFVDVQQWGYIGNLATNHDRYCAVHQGAHVASGDAIMTRCLAIHACFIERVDWDIEYPYISHEKKLNSCCRVVERNIVRAALLAGSFERVYDIGNPKGIPIVDDPVVDWHYYDAQPLRKNVQQLFYTEDMASRFADGLCLFWNCNVPRYPNNAIVCRFDTRVHSEFNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAYDVSAFRDLKPLPFFYYSTTPCEVHGNGSMLEDIDYVPLKSAVCVTACNLGGAVCRKHAAEYREYVEAYNLVSASGFRLWCYKTFDIYNLWSTFTKVQGLENIAFNVVKHGRFNGVEGELPVAVVNDKIFTKSGVNDVCVFENKTTLPTNIAFELYAKRAVRSHPDFKLLHNLQADICYKFVLWDYERCNIYGSATIGVCKYTDIDVSPALNVCFDVRDNGALEKFMSTSNAILISDRKIKNYPCMVGPDYAYFNGAIIRDSEAIKQPVKFYIYKKVNNEFINFSDSFYTQGRSCSDFEPMTDMEKDFLSMDSDVFIKKYKLENFAFEHVVYGDFSHTTLGGLHLLIGLYKKSVEGHIIMEEMLKGSSTIHNYFITETNTASFKAVCSVIDLRLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVPIDLTFVEFMLWCKDGQVQTFYPRLQAANDWKPGLAMPTLFKVQNVNLEPCQLANYKQSIPMPQGVHMNVAKYMQLCQYLNTCTIAVPANMRVMHFGAGSDKGIAPGTSVLRQWLPVDAVLIDNDLNEYVSDADISLFGDCVTVRVGQQVDLVISDMYDPVTKNINGSNEAKALFFTYLCNFINNNLALGGSVAIKITEHSWSADLYELMGKFAYWTVFCTNANASSSEGFLIGINYLGTIREVIDGNAMHANYIFWRNSNPMNLSTYSLFDLSKFSIKLKGTPVLQLKESQINELVISLLSQGKLLIRDNEALTVSTDVLVNTYKRRR
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032505
Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR008740 Peptidase_C30
IPR042570 NAR_sf
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR032592 NAR_dom
IPR014828 NSP7
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR042515 Nsp15_N
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1428 Identity=72.26%
Cov(Q)=13.11% Cov(P)=97.38%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7093
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
357.818329999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00043
Total prob of N-in:
0.00661
outside
1 - 2113
TMhelix
2114 - 2136
inside
2137 - 2188
TMhelix
2189 - 2211
outside
2212 - 2301
TMhelix
2302 - 2324
inside
2325 - 2344
TMhelix
2345 - 2367
outside
2368 - 2769
TMhelix
2770 - 2792
inside
2793 - 2851
TMhelix
2852 - 2874
outside
2875 - 3040
TMhelix
3041 - 3063
inside
3064 - 3083
TMhelix
3084 - 3106
outside
3107 - 3125
TMhelix
3126 - 3148
inside
3149 - 3575
TMhelix
3576 - 3593
outside
3594 - 3607
TMhelix
3608 - 3627
inside
3628 - 3633
TMhelix
3634 - 3651
outside
3652 - 3677
TMhelix
3678 - 3697
inside
3698 - 3703
TMhelix
3704 - 3724
outside
3725 - 3743
TMhelix
3744 - 3766
inside
3767 - 3778
TMhelix
3779 - 3801
outside
3802 - 7093
