Strain
Murine_MH687972
(Region: Viet Nam; Strain: Betacoronavirus sp. strain VZ_BetaCoV_20724_38, complete genome.; Date: 12-Nov-14)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAAGCGAGTCAACAAATACGGCCTCACGCTAAAATGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTAACCCTGATAGCGGAGATGGGGATGGGTTTTGCTCCCCAGTTAAGCAGAAAGAGGGATCGGTCAAAGGTCATTTTGATAATCACGTTAAGATGGATTGTAGCATCCTATCTACTTATGATATGGTTGCGCAGTCTGCTCTGATACGTGATATAGTCCTTAAGACAGGACCGGAAGACACCGAGTCTGTTTTAAAGCAAGCCTTGTTGTCCCGCGAGGCAGTCTTTGTGCGACCACCCCAGCACATGACTCTTGAGTCATGTTATGCAGGAGGGTGTGTTCCTAAAGGATGGGTCATGGGTCAGTTCCGCCGGTGCACAACCTGTACTACAGGGAATTGTGGTGTGGACAAACATGTATCCTATGAGCTCTACCTGATCAGCCCTCAAGGTGTTGGTTATGGTGCGGGCCGTTTTATGGGTTGGGTAGTACCAAAGAGTGTGCTGTCACCCAAAGCTCTTGCGCGCTTGGAACCTTATGTTCTTAAGGTGCGTAAGACAGGAGTTAAAGGTGCTTACAGTCGTGGGCACTATGAACAGCCGGGTGAAGGTCCGAGTTTTGCCCTGGATAATGCCTGTGATGAAGTCATGAGTGCGCCAAAGGGCAAGTTCTCTGCCAAAGCCTATGCTCTTTTAAGACAGTATAGAGGCTTGAAACCTCTTGTTTTTGTGGACCAGTATGGGTGTGATTATACTGGCAGCCTTGCACAAGGTCTTTCCGCTTTTGGGGAATACAGTGTGAAAGAGATGAGAGTTGGTACTTGGAAGTCCAGTGACCAATTTGAGTATGTGGTGGCATGGCGCACAGTTCGAGATGAAAGGTTTGTGATGAGTTTGCAAACGTGTGCTACTATACGTAGTATTGCATACGTAGCAGACCCAATGGATGATTTGGAAGGTGACCAGGTTGTTATGAAGGAGCCTGTTCATGTTCTAAGCGCCGATGCCACTGTAAAGAAGTTTGTTAAAATAGCAGACTTAATGCAGGTCACTGATGCTGTGTCTGTTATAGAAACTGTTTATAAAGTCCCTATAAAAGATTGTGGCTTTGTGATGCAGTTCGGTCATGTTCAGTGTGAGCATGACGATTGTGATTTTGTTGGGTGGATACCAGGTAATATGATAGATGGTTTTAAGTGCCCCTCTGGCAAGCTGTATGCAGCTAGCGAGGTTCAAGCTCAATCTTCTGGAGTTATACCACCTAATGCTGTGTTGTTTACTGAAAGTACTGCCTTGACCTCGCAGGACTCTTTTAAGATGTATGGTATGTCAGTTGTTCCTTTTGGTGGCTGTGTTTATTGGTCACCAGGAGCTGGCATCTGGCTGCCTATCATCACGTCATCTGTGAAGGCATATGATGGTATGACCTTTACAGGTTCTGTTGGTTTTAAAACCATTGTTCAAGAGACTGCTGCTATTTGTCATGCTTTGTATTTGGATTATGTTCAACATAAGTGTGCAGATATAAAACAACATGCCATTTTGGGTGTTGATGATCTTTGGCATAAGCAGCTGCTTCTTAATAGAGGTGATTATTCTCTCTTGTTAGAGAATGTGGATTATTTTATCATGCGCCGCGCTAAGTTTTCGGTTGATAACAGCTTGGTCTGTTCTGAGGGGTTTGCACCTTTCCTCTTGGATGGTGTAGCCGCGCGTGCGTATTATTTAAATTGTTGTTTTAGTGCACCTGGCTTGCCAGATAGTTTATGCAGGCTAGGTATTGAAGTGGAGAGCTGGTGTCGGAGCACATTGTGTTTGTGTATTGACACAGTTCAGGGTGCCACTTCATTTGTGTTAAAGAACCTGAAGGTCTTTTTGTCCAAGTTCTATATCTTTGGCAAAAAGTTTATTAAAAATGTTAAAAAGCTCGTAGAAGAGTGGGTTGAAAAGTCTGTTTGTGCTCTTGCTTGGGTTGTCCTGCATGTCATAAATGGTGCTTATTTAATTTTAGAAGATGGCTTCCATTTTGTTGGAAGTGTGCCTGATTATGCTCGCAATTTTGTGAGGATACTTAGGGAGATGATTAATATGGTGTTGGATTGTATGAAACACACCATAATTAAGGGTCTACCTTGTTTTAAGGTAGCTGCTGAGTATATTGTCTTCTCTGGAAGCTTTGCATACAAATTGGGTTTGGCTATGATAGATAATCTAGTCCTACCTAGTGGTATGATACAGAGTGAACTTCTTGCTTTGCATGGTGAGGTTACCCCTGTGACATTAGAAAGTGAGGTTGTGGAAGTTGTGAAACAACCACTAAAACCACTTGGCTATCGAAAGCCTCCAATGAAAGCAGCTCGGCTGTGTGTTGTAGATAATTTGTATATGGCTCAGAACGGCGATTGTCTATATCCTGTGATATTTGATGGTCAGCGTATTGGGTTATTGGATCAGGCTTGGCGCTTTCCCTGTGCGGGTAAGAGCGTGTCTTTCGCTGCAGAAGATGATGTTAAAATCATAGCTGCAAAGAAGAAGGTCACAGTTGAGTATGATCTAGATGTTGAATTTAACACCATCTTAAATACTGCTTGTAACAGTTTTGAGGTGGATGGTAGTGTTGATGCGGAAGAGCTTGCTGCTGTGATTGTTGATACAGTCCAGGACAAGTTAGAATCTTGCAAGACACTTGAAGGAGTGGGTGAAAAAGTCTGTGCATTTTTGTGTAGGTTGGATGAAGAACCTATTTACCTGTTTGATGAGTGTGGTGATGAGAAACTTTCTTCTCATATGTTCTGCACATTCTGCCCACCAGAAGATGATGATGTTGTAATGTCTGAGTGTGAAGATGAAGGTTGTGACCTTAGTGAAGTGGAAACACTTGAAACAGTGGAAGCAGAACCATCCAGCCAGTCAGACAGCCAAAATGGTGATGTCGATGGTAATGGTGTAGGCGATGTGAAAGCTGTGGATGCTGTGGAAACTGAAGCTGTGGTTGACTCTGAATCTGAACAAGATCAAATATTAAGTGCAAATAAAGAGCTGCTTTGTGCAGTATTTGAAGAAGACGTAGAAGCCATAGAACCGGTCGTTGTCACTGATTGCACTAGCCATTATGGTAGCCTGGTAGGTAATACCAGTGGTAGTGGTAGCAGCAGTGTTGCCAGTGAGGCTGAAGAAGTCTTTGACATAGCGACATGCGATGATCCTATCTTGCAGGAATTAGAGCAGGTCGTAAATGTTGAGTATCAACTTCATGATAATGTCTGCGACTACGTTGCAGCTTATGAGGAAGCTGTTAGTGATTTTTGGACAGTACAGCAGGACGAGTTTATTCACGTCTGTGGTGTATTTGTTCCTAAAACTACCAGGACTAATTGCTGGTTGCGTTCTGTCCTGGCAGTAATGCAGAAAATACCTTGTGTATTTAAGGATAAGAAATTACAGAGTTTGTGGTGTTTGTACAAGAATCAGTATTCTTCTGATTTTGTAGATGCACTGTTGAAAAAGATTCCGGAAAATATTATTGTACCGGAAGGAGGTTATGTTGCTGATTTTGCTTATTGGTTTTTAATGCAGTGCAAATGGAATGCTAACTCCTATTGGCGCTGCTTGAATTGTGGGATTGATAGTGAGTATAAAGGCCTTGATGCCATGTTCTTCTATGGAGATGTAATCTCACAGCCATGTAAGATATGTGGTCAGAGTATGGTGGCACTTAAGCTAAATGCACCATGCACACTACACTTTTCATTGATCGACACCACATTTAGTGCGTTCTTTTCATTGAAGAGAGTGTACTTAGCAGCGTGTGTTGTTGATGTGCATAATCGACACTCATTGGCAGTGATTGATTATAATGGTTTAAAACAAGTTGATGGGACGCTTGTTACAAATGTTAGTAGTAACAAGTTTGATTTTATAGTTGGGCATCCTGTTAGTTTTGCTATGTCAACTTTCGAGATTGCTCAGCTTTATGGAACTTGTATAACACCAGATGTTTGTTTTGTAAAAGGTGATATTATAGATGTTGCTAAGAAGGTCTTTGCTGATGTTGTTGTGAACCCTGCCAACAGCCATATGGCGCATGGTGGCGGTGTAGCAAAAGCAATCGCAAGGGCAGCTGGCGATGCCTTTAATAAAGAGACTTCTGACATGGTAAAGTTGAGAGGTCCTTGTCCTGTGGGTGAATGTTATAAATCCACAGGTGGAAAATTGTGTAAGTTGGTGCTTAATGTTGTTGGTCCTGATGCGCGAGCACAGGGTAAACAATCTTACGCGCTACTTGAACGCGTCTATAAGACGTTTAATAAATATGAATGTTGCGTCACTACGTTAGTGTCAGCTGGTATATTTAGTGTACCATCTGATGTTTCGTTGACGTATTTGTTGGGGGCCACCACTAAAAAGGTAGTGTTGGTCAGTAATAATAGAGAAGATTTTAAGCTCATCGAGGGTTGTCAAACAACAGCCGTCGATGGTACTAAACAGTTGGCTGCTAGATTAACTCAACAGTTGGGTCGCCAGATTAAGTATGAAACCGATGCTATAGCTCTTCTTGATAAGGAGACAACTCTAGTATCGACTTATGATAAGCTGCAGGACATTTATTGTATGCAGCATGATATAAAGTTGGATGATGATGCCCGAGCTTATGTTCAGAGTATGTATCAATCCTTGCCAGAAGATTGGCGATCAGTCTTCAAATATGATGTTTGTGCTGGTGTTAGAGTTGTTAAATATTTTGAGTGCCCTGGCGGTATATTTATATGCAGTCAGGGTTCAGATTTTGGATATGTACAGGAGGGTACCTTTGTAAAGGCTACCGTTAAAGAGGTTCAGCAGCTTTTTAGGAATGCAGTTGAAGTCCTGCTTACTGTTGATGGTTTCAATTTCAAGACCAAGTCAGTTGTTTGTGGTGAAGCTTTTGGTAAGCAGGTGGGTAATGTGTTTTGTGAAAATGTTGATGTTACCAA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032592
NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
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IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1300 Identity=66.81%
Cov(Q)=12.98% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7152
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
345.015819999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.02259
outside
1 - 2256
TMhelix
2257 - 2279
inside
2280 - 2370
TMhelix
2371 - 2393
outside
2394 - 2412
TMhelix
2413 - 2435
inside
2436 - 2809
TMhelix
2810 - 2832
outside
2833 - 3086
TMhelix
3087 - 3109
inside
3110 - 3121
TMhelix
3122 - 3141
outside
3142 - 3144
TMhelix
3145 - 3167
inside
3168 - 3171
TMhelix
3172 - 3194
outside
3195 - 3612
TMhelix
3613 - 3635
inside
3636 - 3643
TMhelix
3644 - 3666
outside
3667 - 3670
TMhelix
3671 - 3693
inside
3694 - 3741
TMhelix
3742 - 3759
outside
3760 - 3768
TMhelix
3769 - 3791
inside
3792 - 3810
TMhelix
3811 - 3833
outside
3834 - 7152
