Strain
Murine_MH687968
(Region: Viet Nam; Strain: Betacoronavirus sp. strain VZ_BetaCoV_16715_52, complete genome.; Date: 14-Nov-14)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGATGTGCCTAAATCTGATATGCTTAAGGCAGGCAATTACGGTCTCGGCTTTAAGGTGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTGCCCACCAAGAGTCAGAGGAGGGTGTGTTGTGTCCCTCTGCTGCGCAAGAACTGAAAGGTGCAGGAACTGGTTTTGAAAATCACGTGAAGATAGATTGTCGCCGACTTGTTATGGAATGTTGTGTGCAGTCGAATCTTATCCGTGATATTTTTGTTGATAAGGATCCACTTTGTGTGGAAGCCTTAACCAAGACGGCTATGCAGTTCGGCACAGCTGTCCTTGTTAAACCGCCCTTGCAGATGTCCTTAGAGGCATGCAGCAAAAGGGGTGTTCTACCCAAAGGGTATGCTATGGGATTGTTTCGTCGCCGCTGTCAGTGTTTCACTGGTAGATGCGGCGTTGAGCATCACGTGGCATACCAGTTGTTTATGGTTACCCCAACAGGTGTTTGTTTGGGCAATGGTCTTTTTATAGGTTGGTTTGTACCTATGGCGAGCATACCTGTTTATGCCCAAAATTGGTCTCAGCCTTGGTTTATATATCTCCGTAAATACGGGGAGAAGGGTTCTATAACTCATGGTCATAATGCGCGTCTCTTTGGTAAGAAGGGGTTATGTGGTTATGACTTTTTTGTTGAGGACGCTTACGAGGAGGTTCATTTTGAACCCAAGGGTAAGTATTCTCAAAAAGCTTATGCTTTGCTTAGAGGGTATAGGGGTATCAAACCTATACTTTTTGTAGACCAGTATGGTTGTGACTATTCTGGTAAATTAGCCGATTGTCTTCTTGACTACGGCGATTTCTCTCTTTCAGAGATGAAAGAAATGCAGTCAGTCTGGCTTGCATCTCATGAGTTTGAAATTGTGGTAGCTTGGCATGTGGTTCGTGATCCTCGATTTATAATGCGTTTACAGACTCTTGCCACTATACGTAGTATCCAGTATGTGGCACAGCCTGTAGAGGATCTTTTGGATGGTGATGTTGTAATGCGTGAACCTGCACATCTACTTGCCGCCGATGCTATCCTTTTTAAGCTCCCCAAATTGGCTGATCTTATGACCTATACAGATGCTTCCGTAGTAGAGTTTGTGTATAGGGTTAAGTTGTCTGATTGTGGTTTTGTTATGCAATATGGCTATGTAGATTGCTCTGGTGCTAACTGTGATTTTTATGGTTGGGTACCAGGCAATATGATGGATGGTTTTCCTTGTCCACGATGCCATATAATTTATGGTCCTTGTGAGCTTAAGGCACAATCATCAGGTGTAATTCCTGAGAATCCTGTGTTGTTTACTAATAGTACTGCTAGTGCAAATCAGGATTCATTTAAACTTTATGGGTATTCTGTGACTCCATTCGGCTCTTGTGTCTATTGGAGCCCCTGTCCGGGCATGTGGATACCTATTATTAAATCTTCTGTTAAATCATATGCTAATATGGTTTATTCAGGTGTTGTTGGCTGTAAAACCATTGTTAAAGAAACTGATGTTGTTTGTCGTGCATTGTATCGTGATTATGTAAATAAATTTCAAGATGTTTGGTATGGTCACGGTCTTGATGATGTATGGTCAAAACAAGTGTTGGTTAATAGAGGGGATTATACCATGTTGTTAGAAAATATTGATTTGTTTATTAAGAATCGGGCTGCCCTTACGTCTAATCTCTCCATAACTGGAGAAGGCCATGTACCTTTCTTGCTTGATGGTTTGGTGCCCCGAAGTTATTATCTTGTAAAGAGTGGTCTTGCTTTTACGTCGTTGATGTCAAAGTTTGGCCAAGAGCTAACTGATATGTGCATGGATATGCTTGTTTTATCCATGGATGATTTATCAGTTGCTTTGTTTTATATTAAAAAGTTCTCTAGCAAGTTGGTTAAGCAGTTTAAAATGTTGGGTGCCAATCTTGTTAGGAAACTTGTTGAATGGTTTAACGCCTTTACAGATGCTACTGCCTGTGCTAGTGGTTGGCTTTTATATCAGCTGCTGAATGGGTTTTTTGTAGTATCTCAAGGGTTGATTACATTTACAAAACAAGTTCCTGATTTTGCTAATGTGTTAGTTGGTAAATTTCAGGCTTTCTTTAGTGTTCTGCTTGATTGTGTAGCAGTAACTGTGTTGAAAGGGTTGTCTGTTGTTAAAACGGTTAATGGTCTCGTTTGTATTGCAGGCAATAAATGTTATACAATAAGCACTGGTCTAATCTCAGGCTTCGTGTTACCTGTTAATAGTCAGAGTGAGCAGCTGCACTTTTTACAAGGTGTCGCTGCACCTGTTATAGTGCAAGATGATGTTGTTGAAGAAGTTAAAACTCCTTTAACATTTCATGGGTGTTGTCAACCACCTACTATTGTAGATAAACTTTATATAGTGGATAAAGTTTATATGGCTAAGTGTGGTGATCAATTCTTCCCTGTAGTGTTGAATGATCATACTATTGGCCTATTGGATCAGGCATGGCGTTTTCCTTGTGCTGGCAAGAAGGTTGGTTTTGATGAAAAGCCTATTGTCAAGGAGATACCCGCTCTCATGTCTGTTAGAGTTATGTTTGATTTAGATTCGAATTTTGATAGCATTCTAAGTAAGGCTTGTTCAGAATTTGAAGTAGAAAAAGATGTTACTTTAGATGAGTTTCTTGATGTCGTTTGTGATGCCATCGAGACTACTCTTAGTCCTTGTAAGGAGCATCCTCAGATTGGTCATCAAGTTCAGGTCTTCCTGAGTAGACTTAATGAGGATTTAATTTATTTATTTGATGAAGCAGGTGATGAAGTTATGGCTTCTCGTATGTATTGTTCTTTCTCAGCTCCAGAGGATGAAGAAGTCATCACTAGTGATGATTTTGAAGAACAGCAGCCTAGTGCTGATGATCATGTGGTCCCTATCGCTGAAACTCCAGTGGAGGAGGATAGCGTTATTAGGGAACAGGGTGAAGTGCAGGCTGTTGCTGATGAAATGGGCTTTGACTCTATCCTTGTCACTGCAGGTGTTGCCAAGGAAGATGATAGTGATGCCTTTAATGTGGAAATCTTGGACGACCCCATATTGGATGAACTTCAAGAGTCTATTAGTGCATCGTGTGATGTATATTGTGATAAGGTTTATGATGATGTTTTGGCTTTTGAAGCCAATTATTCACAGGCTTTATTTGCTGCGTATATGGAGGATGAAGATGCTGATACACATTTCTGTGTTAATGGTCTTTGGTCTCCCGCTATTACGCGCACTAATTGTTGGTTACGTTCTGTGTTACTTGTAATGCAGAAGTTGCCAGTTAAATTTAAAGATGATAAGATTGAAGGCATGTGGTTGTCATATAAAGCTAATTATAATCAGGGCTTTATTGATTACTTATTAAATAACGTGCCTAAATCTGTTGTGCTTCCACAGGGTGGTTATGTTGCTGACTTTGCCTTTTGGCTATTGAGTCAGTGTGTGGTCCAAGCCCATGCCCATTGGCGTTGTTTGAAGTGTGACATGGCACTTAACTTGGAAGGTTTGGATGCCGTGTTCTTTTATGGAGATATAGTCTCACATATTTGTAAGTGTGGGCACACTATGACATTATTGTCTGTTGATGTGCCTTGCACTTTGCATTTTGCTTTGCGTGATAATAAATTTTGCGCATTTTATACGCCCAGGAAGGTCTTTATGGCTGCCTGTGCTGTTGATGTCAATGATTGTCATTCTATGGCTGTTGTAGATGGCATTCAAATTGATGGTAAATTTGTCGCACCATTTAAAGGCGACAAATTTGATTTTATTGTAGGCTATGGTATGTCATTTTGTATGACCTCCTTCGAAATAGCCCAATTGTATGGTTCGTGTATAACACCAAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATTATAAGAGTTTCCAGGTTAGTGAATGCTCAGGTCGTTGTGAATCCCGCTAATGGACATATGGCTCATGGAGGCGGTGTTGCAAAGGCTATAGCAGTAGCTGCAGGGAAAAAGTTTGTTAAAGAGACTGCTGACATGGTCAAAGATAAAGGAGTTTGTCAAGTTGGAGAATGTTATGTCTCTACAGGTGGCAAATTGTGTAAAACTGTGCTTAACATTGTTGGTCCAGATGCTAGGCAAGGTGGTAAGCAGGTTTATGCACTCCTAGAACGGGCTTATAAGCACCTTAACAATTATGAGTGTTGTGTTTCAACGCTCATATCAGCTGGCATATTTAGTGTGCCAACTGATGTGTCATTGACATACTTCCTTGGTGTTGTAGACAAGCAAGTCGTGCTTGTTAGTAACAATAAGGAAGATTTTAGTATTATACAGCAGTGTCAAGTGACGTCTGTAGATGGCACTAAGTCATTGGCTGATAGACTGGCTGTTAATTTATGCCGCGCTATTAAGTACGAGACAGATGTAAGTAAGCTGCTTTTAAGTGGCGATAGTTGCTTTGTGTCAACATTTGAAGTGTTACAAGAAGTACAACTCTTGCGGCATGATATACAGTTGGATGATGATGCCCGTGTCTTTGTTCAGGCTAATATGGATAGCTTACCAAAGGATTGGTGTCTTATTAATAAATTTGATGTGATTGGTGGTGTTAGAACCATTAAATATTTTGAGTGCCCTGGTTCTCTATTTATATGCAGCCAGGGTAAGGATTTTGGTTATGTGCAGAATGGTTCTTTTTGTAAAGCAACTGTAAGTCAAATACGCAGTTTGCTAGTTAAGAGGATTGATGTTTTGCTTACTTTTGATGGTGTCAATTTCAAATCCAGCTCTGTTGCTGAAGGTGAAGTTTTTGGCAAAACATTGGGTAATGTCTTCTGTGATGGCATTAATATCACTAAAGTTAGGTGTAGTGCTATTTACAGAGGAAAGGTTTTGTATCAGTATGAGAATTTATCTAAGGATGATGTTTCTGCTGTGCAAAATACTTTTGGGTTTGATCAGCAGCAATTGCTTTCTTACTATAACTTTTTAAG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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR032592 NAR_dom
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466 NSP11
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1284 Identity=66.12%
Cov(Q)=12.91% Cov(P)=96.13%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7109
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
375.921149999997
Exp number, first 60 AAs:
0.002
Total prob of N-in:
0.38414
outside
1 - 2208
TMhelix
2209 - 2231
inside
2232 - 2329
TMhelix
2330 - 2352
outside
2353 - 2366
TMhelix
2367 - 2389
inside
2390 - 2767
TMhelix
2768 - 2790
outside
2791 - 3044
TMhelix
3045 - 3067
inside
3068 - 3078
TMhelix
3079 - 3101
outside
3102 - 3136
TMhelix
3137 - 3159
inside
3160 - 3575
TMhelix
3576 - 3598
outside
3599 - 3601
TMhelix
3602 - 3624
inside
3625 - 3628
TMhelix
3629 - 3651
outside
3652 - 3670
TMhelix
3671 - 3693
inside
3694 - 3699
TMhelix
3700 - 3721
outside
3722 - 3735
TMhelix
3736 - 3758
inside
3759 - 3770
TMhelix
3771 - 3793
outside
3794 - 7109
