Strain
Murine_MH687976
(Region: Viet Nam; Strain: Betacoronavirus sp. strain VZ_BetaCoV_22084_1, complete genome.; Date: 4-Feb-15)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAAGCGAGTCAACAAATACGGCCTCACGCTAAAATGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTAACCCTGATAGCGGAGATGGGGATGGGTTTTGCTCCCCAGTTAAGCAGAAAGAGGGATCGGTCAAAGGTCATTTTGATAATCACGTTAAGATGGATTGTAGCATCCTATCTACTTATGATATGGTTGCGCAGTCTGCTCTGATACGTGATATAGTCCTTAAGACAGGACCGGAAGACACCGAGTCTGTTTTAAAGCAAGCCTTGTTGTCCCGCGAGGCAGTCTTTGTGCGACCACCCCAGCACATGACTCTTGAGTCATGTTATGCAGGAGGGTGTGTTCCTAAAGGATGGGTCATGGGTCAGTTCCGCCGGTGCACAACCTGTACTACAGGGAATTGTGGTGTGGACAAACATGTATCCTATGAGCTCTACCTGATCAGCCCTCAAGGTGTTGGTTATGGTGCGGGCCGTTTTATGGGTTGGGTAGTACCAAAGAGTGTGCTGTCACCCAAAGCTCTTGCGCGCTTGGAACCTTATGTTCTTAAGGTGCGTAAGACAGGAGTTAAAGGTGCTTACAGTCGTGGGCACTATGAACAGCCGGGTGAAGGTCCGAGTTTTGCCCTGGATAATGCCTGTGATGAAGTCATGAGTGCGCCAAAGGGCAAGTTCTCTGCCAAAGCCTATGCTCTTTTAAGACAGTATAGAGGCTTGAAACCTCTTGTTTTTGTGGACCAGTATGGGTGTGATTATACTGGCAGCCTTGCACAAGGTCTTTCCGCTTTTGGGGAATACAGTGTGAAAGAGATGAGAGTTGGTACTTGGAAGTCCAGTGACCAATTTGAGTATGTGGTGGCATGGCGCACAGTTCGAGATGAAAGGTTTGTGATGAGTTTGCAAACGTGTGCTACTATACGTAGTATTGCATACGTAGCAGACCCAATGGATGATTTGGAAGGTGACCAGGTTGTTATGAAGGAGCCTGTTCATGTTCTAAGCGCCGATGCCACTGTAAAGAAGTTTGTTAAAATAGCAGACTTAATGCAGGTCACTGATGCTGTGTCTGTTATAGAAACTGTTTATAAAGTCCCTATAAAAGATTGTGGCTTTGTGATGCAGTTCGGTCATGTTCAGTGTGAGCATGACGATTGTGATTTTGTTGGGTGGATACCAGGTAATATGATAGATGGTTTTAAGTGCCCCTCTGGCAAGCTGTATGCAGCTAGCGAGGTTCAAGCTCAATCTTCTGGAGTTATACCACCTAATGCTGTGTTGTTTACTGAAAGTACTGCCTTGACCTCGCAGGACTCTTTTAAGATGTATGGTATGTCAGTTGTTCCTTTTGGTGGCTGTGTTTATTGGTCACCAGGAGCTGGAATCTGGTTGCCTATCATCATGTCATCTGTGAAGGCATATGATGGTATGACCTTTACAGGTTCTGTTGGTTTTAAAACCATTGTTCAAGAGACTGCTGCTATTTGTCATGCTTTGTATTTGGATTATGTTCAACATAAGTGTGCAGATATAAAACAACATGCCATTTTGGGTGTTGATGATCTTTGGCATAAGCAGCTGCTTCTTAATAGAGGTGATTATTCTCTCTTGTTAGAGAATGTGGATTATTTTATCATGCGCCGCGCTAAGTTTTCGGTTGATAACAGCTTGGTCTGTTCTGAGGGGTTTGCACCTTTCCTTATGGATGGTGTAGCCGCGCGTGCGTATTATTTAAATTGTTGTTTTAGTGCACCTGGCTTGTCAGATAGTTTATGCAGGCTAGGTATTGAAGTGGAGAGCTGGTGTCGGAGCACATTGTGTTTGTGTATTGACACAGTTCAGGGTGCCACTTCATTTGTGGTGAAGAATTTGAATGTCTTTTTGTCCAAGTTTTATATCTTTGGCAAAAAGTTTATTAAAATTGTTAAAAAGCTCGTAGAAGAGTGGGTTGAAAAGTCTGTTTGTGCTCTTGCTTGGGTTGTTCTGCATGTCGTAAATGGTGCTTATTTAATTTTAGAAGATGGTTTCCATTTTGTTGGAAGTGTGCCTGATTATGCTCGCAATTTTGTGAGGATACTTAGGGAGATGATTAATATGGTGTTGGATTGTATGAAACACACCATAATTAAGGGTCTACCTTGTTTTAAGGTAGCTGCTGAGTATATTGTCTTCTCTGGAAGCTTTGCATACAAATTGGGTTTGGCTATGATAGATAATCTAGTCCTACCTAGTGGTATGATACAGAGTGAACTTCTTGCCTTGCATGGTGAGGTTACCCCTGTGACATTAGAAAGTGAGGTTGTGGAAGTTGTGAAACAACCACTAAAACCACTTGGCTATCGAAAGCCTCCAATGAAAGCAGCTCGGCTGTGTGTTGTAGATAATTTGTATATGGCTCAAAACGGCGACTGTCTATATCCTGTGATATTTGATGGTCAGCGTATTGGGTTATTGGATCAGGCTTGGCGCTTTCCCTGTGCGGGTAAGAGCGTGTCTTTCGCTGCAGAAGATGATGTTAAAATCATAGCTGCAAAGAAGAAGGTCACAGTTGAGTATGATCTAGATGTTGAATTTAACACCATCTTAAATACTGCTTGTAACAGTTTTGAGGTGGATGGTAGTGTTGATGCGGAAGAGCTTGCTGCTGTTATTGTTGATACAGTCCAGGACAAGTTAGAATCTTGCAAGACACTTGAAGGAGTGGGTGAAAAAGTCTGTGCATTTTTGTGTAGGTTGGATGAAGAACCTATTTACTTGTTTGATGAGTGTGGTGATGAGAAAGTTTCTTCTCGCATGTTCTGCACATTCTGCCCACCAGAAGATGATGATGTTGTAATGTCTGAGTGTGAAGATGAAGGTTGTGACCTTAGTGAAGTGGAAACACTTGAAACAGTGGAAGCAGAACCATCCAGCCAGTCAGACAGCCAAAATGGTGATGTCGATGGTAATGGTGTAGGCGATGTGAAAGCTGCGGATGCTGTGGAAACTGAAGCTGTGGTTGACTCTGAATCTGAACAAGATCAAACATTAAGTGCAAATAAAGAGCTGCTTTGTGCAGTATTTGAAGAAGACGTAGAAGCCACAGAACCGGTCATTGTCACTGATTGCACTAGCCATCATGGTAGCCTAGTAGGTAATACCAGTGGTAATGGTAGCAGCAGTGTTGCCAGTGAGGTTAAACAAGTGGAAGAAGTCTTTGATATAGCGACCTGCGATGATCCTATCTTGCAGGAATTAGAGCAGGTCGTAAATGCTGAGTATCAGCTTCATGATAATGTCTGCGACTATGTTGCAGCTTATGAGGAAGCTGTTAGTGATTTTTGGACAGTACAGCAGGACGAGTTTATTCATGTCTGTGGTGTATTTGTTCCTAAAACTACCAGGACTAATTGCTGGTTGCGTTCTGTCCTGGCAGTGATGCAGAAAATACCTTGTGTATTTAAGGATAAGAAATTACAGAGTTTGTGGTGTTTGTACAAGAATCAGTATTCTTCTGATTTTGTAGATGCACTGTTGAAAAAGATTCCGGAAAATATTATTGTACCGGAAGGAGGCTATGTTGCTGATTTTGCTTATTGGTTTTTAATGCAGTGCAAATGGAATGCTAACTCCTATTGGCGCTGCTTGAATTGTGGGATTGATAGTGAGTATAAAGGCCTCGATGCCATGTTCTTCTATGGAGATGTAATCTCACAGCCATGTAAGACATGTGGTCAGAGTATGGTGGCACTTAAGCTAAATGCACCATGCACACTACACTTTTCATTGATCGACACCACATTTAGTGCGTTCTTTTCATTGAAGAGAGTGTACTTAGCAGCGTGTGTTGTTGATGTGCATAATCGACACTCATTGGCAGTGATTGATTATAATGGTTTAAAACAAGTTGATGGGACGCTTGTTACAAATGTTAGTAGTAACAAGTTTGATTTTATAGTTGGGCATCCTGTTAGTTTTGCTATGTCAACTTTCGAGATTGCTCAGCTTTATGGAACTTGTATAACACCAGATGTTTGTTTTGTAAAAGGTGATATTATAGATGTTGCTAAGAAGGTCTTTGCTGATGTTGTTGTGAACCCTGCCAACAGCCATATGGCGCATGGTGGCGGTGTAGCAAAAGCAATCGCAAGGGCAGCTGGCGATGCCTTTAATAAAGAGACTTCTGACATGGTAAAGTTGAGAGGTCCTTGTCCTGTGGGTGAATGTTATAAATCCACAGGTGGAAAATTGTGTAAGTTGGTGCTTAATGTTGTTGGTCCTGATGCGCGAGCACAGGGTAAACAATCTTACGCGCTACTTGAACGCGTCTATAAGACGTTTAATAAATATGAATGTTGTGTCACTACGTTAGTGTCAGCTGGTATATTTAGTGTACCATCTGATGTTTCGTTGACGTATTTGTTGGGGGCCACCACTAAAAAGGTAGTGTTGGTCAGTAATAATAGAGAAGATTTTAAGCTTATCGAGGGTTGTCAAACAACAGCCGTCGATGGTACTAAACAGTTGGCTGCTAGATTAACTCAACAGTTGGGCCGCCAAATTAAGTATGAAACCGATGCTATAGCTCTTCTCGATAAGGAGACAACTCTAGTATCGACTTATGATAAGCTGCAGGACATCTATTGTATGCAGCATGATATAAAGTTGGATGATGATGCCCGGGCTTATGTTCAGAGTATGTATCAATCCTTGCCAGAAGATTGGCGATCAGTCTTCAAATATGATGTTTGTGCTGGTATTAGAGTTGTTAAATATTTTGAGTGCCCTGGCGGTATATTTATATGCAGTCAGGGTTCAGATTTTGGATATGTACAGGAAGGTACCTTTGTAAAGGCTACCGTCAAAGAGGTTCAGCAGCTTTTTAGGAATGCAGTTGAAGTCCTGCTTACTGTTGATGGTTTCAATTTCAAGACCAAGTCAGTTGTTTGTGGTGAAGCTTTTGGTAAGCAGGTGGGTAATGTGTTTTGTGAAAATGTTGA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032592
NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
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IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1297 Identity=66.85%
Cov(Q)=12.94% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7155
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
351.525779999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.05456
outside
1 - 2259
TMhelix
2260 - 2282
inside
2283 - 2373
TMhelix
2374 - 2396
outside
2397 - 2415
TMhelix
2416 - 2438
inside
2439 - 2812
TMhelix
2813 - 2835
outside
2836 - 3089
TMhelix
3090 - 3112
inside
3113 - 3124
TMhelix
3125 - 3144
outside
3145 - 3147
TMhelix
3148 - 3170
inside
3171 - 3174
TMhelix
3175 - 3197
outside
3198 - 3615
TMhelix
3616 - 3638
inside
3639 - 3646
TMhelix
3647 - 3669
outside
3670 - 3673
TMhelix
3674 - 3696
inside
3697 - 3744
TMhelix
3745 - 3762
outside
3763 - 3771
TMhelix
3772 - 3794
inside
3795 - 3813
TMhelix
3814 - 3836
outside
3837 - 7155
