Strain
Camel_MG923480
(Region: Nigeria; Strain: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate MERS-CoV camel/Nigeria/NV1787/2016, complete genome.; Date: 7-Feb-16)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGACCGCGCAAGGTGCGCGCGGTACGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACATCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTCAGGAAACCTGGTTGAAAAACTTTCACCATGGTTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCCATGTTACTTAAAAAGGAGCCACTTCTCTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACCAGACACCTCCCAGGTCCTCGTGTGTACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTTGTGAAAATCCATTCATGGTCAACCAATTGGCTTATAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCCTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGCAAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCTTATGACATCGAACTTGTCACAGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTATGGCCGTGGTGGTTATCACTACACCCCATTCCACTATGAGCGAAACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACGATTTTGAGGCGGATCCTAAAGGCAAATATGCCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCAGTTGACCAATACATGTGTGGTGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAACTGGCTGATGTTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGACGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCTATATAGATTGGTTTGGCATGTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAATAGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAACACTCCTCCTCACTATTTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAACGCTCACCCCACGCAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTGACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTTCTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCCGCATTCATTGAGTGTGGAAGTTGTGGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGTTTGCCTGTGGATGTGGGGCATCATATACAGCTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTGCTACTTGCCCCTTTGCTAAGGGTGATAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAACGCTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTGGATGTGAGGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCATTTTTACAGGCTGTACTGGCTCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAGCATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGTTGTCAACGATGTTGTCCTCGCAATTCTCTCTGGAACCACAACTAATGTGGACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCCTTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGACTATGACGTAGCAGTCACTGCAGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACAGGATTACAGTATGCCGCCATTACTGCACCTTATGTAGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCATACCGTACAAGGTTTGCTACTCTGTTAAGGATACTCTGGCTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGTTTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTACTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCAGTAACTTCTATCTATTTTTTAGTCCGCCTCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTATGTCTACAATTATTACTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGTTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTAACTTCTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTCCGCAATGCCTATGTGTACACTTCACAAGGGTTTGTGGTTGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAGGGTATGCAACTTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAAAATCAGTGCTGTTATCTACAGCGGCAGGGAGTCTCTAATATTCCCATCGGGAACTTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAAGATCTTGACGTTATTTTGCCTGGTGAGTTTTCