Strain
Bat_MG021451
(Region: China; Strain: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate NL13845, complete genome.; Date: 17-Jul-13)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGTGGCTGGTGTGGTTGCGCAAGGTGCGCGCAACATGTATCGAGCAGCGCTCAAAAATGAAAAACGTCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGTCATGTTGTGGTGCAGGAGACCAGGCTGCAAAGCTCTCACCTTGGTTCATGGATGGCCAAAATGCCTATKATACGGTGAAAGCCACTCTTAGAAACAAGGAGAAACTTCTCTTTGTGCCATTCAAATTGACTGGCTTCATAAACCATCTGCCAGGCCCACGTGTCTTCCTGGTAGAGTGGTTGACTGGTGGAACTTATTCCGCCCCTTTTATGGTAAACCAAATTGCGTTTAGCCATAGTGCGAATGATCCGTTGCTTGGAACAACTTTGCAGGGCAAACCAGTTGGTTACTTCTTCCCTTATGATCCTGCTCTTGAGACTGGTGAATACACCTTTCTCTTGCGCAAGAATGGACGTGGTGGTAATCATTTCCGCCACCCGCTGGATGAGGATGAAATCATCTATTTTCCTTATGAAGTCTTTGATGCTCTTCAGGATGATCCTAAGGGTAAATATTCAAAGAAACTCCTTAATAAGTTGGTTGGAGGTGATTTCACCCCAATTGACCAATACATGTGTGGCAAAGATGGAAATCCCATCCGCGACTACGCAGCTCTTGCAGCTAAAGAAGGACTTAACTCCTTGGCTGATGTGTTAACTGATGTATCTGCTCGCGCGGATGCTGAAGGTTACATTAATTTTAAAGAAAAACTTTACAGGATTGTCTGGCATGTTGAGCGTAAGAACGTTCCGTATGCCAAACAGACGATCTTCACTGTTAATAGTGTGGTTCAATGTGATGGAATTGAACGAGTTCCTCCACACTCTTTCACTCTTGGAGGTAAGGTTGATGTGCTAGTCCCAAGTAACAAGTGGACTGGTAAGAAGACTCTTACTCTTAAAGAGCGCATTCTTTACACCTTTTATGGTAAGGATGCTTTTGAGAACCACTCTTACATCTATCATTCTGCCTTTGTCGAGTGCACTGGTTGCGGTAATGGTAGGTGGCTTACTGGTAACGCTGTGCAAGGGTTTGCATGCGATTGTGGAGCTTGTTTTTCGGCTAATGATGTCGAAATTCAATCATCTGGGGTTGTTAAACCCAATGCCATTTTCTGCGCAACTTGTCCCTTTGCTAAGAGTGACGGTTGTTCTTGTTCGTGCAAACATACAACAGCTCAAGTGGTTAGTTACCTCTCTGAGAAGTGTATGATTGCACCGGAGAGTAAGTCTTTCACTATGACCTTCGGAGGTGTTGTTTACGCCTACCTAGGTTGTCATGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTCGCGCTAAATCCATTGTGTCAAGGGTGGGTGATTCCATCTTCACTGGATGTGTAGGTGCATGGGACAAGGTTTCTAAGATCGCTAACCTTTTTGTGGAACAATCACAGCGTTCCTTGAATTTTGTTGGAGAGTTTGTGCTTAACGATATCGTTATTGCCATTCTCTCTGGCACTACTACCAATGTAGACAAGCTTCGTAGTCTCGTTACCAATATGGACATCGAAAAACTACGTCAATATTTGGTTGCATATGACATTGCTGTCACTGCAGGCCCCTATGTTGAAGGAGCGATTAATGTTGGTAAACAAGGACTTGAGTTTGCTGCCATTACTGCTCCTTTCCTAGTACTTACTGGTCTAGGTGAGTCTTTTAAAAAAGTTGCAGCCATACCGTATAAGGCTTGCAAGTCTATTAAGGATACTTTGGCTTACTATTCTCAGAGTATTTTGTATAGGGTTTACCCCTATGAGATATCGGATGATGTCTCTGCTTTTTCTGAACTGTTGTTGGACTGCGTTGGGTTCACAGCAGCATCATGTTATTTTGTGGTGCGTCTACTTGAGGATAAAGTGGAAGCACTAATGTCTACCATTTTTAATTCTTGTCAGAATGCTGTTTCTAGCTTCATTAACGTTTGTTTTGAGGCTACTGCAGCAACTCTTAGTTTCATTTTTGACCTTGCTCAGTTGTTTAAGGTTTTCCTTAGACAGACTTATGTCTATACAACAACTGGTTTTGTAGTAGTTGGCGGCAAGGCTTCACAGCTTACTAAACAGCTCCTTGACATTTTGTCAAAAGCCATGCAATTACTCCATACCAAGGTGTCTTGGGCTGGTGCTAAGGTTAGAGCTGTTATTTATGACAGTAAGGAGTCTCTTGTATTCCCAACTGGTACTTATCATTGTGTCTCAACTCAGGCGAATGCAGTGCAACAAGAATTTAGTGTTGTATTGCCTGGCGAGGTGGCTAAGAAGCAAATTGGTTTGCTCGAACCTGTTAACCACTCTGCCACTGTGGATGTGCAAATCCAAAACAATACAGTGGATGTTGTTGTTGGTCAGTTGGAAGAGACTAATATGCATAGTCCCGACCTTGTTGTCGGTGATTATGTCATTATTAGTGGCAAACTGTTTGTGCGTTGTGATGAGGATGGTCAGACCACCTTCTATCCAATGTGTACTAATGGAAAAGTAGTACCCACTCTTTTTAAATTAAAGGGTGGTGCTCCTGTTAAGAAAGTGACTTTTGGTGAAGAGAAAGTACACCAGGTTGCTGCTACAAGAAGCGTCACAGTTGAATACAACATTCATGTTGTGTTAGACGCATTGCTTGCTAATTCTAACCTTAGAACTTTTTGTGTTGACAAGGCTCTCACAGTTGAAGAATTCGTCGATGTCGTAAAGGATGAAGTTAGTGAGTTGCTTACTAAACTTCTTCGCGGTGTCGAGATTGAAGACTTTGACTTGGAGGACTTTATTGATAATCCCTGCTACTGTTTTAACCGTGATGGCGATGAGCAGTGGGGTTCTACTATGATCTTTTCTGTTCACCCCGTTGAGTGTGATGAACAAGAAGAGGAAGTGGAAGAGCAGGCTGAAGTACAACAATCTGCTGAAGAATTTGATGATAGCACTGGTGATGAGGCCTGGGCTGCACTTGTAGATGAAGAATTTCCCCTTGAAGAAGAAGTTCAGGAGGAGAAGACTTCTATTTCAGTGCTTTGCAATGCTGTAGAGCAACAAATTACTGTAGAAGTGTTTGAAGTTAAAACTTTTGAAACACCTGCAGGTCAGTTTTGTACCGAGTCTGTTGTAGATTTACAACAGGCTGTTGTTAATATCAGGGAAACTAAATGTGCTCCTGAATTAACTAAGACTGAAGTAGTTGAAAATTCTGCTCCAGTTCCTGTAAAGGAGTATGAAGCTGATGTAGAAGCAGCTGAACAAGTAGTAGCTAAGCCTAAAACCCGCACTAAGAAGCGTGCTGTAAAGGCTGCCTCAGGTAGTGATAGTGAATCTACCACTGACCCTTTATTGTCTTTTAAGCACAAAGTCTTTACTGATAGTGTTACACTTGTGTGTTGTGATGCTATTAAATTGGCTAAGTGCTATAAAGATGCTGTATTGGTTAATGCGGCAAACACTCACCTACAGCATGCAGGTGGTATTGCAGCTGCAATTAACAAAGCCTCAAATGACGCTGTCCAGCTTGAGTCGGATGCTTATCTGGATGCTAAAGGTCCACTACAGGTTGGTGATGCTGTCTTATTAAAAGGACATAACCTTGCTAAAAATATCCTCCATGTAGTTGGACCGGATGCTAGAGCAAAACAGGATGTGTCCTTACTTAGTAAGTGTTATAAGGCTATGAATTCATATCCACTTGTTATAACACCTCTTATTTCAGCTGGTATCTTTGGTGTCGATCCTAAGGTATCATTTGAATTTCTTCAGCGTGACATCCGCACTAGAACTCTGGTTGCTGTGAACTCTGAAGAAATATATAATAAATTGACGGAGGTTAAAGTGCCACAAGGCTTAACCTTCTCATATGATGGTCTTAAGGGCGGTATTCGTAAAGCCAAGGATTATGGTTTTACTGTATTCGTCAACATTGACAATTCTGCTAATACCAAGACTCTTCGTAATAAGGGTGTTGATTACACTAAGAGACAGGTTATTGCTGGTGGTGTCCAATATTATTGCTATAGCGCAAAAGACACTCTTCCAGAACTTGTTATTGCAGCTAATAAGACAAAAGGCATAGTAGCACATCCTTTAGGATATATATCTCATGGATGTGATTTAATGCAAGCTAGAGCTTTTGTTAATATGGTCAAAGTACCATATGTCTGCTTGCTGGCTAATAAAGAGCAATCTCTTGTTTTGACATCTACAGACGAGCGTATGTCGCCAGTGGATGAGTTTATTAAACATGTTGAAAAAGAAGGTTCTTACCATAATTGGCATTTGGTCAAAGGTGAGGTCTTTTTTAACAACACTGTTTATCAAAAACTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATTTGCTATAGAGGTCAACAATTCTTCGTGTTAAAGAACGGTTGTGCTTTACCATTTGAAGATCTTAATAAGTGTCGTGCGTATATGACTTCGCGTGCGGTACAGCAATTAACAATCGAAGTACTTGTTACAGTCGATGGTGTTAATTTTAGGACTTGTGTCGTAAATAATCAAACAACTTATAGAGCACAGCTTGGTTGTGTGTTTCTTAATGGAGTTGATGTGTCTGACACTATTCCGGAGCAGAAGCAGAATGGTTTCAGTTTCTTTTTAGCTGATAATTTGTCAGCAGCTGAGAAAGAAGTGCTTAGAGAACTCTATGGCACTCCTGATTCTAATTTCTTGTATAAGTATTATTCCCTCAAGGCTAAGGTAGCTAACTGGAAAATGTTTATGTGTGATAAAGTGCGCTCTCTAAAGTTGAGTGATTCTAATTGCTATCTTAATGTGGTGATTATGATGCTCGATTTGCTTAGAGACATACGCTTTACTATACCTGCTCTGCAACAGGCTTTTATTAAACATAAGGGTGGTGATTCTACTGAATTCATTGCCCTCATTATGGCTTATGGTGACTGTACCTTTGGTGTCCCTGATGATGCATCGCGACTAATACACACTTTGCTTGCCAAAGCTGAGTTAAGCGTTTCGGCACGTATGGTGTGGCGTGAGTGGTGTAATGTCTGTGGCACAAAAGATGTTGTTATTGAAGGCCTTAAGGCTTGTTCATATGTAGGCATTCAAACTATTGAGGAATTGCATGTCCGTAGCTCTTTTACATGCCAATGTGGTGGTGTGCGTCATCGTCAGATTGTTGAGCACAACACACCTTGGTTGTTACTGTCAGGTACACCTACTGAGCAAGTTGTCAGTACGAGTTCGGATCCTGGCTTTGTAGCATTTAATGTCTTTCTAGGTGTTGAAACATCAGTGGGTCACTATGTTCACGCCCGTGTGAAAGATTCTCTTATTTATAAGTTTGACTCAGGTTCCTTGACTAAATCTTCAGAGTGGAAGTGCAAGGTCACTGACATATTATACCCAGGACAAAAATATACTAGCGATTGTAATGTAGTGGTATATTCTTTGGATGGTATTAGCAAGGCAGAGGTCGATCCTGACTTGTCTGCATATTACGTTAAAGATGGTAAGTACTTTACAAGTACACCATCTACGGTTTATTCACCAGCTACTGTTATAGCTGGTAGTGTCTATACTAATAGTTGTTTAGTTGCTAGTGACGGAGTTCCTAGCAATGACAATATTAGTTTACCTTTTAATAATATGCTCGGTTACAATCCTAGCAAACCTATTTCTAAAAAGTACACTTACTCCAAGCTCCCTGATGAGTCTGGAGATGTACTACTTGCTGAATTTAGTACACATGACCCAATCTACAAAAATGGTGCCATGTTTCATGGCAAACCAGTACTTTGGGTTACTAATGGTAATTTTGATTGTGCATTATCTCGCTACAACAGAGCCTCATTGCGTCAAATCTTTGACCCGGCACCTGTTGAATTAGAGAATAAGTTCACACCTTTAAGTGTAGAAGACCTTGTGCCTTCTGCAGATAAAGAAGAAACTAATATTTTATCAGAACTAAAGCTAGTCAAATGCAAAGGTTTAAGTAAACCGTTTGTTAAAGATGGCTTTAGTTTTGTTAATGATGATACAGGAGTTCAAGTAGTAGATTACTTGACTCGTGAAGACATGCATCAATTGTATGTAAATCCTAAGCATCAGATAATTGTCCTTTATGGCAATTTTCTCTCGAACTTCTTTGGATTGCATACTGTACTAAGTGGTGATATTAGTGTAGTTGCAACTTCAGGTTCCTTGACAAAGAAAGTTAAAATGTTGTTTAAAGCTTCAGCTTTGTTTAAGGAGTTTGCTAGTCGCACATTTACAGCTGTTACAGTCGTTGGTAGTGCTGTTAAGCATGTTGTGCGTCATTATGGTGTTGCTACTAATATTTTGAACAGTTGTTTTGCAATTGTCAAAATGTTATGTTTGATACCCTTGAGGTATTTTAAGAACACTGACACCACTTGTACCAAAGTTGAAGTTAATGCTTTGCGTACAACTGGTATAGTAACTGGCAATGTTGTTAAGCAGTGTTGCACAGCAGCCATTGACTTAGCTTATAACAAGTTGCAGAGTGTAGACTGGAAAGCCTCTTTACGCTTGCTACTTATATTATGTACAACTGGGCTGTTGTTGTCCTCTATTTATCATTTGTACGTCTTTAATCAAGTTGTTTCAAGTGATGCTATGTTAGATGATGCTACAGGTGTTATGGCACTCTATAAAGAGATTCGTTCATACCTGCGCATTACCTCTGCTTGTGATGGTTTAGCTAGTAATTATAGAGAAAATTCTTTTGACATCTCTAATTTCTGTGCTAATCGTTCAGTTTTATGTAAGTGGTGTCTACTTGGTCAAGATTCCATTACTCATTATTCAGCTCTTAAGATGGTGCAGACCCACATAAGCCACTATGTCTTGAATGTAGATTGGTTGTGGTTTGCTCTTGAATTGTTGCTTGCATATGTGATGTACACAGCGGCATTCAATTGGGTCTTGCTTGCTTGTACATTGCAGTACTTTTTCAGTCAAACCTCATTATTTGTGGACTGGCGTTCTTACAACTATGTGGTTTCTGGCATTTATTTGATCTTTACTCATATACCACTTGATGGTCTTGTTAGAATTTATAACGTATTAGCATGCCTATGGTTTCTTCGTAGGTTCTACAACCATGCTATTAATGGTTGCAAGGACACTGCATGCCTTCTTTGTTACAAAAGGAATCGTCTTACACGTATTGAAGCTTCTACTGTTGTATGTGGTGCTAAACGTACGTTTTACATCACTGCTAATGGTGGCGTATCTTTCTGTCGTAGACATAACTGGAATTGTGTGGATTGTGACACTGCAGGTATAGGGAACACCTTTATCTGTGAAGAAGTTGCAAATGACCTCACTACCACTCTACGCAGACTTGTTAAACCCACAGATAGGTCACATTATTATGTGGATTCTGTAGATGTCAAAGATACTGTAGTACAGTTTAATTATACCAGAGGTGGGCAGGTCTGCTATGAGCGCTTCTCACTCTGTAACTTTTCTAATTTGGATAAGTTGAAGTTCAAAGAGGTTTGTAAATCTACTACTGGTATACCTGAACACAACTTTATCATTTATGACGCTAGTGATCGTGGCCAGGAGAATTTGGCTAGGTCAGCATGCGTGTATTATTCCCAAGTTTTGTGTAAGCCAATTTTGTTGGTTGATTCAAATTTGGTTACATCGGTTGGTGATTCGACTGAAATTGCCACCAAAATGTTTGATTCCTTTGTTAATAGTTTCGTCTCATTGTATAATGTAACTCGTGACCGTCTTGACAAGTTGATTGCAACTGCTAAAGATGGTCTTAAGAGAGGCGAAAATTTACAACCAATTCTGAAGACTTTCATTGACGCGGCTAGAGGCCCAGCTGGTGTAGAGTCTGATATTGAAACTGGTGACATTGTTGATGCTGTTCAGTATGCGCACAAACATGACATCCAGTTGACTGTAGAAGGGTACAATAATTATGTGCCTTCATATGTTAAACCTGATAGTATCGCTATTTCTGATTTAGGTAGTTTGATTGATTCTAATGCAGCTTCAGTCAACCCAGCTAATATGCGCAATGCTAATGGTGCATGTATCTGGAATGCTGCTGCATATTTGAAACTTTCTGATGTTCTTAAAAGACAGATTCGCATTGCATGCAGAAAGTGTAATCTTAACTTTAGACTAACCACGTCTAAACTCCGTGCGTGTGACAATATATTGTCTGTTCGTTTTAGTGCTACCAAAACTGTTGGTGGTGCTCCTAATTGGCTAATGAGTCTTTATAGCTTCACGTTAAAAAGCTATGTCTTTGTAACGCTCATGGTCTTTTTATGTGCTGTATTAATGTATTGCTTCTTGCCTACATTTAATATGCAGACTGTTTCTTTTCACGAGGACCGCATCTTAGACTATAAAGTCTTAGACAATGGTGTCATTAGAGATATTAACTCTAATGATAAGTGCTTTGCTAATAAGTACCAGTCCTTCGTTCAATGGTTTCACGAGCATGTTGGTGGCAATTTTGACAATGACATTAACTGTCCCGTGACTGTAGCCGTAATAGCAGGCGTAGCAGGTGCTAGAGTTCCTGGTGTACCAACAGCAGTAGCATGGGTTAAGAAACAAATTGTCTTCTTTGTTTCTCGTGTCTTTGCTACTTCTCATAATGTTTGCTACACGCCGCGTAGTGAGATACCTTATAAGAGCTTTTCTGACAGTGGTTGCATTCTTCCTTCTGAATGTACTTTGTTTAGGGATGCTGAAGGTAAAATGGTACCTTATTGCTATGACCCTACAGTTTTACCTGGTGCGCATGCATATGGTTCTATGAAGCCCCATGTACGTTATGACATGTTTGAAAGTAACATGTTTATTAAATTTCCTGAGGTAGTGCTCGAAAGCACTGTTCGGGTTACTAAGACTCTTAATACTCAATACTGCCGCTTTGGCAGTTGCGAGTATGCACAAGAGGGTGTTTGTATTACTACTAATGGCTCTTGGGCTATCTTTAATGACTATCACGCTAATAGACCAGGTGTCTATTGTGGTTCAGATTATTTTGACATTGTCAGACGCTTGGCGTTGGGCTTTTTCCAACCAATTACCTATTTCCAACTGACAACTTCGTTGGTTATGGGTATTGGATTGTGTGCCTTTATGACAATTGTCTTTTATTACATTAATAAGGTTAAGAGAGCACTTGCTGATTACACACAGTGTGCTGTAATAGCTTTTGCTGCTACTATTATGAATAGCTTGTGTTTGTGCTTTGTAATGACATGTCCTTTGTGTGTCGTGCCTTACACTGCCTTATACTATTATGCTACATTCTATTTTACAAATGAGCCTGCATTTATTATGCATCTCTCTTGGTTTGTCATGTTTAGTACAGTTTCGCCCATGTGGGTTCTCTGTTTGTATGTTGTGGCTATGTGTTTTAGACACCTCTTCTGGGTTTTAGCCTATTTCAGTAAGAAGCATGTTGATGTTTTTACTGATGGTAAACTTAATTGTACCTTTCAAGAAGCTGCTGGTAATATTTTTGTTGTTAACAAGGATACCTATGTGGCTCTTAGAAATTCTATTAATGCAGATGCTTACGCACGGTATTTAGCCATGTTCAACAAGTATAAGTACTTTTCTGGTGCTATGGATACCGCTGCGTATAGAGAGGCTGCTGCTTCACATCTGGCAAAAGCTCTACAGACTTATAGTGAAACTGGTAGTGACCTTCTTTACCAGCCACCAAATTGTAGTATCACTTCTGGTGTTCTTCAGAGTGGGTTGGTTAAAATGTCACATCCTAGTGGTGCTGTAGAGTCTTGTATGGTTCAAGTTACCTGTGGTAGCATGACTCTTAATGGTTTATGGTTAGACAACTATGTCTGGTGCCCACGTCATGTTATGTGCCCAGCAGACCAGTTGAATGACCCTAATTATGATGGCTTGCTTATCTCTATGACTAATCATAGTTTTACAGTCCAAAAGCATGTGGGTGCTCCTGCCAACTTACGGGTTGTTGGACATTCCATGCAGGGAACGTTACTAAAATTGACAGTGGATTCGTCTAACCCGAATACACCGGCATATACTTTTACTACTGTAAAACCAGGTGCCTCGTTTAGCGTCCTTGCATGCTACAATGGCAGACCTACTGGTACATTTACAGTTGTTATGCGCCCTAACTACACTATTAAGGGTTCCTTTTTGTGTGGTTCTTGTGGTAGTGTTGGTTACACCAAAGAAGGTAGTGTGATTAACTTTTGCTATATGCATCAAATGGAACTGGCCAATGGTACACATACTGGTTCTTCATTTGATGGTAATATGTACGGTGCGTTTCAAGATAGGCAAATTCACCAGGCGCAATTGACAGACAAATACTGTACTATTAATATAGTAGCTTGGCTTTATGCAGCAATACTAAATGGTTGCAGCTGGTTTGTTAAACCCAACCGCACCAGTGTTGTTTCTTTTAATGAGTGGGCTATGGCTAACCAATTTACTGAGTTTATTGGTACCCAAGCTCTTGATATGTTAGCTGTTAAGACTGGTGTTTCTATTGAACAGCTTCTTTATGCTGTCCAACAGCTGAATAACGGCTTCCAAGGTAAGCAGATCTTGGGCAGTAGCATGTTGGAAGATGAATTCACCCCTGAAGATGTTAACATGCAAATCATGGGTGTTGTGATGCAGAGTGGTGTTAAGAGGGTGACATATGGAACATTCCATTGGCTTTTTGCTACATTGGTTTTGTCGTATGTTGCTATCTTGCAATGCACCAAGTTTACATTGTGGAATTATCTGTTTCAAACCATTCCGACACAGCTAACTCCAATTATGTTTGTTGTGGCTGCGTGTGTTATGTTGTTTGTTAAACACAAGCACACTTTCCTAACCCTATTCTTATTGCCCACTGCACTGTGTTTGACTTATGCTAACATAGTCTATGAGCCTTCTACTCCTGTTTCGTCAGCTCTTATTGCGATGGCAAATTGGCTGGCACCTAATAACATGTATATGAGAACAACACACACCGACCTAGGACTGTATGTTAGTCTTACTTTGGTCTTAGCTGTTGTTGTAAAGCGTCTGTACTCCCCATCAGTTTCAAATCTTGCATTGGCATTTTGCAGTTTTGTTATGTGGTTGTACACTTATAGTGTTGGTGAACATTCGTCGCCAATTGCCTATTTGGTTTTTGTTACATCACTTACTAGTGATTATACAATCACTGTCTTTGTTGCAGTGAATTTGGCTAAATTTTTAACCTATCTTGTTTTCGCTTATTCACCACAGTCTATGTTGGTGTTCCCTGAAGTCAAGATGGTCTTGCTTTTATATACGTGCATTGGTTATATTTGCACTTGTTACTTTGGTGTTTTTTCGTTGTTAAACTTTAAACTTCGTTCACCTATGGGTGTTTACGATTTTAAAGTTTCTACTCAAGAGTTCAGATACATGACAGCTAATGGCTTGCATGCACCACGTAATTCGTGGGAAGCTTTGGCTTTGAACTTTAAATTAGTTGGTATTGGCGGTACACCTTGTATTAAGGTTGCTTCTGTTCAATCCAAACTTACTGATCTTAAATGCACTTCCGTGGTTCTTCTTTCAGTGTTGCAGCAATTGCACTTGGAAGCTAATAGTAAAGCCTGGGCGTGGTGTGTTAAATGCCATAATGACATTTTGACTGCTACAGACCCAGCAGAGGCATTCGAAAAATTCGTCTGTCTCTTTGCTACTTTAATGACTTTCTCGGGCAATGTTGACCTTGAAGGTTTAGCTAGTGATTTATTAGACAATGTGTCTGTTTTACAGGCTACTTTTTCTGAGTTCTCACATCTTGCGAGTTTTGCTGAATTGGAAGCAGCTCAGAAGTCCTATCAAGAGGCTTTAGCTTCAGGTGATGCTTCACCTCAAGTTCTTAAAGCCCTTCAAAAAGCTGTTAACATTGCCAAAAATGCCTATGAAAAGGATAAGGCTGTGGCTCGTAAGTTAGAACGTATGGCTGAACAAGCTATGACGTCCATGTATAAGCAGGCACGCGCTGAGGACAAAAAGTCTAAAATTGTAAGTGCTATGCAGACTATGCTTTTTGGTATGATTAAGAAGTTGGATAATGATGTTCTTAATGGTATCATTTCAAATGCTAGGAATGGTTGTGTACCTCTTAGTGCTGTTCCACTTTGTGCATCTAATAAACTTAGAGTAGTTATTCCTGACTTTAATGTTTGGAACCAAGTTGTAACTTACCCATCATTGAATTATGCTGGGGCACTTTGGGATATTGCAGTTATTAATACTGTGGACAATGAGATCATCAAATCCTCAGATGTTTCAGAAAACAATGAGCATTTGACGTGGCCACTTGTACTTGAATGCACCCGGGCTGCTGCTTCAGCGGTTAAGTTGCAAAACAATGAAATTAGGCCAACTGGGCTTAAGACTATGGTTGTTACAGCAGGTTTAGATCAGACCTCTTTTAATGTTAGCTCCTTAGCATATTATGAACCTGTTCAAGGTCGTAAAATGTTAATGGGTATTTTATCTGAGAATGCATACTTAAAGTATGCTAAAGTTGAAGGCCAGGATGGGTTTGTAACCATTGAGTTGCAACCTCCTTGCAAGTTTTTGATTTCCGGCCCTAAGGGACCCGAGATCCGATATCTTTATTTTGTCAAAAATCTTAACAACCTTCATAGAGGGCAGCTTTTAGGTCATATTGCTGCTACTGTTAAATTACAAGCAGGTTCTAATACAGAATTTGCTGCTAATTCTTCAGTGTTATCCCTAGTGACATTCACTGTTGACCCTAAAAAAGCTTACATGGATTTTGTTAATGCTGGTGGTGTCCCATTAACTAACTGTGTTAAGATGCTTACTCCCAAGACTGGTACGGGTATTGCGATATCTGTTAAGCCTGAGAGTAATGCTGATCAAGAAACTTACGGTGGTGCTTCAGTTTGTCTCTATTGTCGTGCACATATAGAACATCCTGATGTTTCTGGCGTTTGTAAATTTAAGGGTAAATTTGTACAAATTCCTGCACAGTGTACTCGTGACCCTGTCGGTTTTTGTCTTACAAATGACATCTGCAATGTCTGTCAATATTGGAAAGGATATGGTTGCAGCTGCGACTCTCTTAGAGAAGTGGCACTTCCACAATCCAAAGATTCCAATTTTTTAAACGAGTCCGGGGTTCTATTGTAG
Protein
MSSVAGVVAQGARNMYRAALKNEKRQDHVSLTVSCCGAGDQAAKLSPWFMDGQNAYXTVKATLRNKEKLLFVPFKLTGFINHLPGPRVFLVEWLTGGTYSAPFMVNQIAFSHSANDPLLGTTLQGKPVGYFFPYDPALETGEYTFLLRKNGRGGNHFRHPLDEDEIIYFPYEVFDALQDDPKGKYSKKLLNKLVGGDFTPIDQYMCGKDGNPIRDYAALAAKEGLNSLADVLTDVSARADAEGYINFKEKLYRIVWHVERKNVPYAKQTIFTVNSVVQCDGIERVPPHSFTLGGKVDVLVPSNKWTGKKTLTLKERILYTFYGKDAFENHSYIYHSAFVECTGCGNGRWLTGNAVQGFACDCGACFSANDVEIQSSGVVKPNAIFCATCPFAKSDGCSCSCKHTTAQVVSYLSEKCMIAPESKSFTMTFGGVVYAYLGCHEGTMYFVPRAKSIVSRVGDSIFTGCVGAWDKVSKIANLFVEQSQRSLNFVGEFVLNDIVIAILSGTTTNVDKLRSLVTNMDIEKLRQYLVAYDIAVTAGPYVEGAINVGKQGLEFAAITAPFLVLTGLGESFKKVAAIPYKACKSIKDTLAYYSQSILYRVYPYEISDDVSAFSELLLDCVGFTAASCYFVVRLLEDKVEALMSTIFNSCQNAVSSFINVCFEATAATLSFIFDLAQLFKVFLRQTYVYTTTGFVVVGGKASQLTKQLLDILSKAMQLLHTKVSWAGAKVRAVIYDSKESLVFPTGTYHCVSTQANAVQQEFSVVLPGEVAKKQIGLLEPVNHSATVDVQIQNNTVDVVVGQLEETNMHSPDLVVGDYVIISGKLFVRCDEDGQTTFYPMCTNGKVVPTLFKLKGGAPVKKVTFGEEKVHQVAATRSVTVEYNIHVVLDALLANSNLRTFCVDKALTVEEFVDVVKDEVSELLTKLLRGVEIEDFDLEDFIDNPCYCFNRDGDEQWGSTMIFSVHPVECDEQEEEVEEQAEVQQSAEEFDDSTGDEAWAALVDEEFPLEEEVQEEKTSISVLCNAVEQQITVEVFEVKTFETPAGQFCTESVVDLQQAVVNIRETKCAPELTKTEVVENSAPVPVKEYEADVEAAEQVVAKPKTRTKKRAVKAASGSDSESTTDPLLSFKHKVFTDSVTLVCCDAIKLAKCYKDAVLVNAANTHLQHAGGIAAAINKASNDAVQLESDAYLDAKGPLQVGDAVLLKGHNLAKNILHVVGPDARAKQDVSLLSKCYKAMNSYPLVITPLISAGIFGVDPKVSFEFLQRDIRTRTLVAVNSEEIYNKLTEVKVPQGLTFSYDGLKGGIRKAKDYGFTVFVNIDNSANTKTLRNKGVDYTKRQVIAGGVQYYCYSAKDTLPELVIAANKTKGIVAHPLGYISHGCDLMQARAFVNMVKVPYVCLLANKEQSLVLTSTDERMSPVDEFIKHVEKEGSYHNWHLVKGEVFFNNTVYQKLLHWSDQTICYRGQQFFVLKNGCALPFEDLNKCRAYMTSRAVQQLTIEVLVTVDGVNFRTCVVNNQTTYRAQLGCVFLNGVDVSDTIPEQKQNGFSFFLADNLSAAEKEVLRELYGTPDSNFLYKYYSLKAKVANWKMFMCDKVRSLKLSDSNCYLNVVIMMLDLLRDIRFTIPALQQAFIKHKGGDSTEFIALIMAYGDCTFGVPDDASRLIHTLLAKAELSVSARMVWREWCNVCGTKDVVIEGLKACSYVGIQTIEELHVRSSFTCQCGGVRHRQIVEHNTPWLLLSGTPTEQVVSTSSDPGFVAFNVFLGVETSVGHYVHARVKDSLIYKFDSGSLTKSSEWKCKVTDILYPGQKYTSDCNVVVYSLDGISKAEVDPDLSAYYVKDGKYFTSTPSTVYSPATVIAGSVYTNSCLVASDGVPSNDNISLPFNNMLGYNPSKPISKKYTYSKLPDESGDVLLAEFSTHDPIYKNGAMFHGKPVLWVTNGNFDCALSRYNRASLRQIFDPAPVELENKFTPLSVEDLVPSADKEETNILSELKLVKCKGLSKPFVKDGFSFVNDDTGVQVVDYLTREDMHQLYVNPKHQIIVLYGNFLSNFFGLHTVLSGDISVVATSGSLTKKVKMLFKASALFKEFASRTFTAVTVVGSAVKHVVRHYGVATNILNSCFAIVKMLCLIPLRYFKNTDTTCTKVEVNALRTTGIVTGNVVKQCCTAAIDLAYNKLQSVDWKASLRLLLILCTTGLLLSSIYHLYVFNQVVSSDAMLDDATGVMALYKEIRSYLRITSACDGLASNYRENSFDISNFCANRSVLCKWCLLGQDSITHYSALKMVQTHISHYVLNVDWLWFALELLLAYVMYTAAFNWVLLACTLQYFFSQTSLFVDWRSYNYVVSGIYLIFTHIPLDGLVRIYNVLACLWFLRRFYNHAINGCKDTACLLCYKRNRLTRIEASTVVCGAKRTFYITANGGVSFCRRHNWNCVDCDTAGIGNTFICEEVANDLTTTLRRLVKPTDRSHYYVDSVDVKDTVVQFNYTRGGQVCYERFSLCNFSNLDKLKFKEVCKSTTGIPEHNFIIYDASDRGQENLARSACVYYSQVLCKPILLVDSNLVTSVGDSTEIATKMFDSFVNSFVSLYNVTRDRLDKLIATAKDGLKRGENLQPILKTFIDAARGPAGVESDIETGDIVDAVQYAHKHDIQLTVEGYNNYVPSYVKPDSIAISDLGSLIDSNAASVNPANMRNANGACIWNAAAYLKLSDVLKRQIRIACRKCNLNFRLTTSKLRACDNILSVRFSATKTVGGAPNWLMSLYSFTLKSYVFVTLMVFLCAVLMYCFLPTFNMQTVSFHEDRILDYKVLDNGVIRDINSNDKCFANKYQSFVQWFHEHVGGNFDNDINCPVTVAVIAGVAGARVPGVPTAVAWVKKQIVFFVSRVFATSHNVCYTPRSEIPYKSFSDSGCILPSECTLFRDAEGKMVPYCYDPTVLPGAHAYGSMKPHVRYDMFESNMFIKFPEVVLESTVRVTKTLNTQYCRFGSCEYAQEGVCITTNGSWAIFNDYHANRPGVYCGSDYFDIVRRLALGFFQPITYFQLTTSLVMGIGLCAFMTIVFYYINKVKRALADYTQCAVIAFAATIMNSLCLCFVMTCPLCVVPYTALYYYATFYFTNEPAFIMHLSWFVMFSTVSPMWVLCLYVVAMCFRHLFWVLAYFSKKHVDVFTDGKLNCTFQEAAGNIFVVNKDTYVALRNSINADAYARYLAMFNKYKYFSGAMDTAAYREAAASHLAKALQTYSETGSDLLYQPPNCSITSGVLQSGLVKMSHPSGAVESCMVQVTCGSMTLNGLWLDNYVWCPRHVMCPADQLNDPNYDGLLISMTNHSFTVQKHVGAPANLRVVGHSMQGTLLKLTVDSSNPNTPAYTFTTVKPGASFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNYTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGSVINFCYMHQMELANGTHTGSSFDGNMYGAFQDRQIHQAQLTDKYCTINIVAWLYAAILNGCSWFVKPNRTSVVSFNEWAMANQFTEFIGTQALDMLAVKTGVSIEQLLYAVQQLNNGFQGKQILGSSMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQSGVKRVTYGTFHWLFATLVLSYVAILQCTKFTLWNYLFQTIPTQLTPIMFVVAACVMLFVKHKHTFLTLFLLPTALCLTYANIVYEPSTPVSSALIAMANWLAPNNMYMRTTHTDLGLYVSLTLVLAVVVKRLYSPSVSNLALAFCSFVMWLYTYSVGEHSSPIAYLVFVTSLTSDYTITVFVAVNLAKFLTYLVFAYSPQSMLVFPEVKMVLLLYTCIGYICTCYFGVFSLLNFKLRSPMGVYDFKVSTQEFRYMTANGLHAPRNSWEALALNFKLVGIGGTPCIKVASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWAWCVKCHNDILTATDPAEAFEKFVCLFATLMTFSGNVDLEGLASDLLDNVSVLQATFSEFSHLASFAELEAAQKSYQEALASGDASPQVLKALQKAVNIAKNAYEKDKAVARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSAVPLCASNKLRVVIPDFNVWNQVVTYPSLNYAGALWDIAVINTVDNEIIKSSDVSENNEHLTWPLVLECTRAAASAVKLQNNEIRPTGLKTMVVTAGLDQTSFNVSSLAYYEPVQGRKMLMGILSENAYLKYAKVEGQDGFVTIELQPPCKFLISGPKGPEIRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVKLQAGSNTEFAANSSVLSLVTFTVDPKKAYMDFVNAGGVPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLTNDICNVCQYWKGYGCSCDSLREVALPQSKDSNFLNESGVLL
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR013016
Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR038083 R1a/1ab
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR037204 NSP7_sf
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR038083 R1a/1ab
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR037204 NSP7_sf
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR024375 Nsp3_coronavir
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5C3N
E-value=0.0 Score= 604 Identity=89.87%
Cov(Q)=6.95% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host membrane
Topology
Length:
4405
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
357.37689
Exp number, first 60 AAs:
0.00043
Total prob of N-in:
0.00661
outside
1 - 2113
TMhelix
2114 - 2136
inside
2137 - 2188
TMhelix
2189 - 2211
outside
2212 - 2301
TMhelix
2302 - 2324
inside
2325 - 2344
TMhelix
2345 - 2367
outside
2368 - 2769
TMhelix
2770 - 2792
inside
2793 - 2851
TMhelix
2852 - 2874
outside
2875 - 3040
TMhelix
3041 - 3063
inside
3064 - 3083
TMhelix
3084 - 3106
outside
3107 - 3125
TMhelix
3126 - 3148
inside
3149 - 3575
TMhelix
3576 - 3593
outside
3594 - 3607
TMhelix
3608 - 3627
inside
3628 - 3633
TMhelix
3634 - 3651
outside
3652 - 3677
TMhelix
3678 - 3697
inside
3698 - 3703
TMhelix
3704 - 3724
outside
3725 - 3743
TMhelix
3744 - 3766
inside
3767 - 3778
TMhelix
3779 - 3801
outside
3802 - 4405
