Strain
Avian_MH021175
(Region: Netherlands; Strain: Avian coronavirus strain D274, complete genome.; Date: 1979)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTTTTCTATACGTCACACAATCCTAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCATTTAAGCAAAAGTTTGACCGTAATCTGCGGACTGGGAAGCCGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTAAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGCATCCCAGAAAAAGTCTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCTGATTTAGAAGATATCTTTGGTGTTTCTCCTTTTGCACGGAAATACCGTGAATTGTTGAAGACAGCATGTCAGTGGTCTATGACTGTAGAAACATTGGATGCTCGTGCACAAACTCTTGACGAAATTTTCTCACCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCACATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATTTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTCGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTATTAGAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGCACTAAGGGTTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAAGGTACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACTTAACACTGCTTGACCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGCCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGTAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAATTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCTAAAGCAGCCACTATTGCGGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACGGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAATTTGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTTTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTCGTCTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGTACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTTACACAGCATTGTTTTCAATTATTGCTGGATGCACTACATTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATCCATGGAGATTTATTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCATAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCATTGACAGCATTGATGTTCAAGACCTAGGTGTTGTTCAAGAAAAACCGATTGATTTTGAGGTTTGTGAAGATGTAACACTTCCTGAAAACCAACCTGGTCATATGATTCAAATTGCAGATGAAGGAAAGAACTATATGTTCTTTCGCTTCAAGAAGGATGAGAATATTTACTACACACCAATGTCACAGCTTGGTGCGATTAATGTGGTTTGCAAAGCAGGCGGCAAGACTGTCACTTTTGGCGAAACTATTGTGAAAGAGATACCACCATCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATTTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATTTATGAGAAAATGTGCGACGATCTTAAATTGTTTCCAGAGGCACCTGAACCTCCACCATTTGAGAATGTTGCACTTGTTGATAAGAACGGGAAAGATTTGGATTGCATAAAATCGTGCTATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGCGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGACACTACTTCAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTTTAATGGATGTATTGTGCATAAAGACGCTCTTGATGTTGTAAATTTACCGTCTGGTGAAGAGACTTTTGTTGTCAACAATTGCTTTGAGGGAGCTGTAAAACCACTGCCTCAGAAAGTTGTTGATGTTTTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAGCAAATTGCACAAACTACTTTAAAGGAAACCCCTATCAGTAGTTTGGAGGCAACTGAGCAAGTTGTTGTTGAGGAACAGAAAATAATTTCTGTTGTTGAAGAAGAACAGCAGGTGGCGGTCTACACACTTGCAGACCTACAAGTTGTTGAAGAAACACCAGATGAGTTTATTCTTACTGCTGATGTTTCCATAGAAGAAATTGTGCCTCATGAAGAAAAGGAGTCACAGATTGAACAGGGGCCTATTCAAGTTGTTAAATTACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTTAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGATAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCATGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGAGACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCAACATACGCGTTCTTCTTTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTATTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCAGTCTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGACGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTGCCGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTTGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAATAGTGATTCTTCAAGCTGCTAAGATTAAATTTAAAGGCTTTCTTGCAGAAGCGTGGGCTAAACTGTTGGGTGGTGACCCTACAGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGTAATGCTAATGTTGGCGATTTTGCAGATGCTAATTGGCTCTTGGCTAATTTAGCAGAACATTTTGACGCAGATCACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAATTGTGGGGTTAAGGATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTACGGGCACCTAACCTTCTGCATTTTAAGACACAATACTCAAATTGTCCTGCTTGTGGTGCAAATAGTGTGGATGAGGTTGTAGAAGCCTCGTTACCATATCTACTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTGCTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGAAACATTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCGTTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGAAAGAAAATTTTCAAAGAAGTCGCCATACATTACAGCAATGTATATGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGTCCTCTGTCTTTTGTTAAGCAGAGCAAAGGTAAGTCTAAGGTAGTAAAAGAAGATGTTGCTAACCTTGCTACTAGTTCTAAAGTCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTACGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAACACCTGAAAATTTGGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGAATGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGAATTTAAGTCAAAAGATGGTTTTACTTATAAGTTAACACCTGATATTGATGAAAATTCAAAAGCACCAGTTTACTACCCAGTCTTGGATTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAATTATTATAGTAAGTCATTGCGCGTTCCCACTTTCTGGGAGTGTGCTGAGACCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTAACTACTGGTCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAATTGTTGGGACTAGTGTTATTACTACACAATGTAGTAAATTAATTGGTAAAGCATCTGCGTTCGTTGC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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFKQKFDRNLRTGKPFKFETVCGLFLLKGVDKITPGIPEKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSMTVETLDARAQTLDEIFSPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFHIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVIREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILVAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKFAYGKVRNLEEVVKTHFFKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCVQLKKAKLVVTETLCVLKGVTQHCFQLLLDALHSLYMSFKKCALGRIHGDLFFWKGGVHKIVQDGDEIWFDAIDSIDVQDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMIQIADEGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETIVKEIPPSDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCYLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTTSECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVFNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQIAQTTLKETPISSLEATEQVVVEEQKIISVVEEEQQVAVYTLADLQVVEETPDEFILTADVSIEEIVPHEEKESQIEQGPIQVVKLQREKKAKKFKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTIVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDRDLHDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCNIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSAIVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTADDVEDKEILFIPTADKTVLEYYGFDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAIVILQAAKIKFKGFLAEAWAKLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGDFADANWLLANLAEHFDADHTNAFLKRRVSCNCGVKDCEVRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPACGANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPATVDCDENAVGNIVFIGSTNSGHCYTQAVGKAFDNLAKERKFSKKSPYITAMYMRFSLKSESPLSFVKQSKGKSKVVKEDVANLATSSKVSFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQETPENLDEYVSFTTKNDSKLPLTLKVRGIKSVVEFKSKDGFTYKLTPDIDENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVEGSANFVVGHPNYYSKSLRVPTFWECAETFVKIGEKVDGVTTGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVITTQCSKLIGKASAFVADKVGGGVVRNITDRIKGLCGITRGHFENKMSPQFLKTIMFFFFYLIKASGKSLVASYRSVLCKVVFTTLFILWFIYTSNPVMFTGIRVLDILFEGSLCGSYNDYGKDTFDVLRYCADDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQVYKDAISGISFNWNWLYLTFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFTQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCNRVARSNRYEVSVVVGGRKQLVHVYTNSGYKFCKTHNWYCRNCDEYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRYVKPTAHAYHVVDDACVVDDFVNLKYKAATPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDSFIVCNTQSAHSLEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYERLVVEPVSKSVVDKVCNILSNIISVDTAALNYKAGTLRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVISSYGIDTGKLTPRDRGFLINADASIANLRVRNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFVTKSGVKQVISCHTQKLLVEKKAGGIISGTFSKVKSCCKWLLIFYILFTACCLGYYHMEMNKSFVHPMYDVSSTMHVEGFKVIDKGVIREIVSEDTCFSNKFANFDSFWGRPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGYVGWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHMPYIVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVGVVLVFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVINAFILCVHSYNSVVAVILLVFYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIIPTWLACCYLGFIIYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRSSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLAAPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDSIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNHEFEIVTRNNVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLTGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWFYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVDDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSEPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVKLQSSFVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAVVLFTAVPLRYYVHAAVILLMAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISQIVIYVSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAVKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSNTLAAYSEGNWELFFELVHTTVLANCSSNSLIGLLVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGIYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKIVPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVAECMDNLLGMLVTLFCVDSSIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKDLYEKVLVDSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLVTVPIVCSNKLTLVIPDPETWAKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSISSGLTYCVSGDNIAWPLKVCLTRNGHNRVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQLKGSFVQIPTTERDPVGFCLRNKVCTVCQCWVGYGCQCDALRQTKPSVQVVAVAADYDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 691 Identity=93.02%
Cov(Q)=9.10% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3932
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
387.46687
Exp number, first 60 AAs:
2e-05
Total prob of N-in:
0.00571
outside
1 - 1720
TMhelix
1721 - 1743
inside
1744 - 1828
TMhelix
1829 - 1851
outside
1852 - 1865
TMhelix
1866 - 1888
inside
1889 - 2260
TMhelix
2261 - 2279
outside
2280 - 2341
TMhelix
2342 - 2364
inside
2365 - 2537
TMhelix
2538 - 2560
outside
2561 - 2564
TMhelix
2565 - 2587
inside
2588 - 2593
TMhelix
2594 - 2611
outside
2612 - 2630
TMhelix
2631 - 2653
inside
2654 - 3075
TMhelix
3076 - 3098
outside
3099 - 3102
TMhelix
3103 - 3122
inside
3123 - 3133
TMhelix
3134 - 3156
outside
3157 - 3175
TMhelix
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inside
3199 - 3204
TMhelix
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outside
3228 - 3236
TMhelix
3237 - 3259
inside
3260 - 3278
TMhelix
3279 - 3301
outside
3302 - 3932