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAACTGTTAGTGTTACTGTATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTGGGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCATAGTCCTGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTATTAGTGAAAAATTGTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGATTTGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTAGACTTAAGGGAGGTGCACCTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTAAGAAGTGTTACTGTCGAGTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTCGTTGTAGATAAGTCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAATTACTGCGTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGAGGGTGATGCATCCTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTTCACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCTGAAGTAGAGGCTTCAGATTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTGCATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTGACGTTTCTCATGAGACTTCTGACGACGAGTGGACTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCTCTCGATGAAGCAGAAGATGTTACTGAATTTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGCACCTGTTGAAGATATTGCGCAGGTTGTCATAGCTGACACCTTACAGGAAACTCCTGTTGTGCCTGATATTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTGGTGGAACTTCCGTCTGAACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGATACCGAACAGACACAGAGTGTTATTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTGTCCAATTTTGAACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCAAGTGCTATGGGGAGCCTGTGTTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGGTGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGTCCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCGTTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTCTAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCCCAGATGCCCGCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGCTATAGGGCTATGAATGCATATCCTCTTGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAGCAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTCTTTTGATTATCTTATTAGGGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTTGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCATAGTTGACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGATTATGGTTTTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAATGGTGTTGATTATACTAAGAAGTTTCTTACAGTTGACGGTGTGCAATATTATTGCTACACGTCTAAGGACACTTTAGATGATATCTTACAACAGGCTAATAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATATGTGTCTCATGGTTTAGACTTAATGCAAGCAGGGAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACGTGTGTCTCCTAGCTAATAAAGAGCAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAACCCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCCGCACTAATGGTGGTTACAATTCTTGGCATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAAGCTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGGATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACAGCTTTTCCATTTGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAATCGAAGTCTTAGTGACTGTCGATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAGATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGTGCTGATATTTCTGACACCATTCCTGATGAGAAACAGAATGGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGAAACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCCCCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCCATAGGTGGAAGATGGTTGTGTGTGATAAGGTACGTTCTTTCAAATTGAGTGATAATAATTGTTATCTTAATGCAGTTATTATGACACTTGATTTATTGAAGGACATTAAATTTGTTATACCTGCTCTACAGCATGCATTTATGAAACATAAGGGCGGTGATTCAACTGACTTCATAGCCCTCATTATGGCTTATGGCAATTGCACATTTGGTGCTCCAGATGATGCCTCTCGGTTACTTCATACCGTGCTTGCAAAGGCTGAGTTATGCTGTTCTGCACGCATGGT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Protein
