CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Harrisii_MK521914 (Region: Australia: wukalina/Mt William National Park, Tasmania;  Strain: Torovirus sp. isolate Tasmania/Sarcophilus_harrisii/2016/DN128115, complete genome.;  Date: 2017)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein
Location
MK521914(+):845-14182
GenBank Accession
QBJ04613.1
 

Sequence

CDS
ATGTCCAAGATCTTAAGAGAGCTCACCAACGAAACCGAGCTGCATTTGTGCTCAAGTACCTTGGACCTAATTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGCCCAGTGTTTAGGTACACCACAAAATCTGGTATCTCTTTCAAAGATGGTTCCATCCATCTTGGAGTCACCGACTTTGGAACCCAGATACATATCAACCCACTCCAACTCTTTACAAAGTTTGCAATTACTTGCCCTGAACACCTCATCCACCCTGTACAAATGGACTACAGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTTCCTTTGAACGATTTTACCCCAAGAGGCAACTATGTGGAATTATCATTGATGATCCCTTCAGTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAACTACTACTTTACAAGAAATGTGCTCAGATATGGTACAAAGTTGTATCAAGTCAATGGAAACAGACTTATTGAAAGGAGTTCTGGCATTGAAAGATCAGACGTCTTGCCAAGAATACTTTCTGAGTGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACCCCTAGTGAACGCGATGAAGATGTCATCTGTTGTGGATTTGAGTCCCTTGATATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTCAGCCCTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAGGGAGTTGGTAGATTGTTCTAGACGAGATGAAAAATGTCTTAAACGTCGTCTAACAAAGAAGCAAAAGAGGCAGGAAGAAGGTAGTTTTGATGCCAATAAGGTTATAACACTTGGTGGTAAAATGTATCGTTACCAGGTGGTTGTATTGAAATGTAGTGATGAGGTGGATGATTTAATTGGCTTTGATGGTAAAGTTGGAGAAGTTGATTATAATTTTGAGAATGTACCACACTGTTGGAGGGACCTTGTTAAAGGAAGGTCTCTTATTCGGGCAAAGGCCACTTGGGATCTTGCTGGGGGTGTTGATGAGAATTTGGAACATGTTTACATAGATGAAAGCCAGCGGGATTCTCAGCGTGCTGATGGAGGCTCGGATTCACCTAGTGCATGTGTTGAGGACCCTCATTTGGAAGAAAGAATTTTTTCTCGTGTGTGGTTAAAACAGACATCCAGGTTTTTTGGTACAAAGATACAACAGGTGTCCGAGTTGTTCAAGAGCATTGGGTTGCCTGAACTTGAAGCTACATATTGTGGTGTTAATCCAGTAAAAGTTGGTAATAAGTGGCTTAGTTTTAGAGATCAAGGTAGATCAAGAGTATTTTTTGTTTATACCGATAATAATGTATATTTGGCTACAACACGTCAAAAAGTTTGTTGTGACTACATTTTAACTAAATTTAAGAGTGTTAAATGGATTGGCAATAAGCCTGATCAGTGTAGAGTTGTGAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTAAATAAGGTTAAAAATTGTACAAGAGTTATTACACCAATGTTGACTGTTCAGGGTAAGATTAGTCATAGAAGAGTTGATTATTTAGATATAAGTGTTTTAGATAGTTATGTAAGTGATACCGTTGGTTTAAATTGTGTACAGAAGGTTAAAAAGTTTTTATCAATGTATTATAATTGTAGTGCTGATTTGGGTTTGTTAGATAATTTTTTAACACCTATGGAGTGTGGCACTAAGCAGTTGGTTTTTGAAAGATGTAATTGCCCAAACCATCAGTTCTATGTAGCTCAATTTGACAATCATGTGGTTTTAGGTTTGGGTAGGCCTACTGGAGTTGTATATCCGGAAGAAATACCAAGCTGTGCAAACATCTATGCTGTGGGTTTTGCAACTCAGAAAAGGGTTGTTGAAGTTCACTATTATTCTGAAATGGATCGTCACCAGCCGCCTCAGGACTATTATTATTTTGCTTATGATCAAGAATTTCAGCATGTTGGTGGTGATGATTATGTTAATCACCACCTAGACGATGTTGAAGATCAACCATTTCCATCTTTATTGTTTGATGATGTTTATGATAGTGGTGACTCCTTGGATGATGGTGGAAGTGATTTAGATTGTTTTGATGTTGATTGTGATTTCTTCTGGCCTGATGCACCCATACCTGTACCATCACCTTATGGTTACTATCAGGGTCAACGGTTGAGGGATTTGTGTGTTGCAGGAGGTGATTTCGGCTGTGATTGCCCTCGTTGTGATGGTACATTTATTTATCATCCATTTAGACCACGACATTACCATTCCTTTGATGAGGTTGGTCCATTTATTCAGATGTGTGAGTTTACACTAACATATTCAGGACAAAATTATAATTTATTTTATGGTTTAGAACCCAAAGTTTGTCTTCAAGATTTGGTGGAAGCAAGTGGTAAACTTCTACAGTTATTGGTGAGGGGACAGTTGGAAAATATATTATTGCCAAATGACATTTTAGCATGTTTATCAAGTTTGAAGTTGGGGGCTAATATCCATCCCTTTCTGTGGCCTGCACCGTTTTTTAATGCTAATGGTGAGTGGGTTGACATTTTTGGTAGTGGTGATTTTACAATGTTTGGTGAGGATTTTTGCTTAAAGGTTAAGTCTATGGTTGAAAGTGTGTATTTTTTAGTTGAAAATTTTTTTTCTGTGGATTGTCCTATTGGGAATTTATATTGTAAGTTGCATTTTGATGGTGATGTTAAGAATATGCTTTGGTCAACAATTCATATGAAGTATATTTATTTAGCTTTAATACATAGTGAAAAAGTTTTTAATATTATTTTAAATAGTGGACAATTAAGCCATCCAGAGTTAGTTAAGCTGGTTACAATAGGTACCTTTGATGTTTCTATAGTTGCACCCTGTGCTTGCAGTGGTGATTGTAATCATGGTAAGATATATAATTGGACAAATCTTCTTAGTAGTGTTTATAGATTTGTGACATTGGACCAGTTGGTGGGGTTGTCATATTGTGAGAAAAGGTCATTAGTTCTTAAAAAGGTCCAGCAGTACCTTGAGGTTGAAGATGGGTACCGACAACCAGTACAGCTGTTGATGGCACCATTTTATGGTTTTAATGACAATGCCGAACCTGATGAACAGCCCTTGACTGGTGTTTTTCACCAACAGGTAATGCAAATGTTTGATACATGTGTGATGTCAGATGTTATTTGTGGCCTAAAGCGGCCAAGAGCATCAGTGTATAACCTTTTTGGTGTGTTGGCAGATTATTTTAGGAGACCATTTATCTTTCGGTATTATCAGGTGGCTGAGTTTTCGGGCTCAGAATCCACTCAGGTTTTTACAGATGTAACTTCTGCATTGACACCCAAAGACCCCCACTCCAACCGTTCCTACATTTATCATGATTACGCAGTATGTAGGGTCGTGGAGCCTAGGACAGCCGTTGTAACAACTAGGGGGGCTATATATCCACCAGAGGTCATAGAGATGATCCGCAGTTATTTACCAATTGAGTTTGATGTAGGTGTTATGAATTATGTTGATGATAATTGTGATTTTAAATATTGCAATTTAGAGTTTTGCCTTAGTGGTAGAGGTTTTGTTAAGTTGGATACTGGTGAGTTGTTAGATTATAAGACTAATTTGTTTGTTGTTAGGTATAAAACATTACCCTTGTTATATGTTACTAGTAGTCCTATTTATTTGAGTGATTTTAGTTTAGATGATGCTGTTTGTCTTACAGGTGAGTTTAAGTTAAGTTTTGATGTTGAGCCTGGTAGTACACTTTTTGGCCTTTATTTTACTAATGGTAGGTGTTATAGAGATGTTTGGGAAACTTTACCACGCTTTGGACTTGGTACCCTATCCCCTCCTAAGTGTCATTTTAAGTGTGAACCTTTTGAGAATTTAGCAGAGGTGTTTTTTTTCAAGCGTAGAGTCCAGCTTGTTCCATTGGTAAATAATTATACTCCAGTTTTTAGACATAAGCCAGACATTCCTAAAGTTTTGACAGTCGAATTGATGCCCTACTACTCATCTATAGGGTACCAAGGTTTTGTAGCCCCCAAATGTGTTCTACCTGGATGTGTAGCCACTCAGTATTGTAAGTTGAGACATCAATTGGATAGATGTGTTCAGGTTACCAAGTTAGCAGTTGCATATGCATTTTATTTTAAACCACTTGACATGGGTTCACTTTACCATTTAGATCCTATGCGAGGTACTAGTTATGGTAAGTCAGCTGTGGTACAGTTTGAACCCGTTGGGTTGATAAAGGAAGTTAATATACTTGTTTATCAGTTTGGTAAACATGTTGCCATACATTACTTTCCAGAATGTCCCACATATGTAGCCTATGGACACTACCCAAGTCATTCTGTGGGTGTGTGGTTGGGCTATCTACCCTCGGTTGAAGAGTGTGTTATTGCACAACGCAATTATAGGGTATATGTCCCCACATGCTTTAGGCTCTCACGTACTGGTTGCTATCACATTCAACAGGATGAAGACCTTGAAAGAACACATGTTACAGTGAGTTACCATTATGCTAGAGATTTTGATATAAAGTCTTTAACACCTATGTTTCAGATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGATCTTATTTGTGCATTAAATTCTTTAAGTGAAGAGTCACAGAGTGTTTTAACATTATTTTGTGAGGAGTTTGATGCAGCCTACACCTTGCAAACAATATCTGATGAGGTTTCATTTGAAACATCCACTAGCCCAGAACTGGTGGCGTGTGTGTTGGCTTATGCAATTGGTTATGAGCTTTGCTTAACTGTCAGGACTGATGGTGAGTGTGAAAGTTTGGATGTCGGTTCAAGTTTGGAACAGGTTTATGTTGATTATGATGTAAGCAAAAATGTTTGGAATCTCTCAACTTACCTGCAAGATGATAGTTCTGATGATTTGGAGTTACCATTTAATCAATATTATGAGTTTAAGGTAGGTAGGGCTTCAGTTGTTTTAGTTCAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTGAAGAGTGAGCAGGGTGTTGA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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=4e-20     Score=91.7     Identity=33.08%     Cov(Q)=2.99%     Cov(P)=63.94%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4445
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
404.432829999999
Exp number, first 60 AAs:
7e-05
Total prob of N-in:
0.00017
outside
1  -  2182
TMhelix
2183  -  2205
inside
2206  -  2216
TMhelix
2217  -  2239
outside
2240  -  2270
TMhelix
2271  -  2293
inside
2294  -  2405
TMhelix
2406  -  2428
outside
2429  -  2519
TMhelix
2520  -  2542
inside
2543  -  2546
TMhelix
2547  -  2569
outside
2570  -  2765
TMhelix
2766  -  2788
inside
2789  -  2940
TMhelix
2941  -  2963
outside
2964  -  2982
TMhelix
2983  -  3005
inside
3006  -  3011
TMhelix
3012  -  3044
outside
3045  -  3426
TMhelix
3427  -  3449
inside
3450  -  3455
TMhelix
3456  -  3478
outside
3479  -  3509
TMhelix
3510  -  3532
inside
3533  -  3538
TMhelix
3539  -  3561
outside
3562  -  3570
TMhelix
3571  -  3593
inside
3594  -  3597
TMhelix
3598  -  3613
outside
3614  -  4445
 
 
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