Strain
Porcine_MH603532
(Region: China; Strain: Porcine torovirus isolate HB1, complete genome.; Date: 2018)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCAGGATCTTAAAAAGGCCCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATTACTTTCAAAGATGGATCCATCTATCTCGGAGTCACCGATTTTGGGACTCAAGTCCACATCAACCCACTGCAACCCTTTACAAAGTTTGCAGTTGCTTGCCCTGGACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGCTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATATTACCCCAAGAGGCAATTATGTGGAACTATCTGTAATGATCCCTTCAGTTTTGACTGGGCAGGAAACATCCACAACTACTACTTCACCAGAAATGTGCTCAGATATGGTTCAAAGTTGTATCAAGTCAGTGGAAACAAGCTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAATTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTGCTGAATGCGCTGAGGACGTCATCTGTTGTGACTTTGAGTCCCTTGACATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCTTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACTTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGTTCTGGACGTGATGAAAAGTGCCTTAAGCGGCGCTTAACTAAGGAACAAAAGAGCCAGGAGGGAGGTAGCTTTGATGCTAGCAAGGTCATTACTCTAGGGGGAAGAATGTATCGTTATGAGGTTATAGTCTTGAAGCGTAGTGAAGAGAATGATGATTTTACTGGTTATGATGATCCAATAGAACAGTTGGAATACAATCTTGAGACTGTGCCACACTGCTGGAAGGAACTTGTTGAAGGCAGGAGTCTAACTCGTGCTAAGGCAACTTGGGATCTAACAGAAGATCTTGATGTTGAGTTGGACCGTATACACATTGAGGAAGTTAAAAGCCTCCAGCGTTCAGATGCAAGTTGGGACTTATCTAGTGTTGGTGTTGATCAAGATCTGGAGGAAAGAGTTTTTTCACGTGTATGGTTAAAACAATCTTCTAAGTATTTTGGTACAAAATTACAACAAGTGTCAGAGCTCTTTAAGAGTGAGGGTTTGGCAGAAATTGTACCAACAATGAATGGTGTAAATTCAGTTAGAGTTGGTGATAAGTGGTTAAATTTTAGAGATCAAGGCAAATCACAAGTGTTCTTTGTTTATACTAATGATAATGTCTACTTGGCCACAACACGCCAAAGGGTTAGTTGTGATTATATTACTACCAAATTTAAGAGTGTCAGATGCAAAATTACAAAGGTTTTGGCATGGTTAATTTCTGCTAATAGGGTTAAAAATTGCACCAGAGTAGTTACACCAAGGCTATGTAAACAAGGTAAAATTAGTCATAAGAAGGTTGATTATTTAGACATGAGTGTTTTAGATAAATATTCAAGCTGTGTCTATGGACCTACATGTGTACAGAAAGTTAAAAAGTTTTTGTCAAGTTATTATAAGTGTGAGAATGATTTTGATATATTAGATAACTTTTTGACACCGGTTAAATGTGGAAAGAGATGGATGGTCTTTGAGAAGTGTTCTTGCAAGAACCATCAGTTTTATGTGGCACAGTTTGACAACCATGTAGTTTTGGGTTTAGGAAGGCCTAATGGTATTTTATATCCTGAAGAAGTTCCAAGCTATGCAAGAGTTTATGCTGTTGGGTTTGCCACTGATAGGTTTGGTGTTGAGACCCATTATTACTCTGAGATGGAACACAACCAATTACCACAGGAACACTTCTTTGTTGCCCATAATCAACAACATCAACAGGAAGGTCAGGGTGATTATGTAAACTATCACCCTGATGATTTTGAAGAAAATCCATTTCCTGAATTTGGCTTTGATTTTGGTTATGAAGAGTTGGTTTGGCCTGATGCACCAGTTCCTGTATCATCACCATTTGGTTACCATCAAGGACAGCGTTTACGGGATGTTTGTGTGGCAGATGGTGGCTTTGGCTGTGACTGCCCACATTGTGATGGAACTTATATTTACCATCCAGTTAGGCCTCGTCATTATGAACCCTTTGAAGAAGTAGGTCCATTTCTTAAAATGTGCGAATTTAAGTTAACTTATTCAGGTCAAATTTATAATCAGTTTTATGGGTTGGGACCAAAAGTTTACTTACAAGATTTGGTTAAAGCAGGTGACAAGTTATTACAGTTACTAACTAGGGGACAATTAGAAGAATTAGAGCTACCATCTGAACTTTTGAATTGTTTAACATATTTGAAATTGGGCTTGAACATACATCCTTTTGTCTGGCCAGCCCCATTTTTCATTAGCAATGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGATGGTGATAATTATGTGTCAGGTATAGATTCTACTAAGATAGCTGGTATGGTAGAGAGTGTTCAGTTTTTATGCCAAAACTTTCTTTCATTGAGTTGCCCATTGGAAAAATTATATCAGGATTTGCACACAGATGAGGAAGTTAAACAAATGTTTTGGTCCACAACCCATATGAAATATGTATATTTGGCATTAATACATAGTGAAAGGTCTTTTAAGGCTATTTTGAATAATACACAATTAAATAATCCTGAATTGGCAAAGTTAATTACAATTGGAACACTTGATGCTCCAATAGTTTCACCTTGTATATGTGATGATAACTGTGACCATTCAAAACAATATAATTGGACTAGCATATTGAATAAGGTTTCTAAATTTGTTACATTAAAACAGTTGGTAGGTTTGTCCTATTGTGAGAAAAGGCATTTAGTCTTAAAAATGACACAACATTATTTTCAAACAGAAGAAGGGTTAAACCAACCTGTTCAGTTGTTAATGACACCATTTTACAGCTTTAATGATAGTGTTGAGCCAGATGAACAACCGTTAACTGGTGTGTTCCACCAACAAGTAATGCAAATGTTTGATACTTGTGTTATGCCTGATGTTATTAGTCAACTGAAAAGGTCTCGAACTTCAGTCAGTGATTTATTTTCTATATTGGCTGATTATTTCAGACGACCATTTTGTTATCGTCGTTACTGCTTGGCTGAGTTTTCAGGTGTTGAGAGGACTCAGGTTTTTACAGATTTAACATCAGTGTTGTCTAGAGGAACAAATATTGGTGGCTATGCTGTGTGTAGAATGGTAGAACCTAGGAGTGTAGTTAAAATCTGTGAAAAGTCTAAATGTCCACCTGAAATTGTCCAAGCCATTCGACGTTATTTGCCAGGTGGGTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATGATAATTGTGATTTTGATTATTGTAATTTAGAGTTTTGTATTAGTGGTAGAGGTTTAACTGGATTAAGTCAGAGTGAGTTAGTAGAGTGTAAGACTAATTTGTTTGTTATTAGATTTAAAACTTTACCTTTGTTGTATGTAACCAAATATCCAATATTTTTGAGTCAGTTTGATTTAGATAATGCAATTTCTTTGTTAGGTGATTTTAATTTAGATATAGATATTGTGCCAGGTGTAACACTTTTTGGTTTGTATTTTACAGATGGAAAAGTATGTCAAGGTGGTTGGGAGACATTACCACGATTTGGACTTGGTTGCATGTCAACTCCAAAGTGCCATCCCAAATTTAAGCCTTTTGATAATTTAGCAGAGGTTTGTTTTTTTAAACAGAAGGTAAAACTTGTTCCACTTGTTAGTAATGTAACACCAGTTGAAGTAGTTAAGCCAAGCATACCAAAAACTGTTACAGTAGATTTACTACCATACTATGGCTCAGTTGGATATCAGGGTTTTGTTGCAGCAAAGTGTGTTTTACCTGGAACTTTGGCAACTCAATATTGTAAATTGAACCATCATTTGACTAAGTGTGTTCAGGTCGTAAAGTTGGCTGTTTCCCACGCTTTTTATTTTAAACCTTCAAACATGGGTTCATTACATCACTTGGACCCAATATATGGTACTAGCTATGGCAAGCCAGCTATTATTCAATTTGAACCTGTTGGACTTATAAAGGAGGTTAATGTACTTGTTTATCAGTTTGGTGATCATGTTGCAATACATTATTTCCCAGAATGCCCCACCTATGTAGCTGATGGACATTACCCTAGTAAGTTTGTTGGTATATGGCTGGGTTACTTACCATCTGTAGAGGAGTGTAAAATTGCACAACATAATCGGTTAGTTTATGTGCCTGCCTGCTTTAGACTTTCACGGACTGGTGGTTACCACATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATAACTGTAACTTACCGTTATGCTAAGAATTTTGAAACGAAATCTTTGACACCTATGTTTCAAATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGAACTAATGTGTGCATTAAATTCTCTAACACCAGAGGCACATAAAGTTTTAACTCTTTTCTGTAATGAATTTGACCCAGCATACACTTTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGCATTTGAGACATCTGCCAGTCCCGAGTTAGTGGCATGTGCTTTAGCTTATATTATTGGTTATGAACTTTGTTTGACCGTAAAAACTGGTGAAGGTTGTGAAAGTTTAGACATTGGTTCAAGTTTGGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGAAGTTGTCAACAGGTTTGCAGGATGATGATTCCGAGGATTTGGACCTACCATTTGACCAATACCATGAATTTAAGCTTGGTAAAGCATCAGTTGTTTTAGCTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTAAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTAAATCCAGCTAATAGCCAACTTAAACATGGGGGAGGTATTGCCAAAATTATTTCCTGCATGTGTGGTCCCAAATTGACAAATTGGTCAAATGGTTATACAAAGCA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Protein
MSRILKRPTSETEPLLCSSILDLTSKSQLLDQCLGTPQNLVLLSKMDPSISESPILGLKSTSTHCNPLQSLQLLALDTSSTQFKWTTGSISKLRAHLERELCRGLVPLNDITPRGNYVELSVMIPSVLTGQETSTTTTSPEMCSDMVQSCIKSVETSLLKGVQALKDQTSCQEYFLNANYQSLIPPQLLLNALRTSSVVTLSPLTLENTRLLLKLSLFHGGTSVSYTSMIKGFADCSGRDEKCLKRRLTKEQKSQEGGSFDASKVITLGGRMYRYEVIVLKRSEENDDFTGYDDPIEQLEYNLETVPHCWKELVEGRSLTRAKATWDLTEDLDVELDRIHIEEVKSLQRSDASWDLSSVGVDQDLEERVFSRVWLKQSSKYFGTKLQQVSELFKSEGLAEIVPTMNGVNSVRVGDKWLNFRDQGKSQVFFVYTNDNVYLATTRQRVSCDYITTKFKSVRCKITKVLAWLISANRVKNCTRVVTPRLCKQGKISHKKVDYLDMSVLDKYSSCVYGPTCVQKVKKFLSSYYKCENDFDILDNFLTPVKCGKRWMVFEKCSCKNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPNGILYPEEVPSYARVYAVGFATDRFGVETHYYSEMEHNQLPQEHFFVAHNQQHQQEGQGDYVNYHPDDFEENPFPEFGFDFGYEELVWPDAPVPVSSPFGYHQGQRLRDVCVADGGFGCDCPHCDGTYIYHPVRPRHYEPFEEVGPFLKMCEFKLTYSGQIYNQFYGLGPKVYLQDLVKAGDKLLQLLTRGQLEELELPSELLNCLTYLKLGLNIHPFVWPAPFFISNGEWVDIFDGDNYVSGIDSTKIAGMVESVQFLCQNFLSLSCPLEKLYQDLHTDEEVKQMFWSTTHMKYVYLALIHSERSFKAILNNTQLNNPELAKLITIGTLDAPIVSPCICDDNCDHSKQYNWTSILNKVSKFVTLKQLVGLSYCEKRHLVLKMTQHYFQTEEGLNQPVQLLMTPFYSFNDSVEPDEQPLTGVFHQQVMQMFDTCVMPDVISQLKRSRTSVSDLFSILADYFRRPFCYRRYCLAEFSGVERTQVFTDLTSVLSRGTNIGGYAVCRMVEPRSVVKICEKSKCPPEIVQAIRRYLPGGFNTGVMNYVDDNCDFDYCNLEFCISGRGLTGLSQSELVECKTNLFVIRFKTLPLLYVTKYPIFLSQFDLDNAISLLGDFNLDIDIVPGVTLFGLYFTDGKVCQGGWETLPRFGLGCMSTPKCHPKFKPFDNLAEVCFFKQKVKLVPLVSNVTPVEVVKPSIPKTVTVDLLPYYGSVGYQGFVAAKCVLPGTLATQYCKLNHHLTKCVQVVKLAVSHAFYFKPSNMGSLHHLDPIYGTSYGKPAIIQFEPVGLIKEVNVLVYQFGDHVAIHYFPECPTYVADGHYPSKFVGIWLGYLPSVEECKIAQHNRLVYVPACFRLSRTGGYHIQQNEDFERSSITVTYRYAKNFETKSLTPMFQMFSKIFGKSKQELMCALNSLTPEAHKVLTLFCNEFDPAYTLQTLSDEVAFETSASPELVACALAYIIGYELCLTVKTGEGCESLDIGSSLEQVYIDYDTCENSWKLSTGLQDDDSEDLDLPFDQYHEFKLGKASVVLAKDDFKSVYDFLKNEQGVDYVVNPANSQLKHGGGIAKIISCMCGPKLTNWSNGYTKQHKKLDVTCAVRSPGFQLGKSVQIIHVVGPKNGDVDVQGKLNISWRNVFQNVKADATVLTSMLSTGIFGCSVVSSVSTLLDNLLFLDKDVVLFVVTNDLNQYKEAMSVVERYQDFHGIPNFGNTCWFNAIYQLLKSFAAKEQSVQDLVNCFDDFYDCPTKQCVEWVCEQLDVKFGEQHDAVEMLCKIFDVFKCDVRIGYDCLARLQHVALGTCKNIPAEAVLMFSGQDKSGHWTAARKLNGDWFVFDDNLVIKKDPDWSKVVLILRDRGLYKASDFETPRPRRRRVAHRVPRDTLSQDAIVFTEEKRFASGTVLVDTCLESVESFDLEGSHVSFGESVDDCFSDSDQVSSVKSVQDILEQSCGDKTDIEDEKVVVVEDVSEDVTEESPLQQLTQQQNVVNDVDFEYVQQQNEVEVLPSIFTSDFKFSFEKRLEPTVKQDNFEDIELQDMANTGQPLPCKVMNWKDVFFQQYIGFKSDFLSLANVSKFQVVLYALSLWLFLIYCFADFSLLGKFCLYVVLLWFGHVLVTARKVDLSVISLGSESYVLKVLSSVKIPNFIAVNCDGVRWLILKLLYYSFYFYGFVVKLAVIVFQMPQLRCFTWPLLKLGFVDTFLSHHILAFSNKQVSQSCLPVYGDDRRYIYVPSWCKESFKTLIQRAKQLTAMGYSKTLDNWFYQCCSKTTKPISCFNVRDFVFDDDCNSHKQYGFLSSVFVYVVFYSGFVTFWLPLLFFYCALFMCTFKNLPVDTTKPIKWTVVQQVVDDLVSIISRPLLGRPACPPLSFYLTATTAEEAVRSSRSLFGRFCTPVGFQQPIMNVENGVSVSSLGFINPLMWPLFIVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPVFVVVLFYFYLRKICGCVNMKGVTRNCTKHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNYYNLATAPTADTTWCDYVKTVPNMTWANFKFSLLKPTETVMCGPSSRADAMLLSWYAFLHGVRFTLNPSVVDIPTPVQPIYVSSDSDDSLDRVCDVNLRPTKSKGKFKKQSIAYFSSGPVDLWYYVTLIISLGAIFVFMYSCLMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHANPPVLRNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVDENECTPPFGAARLSHEFTCNGFTYVLPAHLRILNRYVMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNVVDCLPTFEIISPYVFVVIVAIFTILFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTVMVLFVVCLPPLVPGVIFVLALWLCDSVVFLLYLAVLSLFILPWFYVMFFILMIGGFSFWWMMKSSDVVHLTPDGLTFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHADLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGDTAYYQPSNFSFQSVFSKVTSPFTIHAKPPMPMFRLYVHFNGQCVGTTCTGTGFAIDDVTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELAGRSFWCTWKEPRVESWKFEGENAYILVENLRDFYGQDFKYLPFSKIEDDFFKRMESVTIYSIKYGSELATQAWQTVNGHFVCSNTEGGDSGAPLVWHDTIIGVHQGICDSFKTTLASDNSGKMMTEVKGHHVDPPIYYKPIIISAAYNKFVADSDVSVGECMNYHNFENDDFLPMHDELEKVPFGDKMRRYCQGLPKYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSVSTNVAWVVEHLHFIFSVYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFIVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGFFSDQIVNRIGLILVVSVMCLFVVVRVVVNVKRAIFVVIVSILLICVNVTVGVVQFSSLVTLVMFDLYAVFTALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRFFRDYKFVRVLHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVKFLTDMTEQEQLEGVEQVQRRLQRFGIVQDKQSQRLVLYSKNVEFLRAQIQQQRALGANPFIITTLTIKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDMQAHMWFYSKSPVFVGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQHAALTLSLFEDCTKFLEKELGEVPTIMWQSDDVADVKQLEAQIEKLRVVLDGMQLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLARFLEKVDQQQAITNETQKQLSAFKNLVKQVYESYMASLKVKVVDSNDASCLLTSTDLPRKLVLMRPVTGIDDIKIVEKANGCEITAFGTTYSTGPGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGVFKQQANIGYKTVECNMSSNNGVVLYKGKIVAVPSDDEPDFVVCGKGYKLDCGVNVLLIPSIIRYITINLTDQLQKQALKPRRRLRYQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISTVGFTTWVASTICSDKSHKHPWFVQVPISEKDPEWFIHNTTLKDNQWVLDVKPTHWMVNADTDEQLFALSLSDDDYIKAESILSKWSPITQDVECWFKDLKGYYIVSGLQPLWPVCPKKICNLKIVPIYQPQSVRYADQPTHFFSIPVVHKNFLNAFYELQEGFPGKKQVAPHVSLTMLSLNDEEVAKVENILDELELPTTYITIMNPHMMGRHYVCEVEGLQSLHDEVVSVLRQHGIARDQSRLWKPHLTIGEIVDGSNFSDFKDFAMTCKIEDLDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDFKLLRDVWSACRHLCSQNGAYQSSRSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEFAGKRYMIKRVKDQHEFALSRTSFLPSIIPHHIVSYNNEWFLLRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQDYLTECGFEFNPSRDEFFEDAKQRSNLAFLLEPAILSFCEIFVCIKKFGLPYKLTLDNMDLDGNLYDFGDYPCPNLVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPPKFAQVLADEMQIPDDYQSYFQNTLLSGKYFDKAMCLNNVRPFLQDPANLTTTPFFSQHSGVWSHFYNPIYGLVEVDLDEFSNLPEVLQQLITVQGPIVNNMLPAISIGDGVFSANVPPVLAAKQKVPLYDVGLCQDLTDAGIDCGVAFKYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTVCYQTNERFTYEQAKPRKSSMGVNISGYQQDAVYRALGSENIMKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEAAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEQFDVFGSDYTKRDRTFPLSFRALTAALLYELGGWDEESWLYLNEVNSYMLDTMVCDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSESNRVMRVAAHNAYTIGNYDVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSKPDALKIFTCENFSNKLQTILHTKVDQTKSWSASGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCEAAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRRDYCCDPCPPQLLDRSFYENLVFTSNTEVGVVDCYLENFKSQCEFEQQSSLDKVCFCCPNPAVSVCCECYVPLPLCAYCYYVHVVISGHSKIEDKFRCPCGNDDIRDLFIVLNDSICIYQCKNCVGSDRLRLSLLSDSDQIVRLPGFRTNSASIARNGVAQLLTSVDNVDISLDWNHQETVLQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFNLIRNDGSSAVLDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGSLKFTGKGTLTSCYDNKNLTWFKATCPDFSQPWRQATCFVIQQHDAVYPPLKSTQYDNVTFVMGPPGTGKTTFVYNNYLSKASPSNRFAYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPIWKKDDSYDILLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMVKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANLQDFSVLSVLAKDYPGYTILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCSELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIVPEVSSLVFCDIEFWHYKADPNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDTGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSYEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPCFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTNYFCDCGDLAICLMRDGLYKCRNCFDNMLVSKLVNCKYLDVQKERVKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLTSYQASFKDTLHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMYYFRTPRSPMQNVYKYEVGAHAEYCINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCVIEQFLADDRFKDFILVSVVKSDYVEQSLSPAARALMLTVTRVEGKNFYTSNGQRYDLYDYDLSKSVMRVVGASVKPLPLYSVIVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDDLLVTDVPLSTVKLDLPTWYYITWPTLSNKTSRWKFAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGNNLRELPDTLFSTGRLYNLEHDPSLNFNVHQLPVETIPKNKHVFAGDFTEVGTDIGGVHHVVALNGYKGTIIPNYVKPIGTGLINVGKAVKRTTLVDVCANQLYEKVKQQLVDVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKSGDDIQTFYPQKDFIRSYYEWPQILPALESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFSKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHLGAAGIDGCSPGDIVLSSFFKDCLVYSWDIKDYDTLLEKHSYDCKFRPNLIISDIYNVSSNVTEVLEGCVNRLALGGTIIFKTTESSRPDVQLSEVSRYFAGIHFFSTGVNTSSSEVFVVLKYKLFSEPLGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKIFSTSLSYKFSGVKFVQKCFYCSVPRQFCASGLVQEVPMLCQMNH
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=3e-23 Score= 110 Identity=23.65%
Cov(Q)=7.20% Cov(P)=50.47%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6695
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
380.930699999996
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1 - 2154
TMhelix
2155 - 2177
inside
2178 - 2237
TMhelix
2238 - 2260
outside
2261 - 2375
TMhelix
2376 - 2398
inside
2399 - 2483
TMhelix
2484 - 2506
outside
2507 - 2510
TMhelix
2511 - 2533
inside
2534 - 2734
TMhelix
2735 - 2757
outside
2758 - 2904
TMhelix
2905 - 2927
inside
2928 - 2933
TMhelix
2934 - 2956
outside
2957 - 2959
TMhelix
2960 - 2982
inside
2983 - 2986
TMhelix
2987 - 3009
outside
3010 - 3390
TMhelix
3391 - 3413
inside
3414 - 3419
TMhelix
3420 - 3442
outside
3443 - 3473
TMhelix
3474 - 3496
inside
3497 - 3502
TMhelix
3503 - 3525
outside
3526 - 3534
TMhelix
3535 - 3557
inside
3558 - 3561
TMhelix
3562 - 3577
outside
3578 - 6695