MSFVAGVTAQGARGTYRAALNSEKHQDHVSLTVPLCGSGNLVEKLSPWFMDGENAYEVVKAMLLKKEPLLYVPIRLAGHTRHLPGPRVYLVERLIACENPFMVNQLAYSSSANGSLVGTTLQGKPIGMFFPYDIELVTGKQNILLRKYGRGGYHYTPFHYERNNTSCPEWMDDFEADPKGKYAQNLLKKLIGGDVTPVDQYMCGVDGKPISAYAFLMAKDGITKLADVEADVAARADDEGFITLKNNLYRLVWHVERKDVPYPKQSIFTINSVVQKDGVENTPPHYFTLGCKILTLTPRNKWSGVSDLSLKQKLLYTFYGKESLENPTYIYHSAFIECGSCGNDSWLTGNAIQGFACGCGASYTANDVEVQSSGMIKPNALLCATCPFAKGDSCSSNCKHSVAQLVSYLSERCNVIADSKSFTLIFGGVAYAYFGCEEGTMYFVPRAKSVVSRIGDSIFTGCTGSWNKVTQIANMFLEQTQHSLNFVGEFVVNDVVLAILSGTTTNVDKIRQLLKGVTLDKLRDYLADYDVAVTAGPFMDNAINVGGTGLQYAAITAPYVVLTGLGESFKKVATIPYKVCYSVKDTLAYYAHSVLYRVFPYDMDSGVSSFSELLFDCVDLSVTSIYFLVRLLQDKTGDFMSTIITSCQTAVSKFLDTCFEATEATFNFLLDLAGLFRIFLRNAYVYTSQGFVVVNGKVSTLVKQVLDLLNKGMQLLHTKVSWAGSKISAVIYSGRESLIFPSGTYYCVTTKAKSVQQDLDVILPGEFSKKQLGLLQPTDNSTTVSVTVSSNMVETVVGQLEQTNMHSPDVIVGDYVIISEKLFVRSKEEDGFAFYPACTNGHAVPTLFRLKGGAPVKKVAFGGDQVHEVAAVRSVTVEYNIHAVLDTLLASSSLRTFVVDKSLSIEEFADVVKEQVSDLLVKLLRGMPIPDFDLDDFIDAPCYCFNAEGDASWSSTMIFSLHPVECDEECSEVEASDLEEGESECISETSTEQVDVSHETSDDEWTAAVDEAFPLDEAEDVTEFVQEEAQPVEAPVEDIAQVVIADTLQETPVVPDIVEVPPQVVELPSEPQTIQPEVKEVAPVYEADTEQTQSVIVKPKRLRKKRNVDPLSNFEHKVITECVTIVLGDAIQVAKCYGEPVLVNAANTHLKHGGGIAGAINAASKGAVQKESDEYILAKGPLQVGDSVLLQGHSLAKNILHVVGPDARAKQDVSLLSKCYRAMNAYPLVVTPLVSAGIFGVKPAVSFDYLIREAKTRVLVVVNSQDVYKSLTIVDIPQSLTFSYDGLRGAIRKAKDYGFTVFVCTDNSANTKVLRNNGVDYTKKFLTVDGVQYYCYTSKDTLDDILQQANKSVGIISMPLGYVSHGLDLMQAGSVVRRVNVPYVCLLANKEQEAILMSEDVKLNPSEDFIKHVRTNGGYNSWHLVEGELLVQDLRLNKLLHWSDQTICYKDSVFYVVKNSTAFPFETLSACRAYLDSRTTQQLTIEVLVTVDGVNFRTVVLNNKNTYRSQLGCVFFNGADISDTIPDEKQNGHSLYLADNLTADETKALKELYGPVDPTFLHRFYSLKAAVHRWKMVVCDKVRSFKLSDNNCYLNAVIMTLDLLKDIKFVIPALQHAFMKHKGGDSTDFIALIMAYGNCTFGAPDDASRLLHTVLAKAELCCSARMVWREWCNVCGIKDVVLQGLKACCYVGMQTVEDLRARMTYVCQCGGERHRQLVEHTTPWLLLSGTPNEKLVTTSTAPDFVAFNVFQGIETAVGHYVHARLKGGLILKFDSGTVTKISDWKCKVTDVLFPGQKYSSDCNVVRYSLDGNFRTEVDPDLSAFYVKDGKYFTSEPPVTYSPATILAGSVYTNSCLVSSDGQPDGDAISLSFNNLLGFDSSKPVTKKYTYSFLPKEDGDVLLAEFDTYDPTYKNGAMYKGKPILWVNKASYDTNLNKFNXASLRQIFDVAPIELENKFTPLSVESTPVEPPTVDVVALQQEMTIVKCKGLNKPFVKDNVIFVADDSGTPVVECLSKEDLHTLYVDPKYQVIVLKDNVLSSMLRLHTVESGDINVVAASGSLTRKVKLLFRASFYFKEFATRTFTATIAVGSCIKSVVRHLGVTKGILTGCFSFVKMLFMLPLAYFSDSKLGTTEVKVSALKTAGVVTCNVVKQCCTAAVDLSMDKLCRVDWKSTLRLLLMLCTTMVLLSSVYHLYVFNQVLSSDVMFEDAQGLKKFYKEVRAYLGISSACDGLASAYRANSFDVPTFCANRSAMCNWCLISQDSITHYPALKMVQTHLSHYVLNIDWLWFAFETGLAYMLYTSAFNWLLLAGTLHYFFAQTSIFVDWRSYNYVVSSAFWLFTHIPMAGLVRMYNLLACLWLLRKFYQHVINGCKDTACLLCYKRNRLTRVEASTVVCGGKRTFYITANGGISFCRRHNWNCVDCDAAGVGNTFICEEVANDLTTALRRPINATDRSHYYVDSVTVKETVVQFNYRRDGQPCYEQFPLCAFTNLDKLKFKEVCKTTTGIPEYNFIIYDSSDRGQESLARSACVYYSQVLCKSILLVDSSLVTSVGDSSEIATKMFDSFVNSFVSLYNVTRDKLEKLISTARDGVRRGDNFHNVLTTFIDAARGPAGVESDVETNEIVDSVQYAHKHDIQLTNESYNNYVPSYVKPDSVSTSDLGSLIDCNAASVNQTVLRNSNGACIWNAAAYMKLSDALKRQIRIACRKCNLAFRLTTSKLRANDNILSVRFTAKIVGGAPIWFNALRDFTLKGYVLATIIVFLCAVLMYLCLPTFSMAPVEFYEDRILDFKVLDNGIIRDVNPDDKCFANKHRSFTQWYHEHVGGVYDNSITCPLTVAVIAGVAGARIPDVPTTLAWVNNQIIFFVSRVFANTGSVCYTPIDEIPYKSFSDSGCILPSECTMFRDAEGRMTPYCHDPTVLPGAFAYSQMRPHVRYDLYDGNMFIKFPEVVFESTLRITRTLSTQYCRFGSCEYAQEGVCITTNGSWAIFNDHHLNRPGVYCGSDFIDIVRRLAVSLFQPITYFQLTTSLVLGIGLCAFLTLLFYYINKVKRAFADYTQCAVIAVVAAVLNSLCICFVASIPLCIVPYTALYYYATFYFTNEPAFIMHVSWYIMFGPIVPIWMTCVYTVAMCFRHFFWVLAYFSKKHVEVFTDGKLNCSFQDAASNIFVINKDTYAALRNSLTNDAYSRFLGLFNKYKYFSGAMETAAYREAAACHLAKALQTYSETGSDLLYQPPNCSITSGVLQSGLVKMSHPSGDVEACMVQVTCGSMTLNGLWLDNTVWCPRHVMCPADQLSDPNYDALLISMTNHSFSVQKHIGAPANLRVVGHAMQGTLLKLTVDVANPSTPAYTFTTVKPGASFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNYTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGSVINFCYMHQMELASGTHTGSAFDGTMYGAFMDKQVHQVQLTDKYCSVNVVAWLYAAILNGCAWFVKPNRTSVVSFNEWALANQFTEFVGTQSVDMLAVKTGVAIEQLLYAIQQLYTGFQGKQILGSTMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQSGVRKVTYGTAHWLFATLVSTYVIILQATKFTLWNYLFETIPTQFFPLLFVTMAFVMLLVKHKHTFLTLFLLPVAICLTYANIVYEPTTPISSALIAVANWLAPTNAYMRTTHTDIGVYISMSLVLVIVVKRLYNPSLSNFALALCSGVMWLYTYSIGEASSPIAYLIFVTTLTSDYTITVFVTVNLAKVCTYAIFAYSPQLTLVFPEVKMILLLYTCLGFMCTCYFGVFSLLNLKLRAPMGVYDFKVSTQEFRFMTANNLTAPRNSWEAMALNFKLIGIGGTPCIKVAAMQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSRAWAFCVKCHNDILAATDPSEAFEKFVSLFATLMTFSGNVDLDALASDIFDTPSVLQATLSEFSHLATFAELEAAQKAYQEAMDSGDTSPQVLKALQKAVNIAKNAYEKDKAVARKLERMADQAMTSMYKQARAEDKKAKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCIPLSVIPLCASNKLRVVIPDFTVWNQVVTYPSLNYAGALWDITVINNVDNEIVKSSDVVDSNENLTWPLVLECTRASTSAVKLQNNEIKPSGLKTMVVSAGQEQTNCNTSSLAYYEPVQGRKMLMALLSDNAYLKWARVEGKDGFVSVELQPPCKFLIAGPKGPEIRYLYFVKNLNNLHRGQVLGHIAATVRLQAGSNTEFASNSSVLSLVNFTVDPQKAYLDFVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESTADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKYKGKFVQIPAQCVRDPVGFCLSNTPCNVCQYWIGYGCNCDSLRQAALPQSKDSNFLNRVRGSIVNARIEPCSSGLSTDVVFRAFDICNYKAKVAGIGKYYKTNTCRFVELDDQGHHLDSYFVVKRHTMENYELEKHCYDLLRDCDAVAPHDFFIFDVDKVKTPHIVRQRLTEYTMMDLVYALRHFDQNSEVLKAILVKYGCCDVTYFENKLWFDFVENPSVIGVYHKLGERVRQAILNTVKFCDHMVKAGLVGVLTLDNQDLNGKWYDFGDFVITQPGSGVAIVDSYYSYLMPVLSMTDCLAAETHRDCDFNKPLIEWPLTEYDFTDYKVQLFEKYFKYWDQTYHANCVNCTDDRCVLHCANFNVLFAMTMPKTCFGPIVRKIFVDGVPFVVSCGYHYKELGLVMNMDVSLHRHRLSLKELMMYAADPAMHIASSNAFLDLRTSCFSVAALTTGLTFQTVRPGNFNQDFYDFVVSKGFFKEGSSVTLKHFFFAQDGNAAITDYNYYSYNLPTMCDIKQMLFCMEVVNKYFEIYDGGCLNASEVVVNNLDKSAGHPFNKFGKARVYYESMSYQEQDELFAMTKRNVIPTMTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQYHQKMLKSMAATRGATCVIGTTKFYGGWDFMLKTLYKDVDNPHLMGWDYPKCD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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032505
Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR008740 Peptidase_C30
IPR042570 NAR_sf
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR032592 NAR_dom
IPR014828 NSP7
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR042515 Nsp15_N
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1419 Identity=71.94%
Cov(Q)=13.14% Cov(P)=97.38%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7077
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
357.708139999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00122
outside
1 - 2174
TMhelix
2175 - 2197
inside
2198 - 2296
TMhelix
2297 - 2319
outside
2320 - 2338
TMhelix
2339 - 2361
inside
2362 - 2754
TMhelix
2755 - 2777
outside
2778 - 3025
TMhelix
3026 - 3048
inside
3049 - 3068
TMhelix
3069 - 3091
outside
3092 - 3110
TMhelix
3111 - 3133
inside
3134 - 3560
TMhelix
3561 - 3578
outside
3579 - 3592
TMhelix
3593 - 3611
inside
3612 - 3617
TMhelix
3618 - 3637
outside
3638 - 3662
TMhelix
3663 - 3682
inside
3683 - 3688
TMhelix
3689 - 3709
outside
3710 - 3728
TMhelix
3729 - 3751
inside
3752 - 3763
TMhelix
3764 - 3786
outside
3787 - 7077
