Strain
Avian_MK581203
(Region: Poland; Strain: Infectious bronchitis virus strain gammaCoV/Ck/Poland/162/1997, complete genome.; Date: Jul-97)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCGTTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAACTCCGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAAACCCAAAGATTATGCTGATGCTTTTGCTGCAAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAGTTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCCGGTGTCCCAGCAAAAACTCTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCTGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCCCTTGCACGGAAATACCGCGAATTGCTTAAGACAGCACCCCAGTGGTCGCTTACTGTCGAAGCACTGGATGTTCGTGCACAAACTCTTGAAGAAATGTTTGCTCCCACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGAAGACTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGATGCTTTGGGCTCAAATTTGAGTGCTCTTTTTCAAATTGTTAAAGAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGATGATGTCAGTGAATTACCACAGCGTATCTCTGCACTTAAACTGGCTTTTGCTAGGTGTGCAAAATCAATTACTGTTGTGGTTGTTGAGAGGGCTCTTGTAGTCAGAGAGTTTGCTGGGACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCCATTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTGCTAGAATTTTCACAACACTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTTGAAAACATACCGAATGCACCAAGAGGCACTAAAGGTTTTGAGGTTGTTGGCAATGCCAAAGGCACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACTTAACTCTGCTTGACCAAAAAGCTGACGTTTCAGTTGAGCCAGAAGGTTGGTCTGCAATTTTGGAAGGACATCTTTGCTATGTCTTTAGAAGTGGTGATCGCTATTATGCGGCGCCTTTATCAGGAAATTTTGCACTTCATGATGTGCATTGCTGCGAGCGTGTGGTTTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTCATTCTTGCTGCGATATACTCTTCTTTTAGTATCACTGAACTTGTGGCAGCACTTAAAAAAGGTGAACCGTTCAAGTTTCTGGGACATAAGTTTGTGTATGCAAAAGAAGCAGCAGTTTCTTTTACTCTGGCAAAAGCAGCAACCATTTCTGACGTCTTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTAAAAACGGAAGATATATGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTCGCATATGGAAAAGTGCGCAACCTTGAGGAATTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTTATCCTAGCAGCTGTGCTTGGTGAAGGCATTTGGCAGCTTGCTTCGCAAGTCATCTATAAACTAGGTGGTTTCTTTTCTAAGGTTGTTGATTTTTGTGAAAAACATTGGAAAGGTTTCTGTGCACAGTTGAAAAGAGCTAAGCTCATTGTGACTGAAACACTTTGTGTTCTGAAAGGAGTTGCAGAGCATTGTTTTCAATTACTGCTGGATGCAATACAGTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTCGAATCCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCACAAAATTGTTCAAGATGGTGACGAAATATGGTTTGACGCCATCGACAGTATTGATGTTGATGATCTTGGTGTCGTTCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGCGATGATGTGACACTCGCAGAGAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCCAAGATGACGGAAAGAGCTATATGTTCTTCCGTTTTAAGAAGGACGAGAACATCTATTACACACCAATGTCACAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACTATAGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTCGTGCCTATTAAGGTCAGCATTGAGTGTTGTGGTGAGCCATGGAACACTATCTTCAAGAAGGCCTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGACGATCTCAAGTTGTTTCCTGAGGCCCCAGAACCTCCACCCTTTGAGAATGTCGCACTTGTAGATAAGAATGGTAAGGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTCATTTACCGTGATTATGAGAGCGATGGTGACATCGAGGAAGAAGATGCGGAAGAGTGTGACACAGACTCAGATGATGAGGGCTGTAATACTGCTTCTGAATGTGAAGAGGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAGGACCCAGCAAGTAACAAGTACCCCTTACCTCTTGATGAAGATTATAGCGTTTACAATGGAAGTATTGTGCATAGAGACGCTCTTGATGTTGTGAATTTACCATCTGGCGAAGAGGCTTTTGTTGTCAACAACTGTTTTGAAGGCGCTGTTAAACCTCTGCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGAGATTGGGGAGAAGCTGTTGATGCACAGGAACAATTCTGGGAACAGGCTGCTACTCATGTTACTGTTGAGGAACCAGTTGAAAATTCCGCTGGTAATAATGATGTATTGACTGTACAAGTCATTGATGCAGAGCAGGAAGTAGTTCCCGTCATTGAAGAAGATCAAGAGGTAGTTGTTTACACGCCTGCAGATCTAAAATTTGTTGATGAAACACCAGATGAGTTTGTTCTCACTGCTGATGTTCCTACAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAAGAAAAAGAGCCACAAATTGATCAAGAGCCTACTCAAATTGTTAAATCACAACGCGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAAGTTAAACCATTTACATGTGAAAAGCCAAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTATAGTAGTTGCCAAAGCACTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCCTTGTAAACGCCGCAAATGAGCACATGGCTCATGGAGGTGGTGTTGCAAAGGCAGTTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTCGTGGAGTACTGTGAGGAATATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTTAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTTGGACCACGCCATGGAGACAGTAATTTGGAGGATAAACTCGTTGCTGCATACAAGAATATTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTACGTAGTCCCAGTTCTTTCCTCGGGAATTTTTGGTGTAGATTTTAAATTGTCAATAGACGCAATGCGTAAAGCCTTTGAGGGTTGTGACATACGCGTTTTGCTTTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCAATTATTTTGATGCAACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCTGTTATTGTGAAACCTGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCGAAGAACAAGACAGTTTTTACAGCAGATGATGTAGATGATAAAGAAATTCTTTTTACACCTACAACTGACAAGACTGTTCTTGATTACTATTGTTTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTTTAGCACAGAAATGGAATGTCCAATATAGAGACAATTTTGTTATACTAGAGTGGCGTGATGGAAATTGTTGGATTAGTTCAGTAATAGTCCTCCTTCAAGCTGCTAAAATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGTAGAAGCATGGGCTAGACTGTTGGGTGGTGACCCTACAGATTTTGTAGCATGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTTGGCGATTTTTCAGATGCTAATTGGCTCTTGGCCAATTTGGCAGAATATTTTGATGCAGATTACACGAACGCACTTCTTAAGAAGCGCGTGTCATGTAATTGTGGTATTAAGAATTATGAACTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCGGTAAGGGCACCTAATCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAACCTGTGGTGCAAATAGTATGGATGAAGTAATAGAAGCTTCACTTCCGTACTTATTGCTCTTTGCTACTGACGGTCCGGCTACAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTTATTGGATCCACTAATAGTGGCCATTGCTATACACAAGCCTTTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAATGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCATACATTACAGCAATGTATACGCGATTCTCTCTCAAGAGTGAAAATCCGCTGCCTGTTATTAAAAGGAGTAAGGACAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAATCTTGCTACTAGTTCCAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACGGTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGAGAAATTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCGCTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCGAAGGATGGTTTCACTTATAAGTTAACACCTGACACTGATGAAAATTCAAAAGCACCAGTCTATTACCCGGTCTTGAACTCTATTAGTCTTAAGTCGATCTGGGTAGAAGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTATTATAGTAAGTCTCTGCGTGTCCCCACCTTCTGGGAGTGTGCTGAGAGTTTTGTTAAAATAGGTGAAAAGGTTGATGGTGTAACTATGGGCTTATGGCGTGCAGAACACCTTAACAAACCAAATTTGGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAATTGTTGGAACTAG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CAGTAGAACAATATAGGTATATGTGTCTCCATAAGATACCACCACCTAAGAGTGTTGTGGAAGTCTTTTCGACAAATATGCTTATACAAGGAATAGGGGGTGACCGTGTGTTGCCTATTGCTACAGTTCAATCTAAATTGAATGATGTAAAGTGTACAACTGTTGTTTTAATGCAGCTTTTGACTAAGCTTAATGTAGAAGCAAATTCAAAAATGCATGCTTATCTTGTTGAGTTACATAATAAAATTCTAGCTTCTGATGATGTTACGGAGTGTATGGATAATTTATTGGGTATGCTTGTTACATTGTTCTGTGTTGACAGTACTATTGATTTGAGTGAGTATTGTGATGATATTCTTAAGAGGTCGACTGTTTTACAGTCAGTTACTCAAGAGTTCTCACATATACCCTCTTATGCTGAATATGAAAGAGCTAAGAATCTTTATGAAAAGGTTTTAGCTGAGTCTAAAAATGGTGGTGTAACACAGCAAGAGCTTGCTGCTTACCGTAAAGCTGCCAATATAGCAAAGTCAGTTTTTGATAGAGACCTGGCTGTTCAGAAGAAATTAGATAGTATGGCAGAGCGTGCTATGACAACAATGTATAAAGAAGCTCGTGTAACTGACAGAAGAGCAAAATTGGTCTCATCGTTACATGCGCTACTCTTTTCAATGCTTAAGAAAATAGATTCTGAAAAGCTTAATGTACTATTTGACCAGGCGAGTAGTGGTGTTGTACCTTTAGCGACTGTCCCAATTGTGTGTAGTAACAAGCTTACACTTGTAGTACCAGACCCAGAGACGTGGGTTAAGTGTGTTGAAGGTATGCATGTTACTTATTCAACCGTTGTCTGGAATATAGACACTGTTATTGATGCTGATGGTACAGAAATACAGCCAACTTCTACAGGTAGTGGTTTGACATACTGTATAAGTGGTGATAATATAGCATGGCCTTTAAAGGTCAACTTGACTAGGAATGTGCATAATAAAGTTGATGCTGCTTTGCAGAACAATGAGCTTATGCCACATGGTGTAAAAACTAAGGCTTGCGTAGCAGGTGTAGATCAAGCACATTGTAGCGTAGAGTCTAAATGTTATTATACAAATATTAGTGGTAATTCAGTTGTAGCTGCTATTACTTCTTCTAATCCAAATCTAAAAGTTGCTTCTTTTTTGAATGAGGCAGGCAATCAGATTTATGTAGACTTAGACCCACCATGTAAATTTGGAATGAAGGTGGGTGATAAGGTTGAGGTTGTTTACCTGTATTTTATAAAGAATACACGGTCAATTGTTAGGGGTATGGTGCTTGGTGCTATATCCAATGTAGTTGTTTTACAATCTAAAGGACATGAGACAGAGGAAGTAGATGCTGTTGGCATACTATCACTTTGCTCTTTTGCAGTAGATCCAGCTGACACGTATTGTAAGTATGTAGCAGCAGGTAATCAACCTTTAGGTAACTGTGTTAAAATGTTGACAGTTCATAATGGTAGTGGCTTTGCTATAACATCGAAGCCAAGCCCAACTCCAGATCAAGACTCATATGGAGGAGCTTCTGTGTGCCTCTATTGTAGAGCGCACATAGCACACCCAGGTAGTGCAGGAAATTTAGATGGACGCTGTCAATTTAAAGGTTCTTTTGTCCAAATACCTACTACAGAGAAAGATCCTGTAGGGTTTTGTCTACGTAATAAGGTTTGCACTGTTTGTCAGTGCTGGATTGGTTATGGATGTCAGTGCGATGCACTTAGGCAACCTAAACCCTCTGTACAATCAGCTGTTGGTGCAGCTGATTTTGATAAGAATTATTTAAACGGGTACGGGGTAGCAGTGAGGCTCGGCTGA
Protein
MASSLKQGVSPKPRDVVLVAKDIPEQLRDALFFYTSHKPKDYADAFAARQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKTLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRELLKTAPQWSLTVEALDVRAQTLEEMFAPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMDALGSNLSALFQIVKEQIARIFQKALAIFDDVSELPQRISALKLAFARCAKSITVVVVERALVVREFAGTCLASINGAIAKFFEELPNGFMGARIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADVSVEPEGWSAILEGHLCYVFRSGDRYYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSITELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKEAAVSFTLAKAATISDVLKLFQSARVKTEDIWSAFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEEFVKTHFCKAQMSIVILAAVLGEGIWQLASQVIYKLGGFFSKVVDFCEKHWKGFCAQLKRAKLIVTETLCVLKGVAEHCFQLLLDAIQSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEIWFDAIDSIDVDDLGVVQEKPIDFEVCDDVTLAENQPGHMVQIQDDGKSYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDGDIEEEDAEECDTDSDDEGCNTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDEDYSVYNGSIVHRDALDVVNLPSGEEAFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQFWEQAATHVTVEEPVENSAGNNDVLTVQVIDAEQEVVPVIEEDQEVVVYTPADLKFVDETPDEFVLTADVPTEEVVSQEEKEPQIDQEPTQIVKSQREKKAKKFKVKPFTCEKPKFLEYKTCVGDLTIVVAKALDEFKEFCLVNAANEHMAHGGGVAKAVADFCGPDFVEYCEEYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLEDKLVAAYKNILVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKLSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHINYFDATCKQKTIYLTEDGVKYRSVIVKPGDSLSQFGQVFAKNKTVFTADDVDDKEILFTPTTDKTVLDYYCLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWISSVIVLLQAAKIRFKGFLVEAWARLLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEYFDADYTNALLKKRVSCNCGIKNYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSMDEVIEASLPYLLLFATDGPATVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAFGKAFDNLANDRKFGKKSPYITAMYTRFSLKSENPLPVIKRSKDKTKVVKEDVSNLATSSKASFDDLTDFERWYDSNIYESLKVQETPEKLDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLNSISLKSIWVEGSANFVVGHPNYYSKSLRVPTFWECAESFVKIGEKVDGVTMGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTECGKLISKVATLIADKVGGGVIRNITDRIKGICGFTRGHFEKKMSMQFIKTLIFFFFYFIKASSKSVIASYKKVLCKVVFATLLISWFIYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSFCSPYSDYGKDSFDVLRYCEDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKDAASGINFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLNSTVLNTGVGFLDWFIQTVFSHFNFMGAGFYFWLFYKVYIQVHHILYCKDVTCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCKNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDEFVNLKYKAAIPGKDTASLAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNINSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYEQLVVEPVSKSVVDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDALLTTTKDEEAVDMAIFCHNNEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINSDASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITRSGAKQVFSCHTQKLLVEKKAGGVISNTFNKVRSCCKWLLVFYVFFTMCCLGFYYVEMNKSFVHPMYDVKSTMHVEGFKVIDKGVLRDLVPEDTCVSNKFANFDAFWGKPYENSRDCPIVTAVIDGVGTVAAGVPGYVDWVMDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREVVGYTQDSIVTEGGFYTSIALFAARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFSDILPHRVYFQPNGVRLVVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTGKPGIFCGSTVRELIFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKTYATIVFTIMLVWFINAFILCVHSYNSVVAVILLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIIPTWLACLYLGFILFMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRSSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLSLANNHEFEITTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPKYKFLKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWFYAAIISVKESSFSLPKWVESTTVSIDDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKNSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSIVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAMVLFTAVPLKFYVHAAVILLTAVLCVSFTVKHVMAFMDTFLLPTLVTVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIYVSQWYEPVVFDTLVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFSTKLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTMVLANASSNSLIGLVVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMINGMGWLCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYSFKVSVEQYRYMCLHKIPPPKSVVEVFSTNMLIQGIGGDRVLPIATVQSKLNDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVTECMDNLLGMLVTLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLAESKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVVPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTEIQPTSTGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNVHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGSAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQSAVGAADFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 640 Identity=89.39%
Cov(Q)=9.07% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3949
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
403.38848
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00346
outside
1 - 1722
TMhelix
1723 - 1742
inside
1743 - 1748
TMhelix
1749 - 1771
outside
1772 - 1839
TMhelix
1840 - 1862
inside
1863 - 1866
TMhelix
1867 - 1886
outside
1887 - 1895
TMhelix
1896 - 1918
inside
1919 - 2278
TMhelix
2279 - 2297
outside
2298 - 2359
TMhelix
2360 - 2382
inside
2383 - 2555
TMhelix
2556 - 2578
outside
2579 - 2582
TMhelix
2583 - 2605
inside
2606 - 2611
TMhelix
2612 - 2629
outside
2630 - 2648
TMhelix
2649 - 2671
inside
2672 - 3093
TMhelix
3094 - 3116
outside
3117 - 3120
TMhelix
3121 - 3138
inside
3139 - 3150
TMhelix
3151 - 3173
outside
3174 - 3187
TMhelix
3188 - 3210
inside
3211 - 3221
TMhelix
3222 - 3244
outside
3245 - 3253
TMhelix
3254 - 3276
inside
3277 - 3295
TMhelix
3296 - 3318
outside
3319 - 3949
