Coronavirus Database

Strain

Porcine_MK994937 (Region: China; Strain: Swine acute diarrhea syndrome coronavirus; Date: 18-Oct)

Gene

orf1a polyprotein

Description

Annotated in NCBI, orf1a polyprotein

Location

MK994937(+):304-12486

GenBank Accession

QID98975.1

Full name

Replicase polyprotein 1ab

Alternative Name

ORF1ab polyprotein

CDS

ATGGCTATCAACCAATTGACACTTGCAGTTGCAAGTGATCAGGAAATTTCAGCTCATGGCTATCCTACTATGTCTGATGCCGTTGAACATTTTAGTTCCTCCGCATCACACGGTTTTAAGGATTGCCGTTTTGTAGCCTTTGGGCTGCAGGACATTGTTATTGGAGTTGAACCCAGTGACTTTGTCGTGGCTTTGGAGGGTGACGAAATTCTCACTGCCTATATAGCCACTTTTGGAGCTAGACCTCGCTGTTTGCGCGGTTGGCTTATACCCTCTAATTCTAATTATGTTTTGGAGGAATTCCAAGTGATTTTTGGCAAGCGCGGCGGTAACGTTGTGTCTGTCGATAATTACATGTGCGGTGCTGATGGTAAACCGGTAGTTCCTAGCGAACAGTGGTCTTTTGTTGAGCACTTTGACGATGATACAGATGAGATCACCGTTAATGGTGTCACTTTTCGCCACGTATGGAATACCGTTCGCGCTGACGACCCTTATGAAAAACAGGGTCTTCTTTCTATTAAGTCTATAGAGTACATCTCCAATGTTCCTCACAAGTTGCCTAATGGTTCTGTCCTTGGTGTTGCCGGAACTCCTAAGAAGCGTAAGGCTATTGTGCTTGATGAAAAGTATAGTAAGCTTTATGATGCTTGTGGTGTTCCTTTTGTCACTAATGGCAAATCTATTTCAGAAGTTGTCCCTAAACCACTCTTTTTGCATGCTCTTGTTAAGTGCAAGTGCGATAATGAGTCTTGGACTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTACTTGTTGTGGTTCCACTGGTAAAGTTACGACTTTGGCAGTTGGCGATGTTACTCCGGGTGACATTGTCTTTACCACACTTGGTGCAGGTAAAGGCACTAAGTTCTTTTGTGGTCTTGTTCTCACCTTTGTTGACACACTTGAGGGTGTTTCCGCATGGCGTGTTGTTAAGGCCTATACAGTTGATAAGTTTGTTGCATCTTCTAACTTTGATGAACACAACCATGTTATGAGCTTGGATCAATGCTCATTTGACAACTTTAGTCCTATTAGCGTAGCACTGAAGTTCTCACTTTTGCGTGGTAATTGCTGTGACGACGTCAAGTTTGCTGTTGCAACTGGTGTGATTGACATTGGTCTTGGTGTCTTTGATGTTAATGATACTGTTTTTGAGAATGTACCATGGTTTGTTCAGAAGTTTGAGTTTTTGAAACCAGCATGGGATGCTCTAAAGCAGGCCATTATCAACCTTGGTGTAACATCTAAGGCTGTTTTGTCTTTTATTAAGTCACTGTGTAGTGCTGCATTCAGTGTTGTTGACGGCGTTCCAGTTATTGTCTGCACTGTTGCTGAGAGATTTTCTAAGGCTTTTACTGATTTTCTGAGTTACACCCGTGAATGCTTTACTGCCCTCTGTGATGACATCGTTGTGTTCGGTGTCAAGTGCAAAGCTGTTGGTGACTACATTATTTTTAATAATAGTGTCGTCAAAACTGTTAAAGCCAAAATAAAGGGTGTTAAAGAAGCTGGTCTTAAGACTATGACCTACACACAGTGTCTACTTGGATCTACCAAGCCTGTTAAGGTTAAGCGCGTTGAACGTAGTGTTGCACAGCTTAAAGTTGTTGACACTGCTGTACCATTAAAACAGGAAGGTGAATGTCTTGTTGTTGGTGGTCGTGCTATGTTTAGGTCTGATGGCTATTATAGGTTTATGGCTGATGCTGATGTTGTACTCGAGTCACCTGTTTTTACAGCTGGCTCTCAATACAATGTTGTGTTCGAAACTGATGCCCTATTCATAGCCCCAGAGATTAGCACTGTGTTTGAAGGTGACAACATTGACACTGTGGTTCAGACTGTTGCCAATAAAGTCCAAGCATTTAACAATAGATTCGTTGTTTACAACGCACATGTTGTTGATGGTGCTATTAATGTGTTTTGTGATTATAAGTTTACTTGTCCTGCTTTCTTGGATGGTTTTCCAGAGTGGTTTTCATTCTGTAAGAATCATTTTAAGGATGCCGGATTTGTTGAGTTTTATGACTGCATTATTAATAGTGACGGTACTTTTCAGACCACTTTTCAGCCTTATTTGGACCTTAAACCATCTGTTGATGCGTATTTAGGTCCTGAGATTGTACGAGCTGTTGATGGTGGTCGTCTGTGGCGTACTGTTATTAATGGCATTAGTGACGCTGTTAATTTTTGTAAGAATCTTAGGTTGCACTTCGATTTTGGTGAGCTTAAGGGTACTGTTGTTAAGCGTTTTAAGGGTATACTTAGGACGCTTCTTACAGTTTACAATGAGTTTATTCAAACTACTGTGTCTGTTCTTACTATCTGCGGCATTAGTGCCAAGTACTATGCTTTTGACAAGCCTATGCTTTGTATGCATGGTATTACAGAGCGTGTTACTAGTTTTGACATTACTAGTCTTGGAAAGCCTATTTTAGATGGTCTTTCTAGGTGTAATGTCTTTGCACGTGGTTCTACTGCAGTTGTAGTTGATTCTGTTGATCACGAACTTCTTGATCTTGAGGAGTGTGATTTTGTTGAACCTGCTAGTCATGGTGTGCTTGTCGTATCAGATGATTATGGCTTTTATTCTTGTGAAACTGGCATATATCCCTATGCTAGTGATGGTAAAGTTTTGCCATTGCGGTTTAGGAAAAAGGCTGGTGGTAAGAATGTTGCCTTTGATGACAATGTTACAGTTACTGAGATTGACCCTATTTTTAAGGTTAAACTGTCCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAATTGATTGAACTTTGTAAGAAGGTTATTGGTAGCAAAGTTAAGTGTAGTTCCTGGTCCCAACTTGTTGAGATCATTGATACTGCTCTTACTGCAACTAAGTCATACTACAATGTTCCAGAATATTTTATCTATGATGAGGAAGGTGGTAATGACCTTAATTTGGATGTCATGATCTCTGAATGGCCTTTGCAGGTTGACGAGGTCAGTGAATTAGTTAGCACTGATGAGACAGTTGAAGAGCAAGCTGTTGAACAAGTAGAGCCAGTTGTTGAAGATGTAAGTGATATCATTGAGGTAAACAAGGCTTTTGCTATTGATGATTCACCAGAGAGAGCTATTAGTCCATTTGGTTTTGACACAAATGAGATTAATGGACGGCGTGTGCTTGTACAGTCTAACAACAACTGTTGGGTTAATGCTGCTTGTTATCAGTTACAAGTTCTAGGTTTTGACAGCCCAGCTATGGAACTTTATAGAGTTGGTGGCACACATAATCTTGTTAAGCAATGTTACGAGGCCACTGGTGCATTTTTAGGTTCTTTGGGTGATGTTGCACATTGTTTAGAGGTATTGCTTAAGGATGCTAAGACAGCCAAAGTTACTGTTGAAGTTACTTGTGATTGTTCATCTAACTTCGAAGAACTTAGCGGTGCTTTCTTTAGGTTTTTGCCTCTTAAGAGTAAGTTTGAATATGGTAGTTGCTTTGCTTGTCATGGCACTCGTTATTATCGTGTGTGTGGTATTGTTGGCTCTTCAATATTTTCACAGACTCTTAAGCCATTGGATTTCAATGACCTGATCTGTGATGTTGCTAGTGCTAGCGTCTTTCTTGGTGATGATTGTGGTCATTATTTAATTAATGACTACGACAAGAGACTATGTGTCGATGGTATGGGTGTTTACAAGATTAAGCATAACACCATTGACACAATAGTTGTTAAGGACGCCGATATTAAGCCTTCTACTGTGGCACCTTTTATCGAGTACTGTAATGTGAAGTTCTACCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGCTGGTTTGTCTCATGACTTTGTAGTTAATGCAGCAAATTGCAACTTGGCCCACGGTGGTGGTGTAGCTAAGGCTATAGATCATCACACTGGTGGCAAGTTGCAAAAGCTTTCCACTTCTTTTGTTAAAAGGAACGGTAAGGTTGCAACTGGTGAGTGTGTTATGATTGATACTGGCAAGTTAAAAGTCCTTAATGCAGTTGGTCCCCGTAAGGGCAAGGATGCAGAGTCTTTATTAAATACTGTTTACACTAATATCTTTGCGCGTAAGGGTGTTCCCCTTATGCCTTTGATTAGTTGTGGTATTTTTGGCTTTGACATTAAAGACTCACTTAGGGCATTCTTGGATGCATGTGGTGATAGGCACGTTAAATGCTTTGTTTATTCTGACTCTGAAAGGGAGTCAGTTATGAAGTTCTTGACGACACCTTTTGAGGAACATGTTGCACCTATTGAAGAAATGCTTGAAACACCTGTGGTTGAAACAACAACTGATGTTGTTTCTCCATTTCACACTATTGGTTCTCATAAGTTTTATGATTGCAATAGTGTTGAGCCTATTTTAGGTCTAGGTGTTAAGAACATTGTTCTCTTCACAGACCAGGTGTTGTCTGTTAAAGATTTCGGTATTGTTGTTGATAAGTATCTCAATGGCTTGTTATCTGACATGTCCAACAAGTATGTTAATGATCATAAAGCTGTTCCTTTTGGTAACATTTTGTCACTTGATTGTGGTGCTTTTACTGTAGTGGATGCTGTGTCGCCTTTTGATGGTGCTAGCTTTGAGAAGCAGAGTGGTCGTACCATACGTAAATTGGCTAGATTGGATGGCAGCACATTATGTGTCTTACCTAATGCCATTGCATTATTTGACAAGCTCTTTGTGTTGGGTGACAATTTTTCATTTTTAGTGTTAGATAATGTTAGACCTTTGTTTGATAATTATCTTAAACCTAAAGATGTTAAAGTTAAGGTCACAGCGGATGGTCGCAATATCAATGATGTTATAGTCACAACTGCGGAAACGTTTGATGCGCAGTTGGGACCTTCTGCTAATGGTGCTGAATCACTTGTTGGTGTTGTTCCTACTCCAACGGATGGTGGTAAGGTTGTTAATACAGTACCTGATGTCAATTGGAGTAAGCACTTTGGTTTTTCTGATGCTGCTGCATTTGCCGTTCTTGACCATAGCAA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Protein

MAINQLTLAVASDQEISAHGYPTMSDAVEHFSSSASHGFKDCRFVAFGLQDIVIGVEPSDFVVALEGDEILTAYIATFGARPRCLRGWLIPSNSNYVLEEFQVIFGKRGGNVVSVDNYMCGADGKPVVPSEQWSFVEHFDDDTDEITVNGVTFRHVWNTVRADDPYEKQGLLSIKSIEYISNVPHKLPNGSVLGVAGTPKKRKAIVLDEKYSKLYDACGVPFVTNGKSISEVVPKPLFLHALVKCKCDNESWTVGDWTGFKTTCCGSTGKVTTLAVGDVTPGDIVFTTLGAGKGTKFFCGLVLTFVDTLEGVSAWRVVKAYTVDKFVASSNFDEHNHVMSLDQCSFDNFSPISVALKFSLLRGNCCDDVKFAVATGVIDIGLGVFDVNDTVFENVPWFVQKFEFLKPAWDALKQAIINLGVTSKAVLSFIKSLCSAAFSVVDGVPVIVCTVAERFSKAFTDFLSYTRECFTALCDDIVVFGVKCKAVGDYIIFNNSVVKTVKAKIKGVKEAGLKTMTYTQCLLGSTKPVKVKRVERSVAQLKVVDTAVPLKQEGECLVVGGRAMFRSDGYYRFMADADVVLESPVFTAGSQYNVVFETDALFIAPEISTVFEGDNIDTVVQTVANKVQAFNNRFVVYNAHVVDGAINVFCDYKFTCPAFLDGFPEWFSFCKNHFKDAGFVEFYDCIINSDGTFQTTFQPYLDLKPSVDAYLGPEIVRAVDGGRLWRTVINGISDAVNFCKNLRLHFDFGELKGTVVKRFKGILRTLLTVYNEFIQTTVSVLTICGISAKYYAFDKPMLCMHGITERVTSFDITSLGKPILDGLSRCNVFARGSTAVVVDSVDHELLDLEECDFVEPASHGVLVVSDDYGFYSCETGIYPYASDGKVLPLRFRKKAGGKNVAFDDNVTVTEIDPIFKVKLSFEFEDEKLIELCKKVIGSKVKCSSWSQLVEIIDTALTATKSYYNVPEYFIYDEEGGNDLNLDVMISEWPLQVDEVSELVSTDETVEEQAVEQVEPVVEDVSDIIEVNKAFAIDDSPERAISPFGFDTNEINGRRVLVQSNNNCWVNAACYQLQVLGFDSPAMELYRVGGTHNLVKQCYEATGAFLGSLGDVAHCLEVLLKDAKTAKVTVEVTCDCSSNFEELSGAFFRFLPLKSKFEYGSCFACHGTRYYRVCGIVGSSIFSQTLKPLDFNDLICDVASASVFLGDDCGHYLINDYDKRLCVDGMGVYKIKHNTIDTIVVKDADIKPSTVAPFIEYCNVKFYQGDFKDLAGLSHDFVVNAANCNLAHGGGVAKAIDHHTGGKLQKLSTSFVKRNGKVATGECVMIDTGKLKVLNAVGPRKGKDAESLLNTVYTNIFARKGVPLMPLISCGIFGFDIKDSLRAFLDACGDRHVKCFVYSDSERESVMKFLTTPFEEHVAPIEEMLETPVVETTTDVVSPFHTIGSHKFYDCNSVEPILGLGVKNIVLFTDQVLSVKDFGIVVDKYLNGLLSDMSNKYVNDHKAVPFGNILSLDCGAFTVVDAVSPFDGASFEKQSGRTIRKLARLDGSTLCVLPNAIALFDKLFVLGDNFSFLVLDNVRPLFDNYLKPKDVKVKVTADGRNINDVIVTTAETFDAQLGPSANGAESLVGVVPTPTDGGKVVNTVPDVNWSKHFGFSDAAAFAVLDHSKFAFDSEVVDGKRALADSDNNCWVNATCLALQFLKPTFKYVGWEDLWNKFVTGDVAGFVHLLYYIEGVDKGAKGDVESTLSKLDKYIVSSGSVTVERSTLCDRCNSTVKTVTGAIAEASVILNGHTDGHCPHNFEWRVQVIGVKGDIILLHSGSLLNGPYVYGDAYVAFSGNTDNGHYTVFDNKLSKMYDGIKCVKTTLDTLVASSVVIRNGSYAVKTEHVPLIKKLDDSAEKFFNVGDIVAHNIAYFFVWLLTTLSTLYRCWRGGNFKLLSSIPERSGIVLRRSFKYNFRALRSNVASKQKYCLMFAKSLLLLYTIYAMLFILVRFSFFNDYICGSTVRGYASSDFDKSKFCNGSLVCKTCLFGYQELSEFQHVGVVWSYVREPLFASVLPLCYFAVIAIFGGVVERFALCYFAAQFINNVLSFLKLQDSFWLVQLVPFDIFGDEILVMFLSYKAICFFKHVVFGCDKPSCVACCKSAKLKRIAMDTIVNGSRRSFYVNANGGAKLCKKHNFFCVACDSYGSGHTYINDHIANELHNVTKLHVKPTGPAFINIDRVEFSDGFYRIFSGDKFWKYNFDITDKKFSCKEVLKNCNILDDFIVFDNNGSNLSQVQNACVYLSQLLCKPIKIIDSTLLSSLNVDFNGALHKAFLDVLHNSFGKDFSSCKTMHDCKELLELDVSDDDFIKVVSDAHRFDVLITDTSFNNFCTSYAKPAEKLSSFDLAHCMRSGAKVVNHNVLIKEKMPIVWNCVDFAKLSVDARKYIVKTAKVKGVTFLLTVNNNVMETTLPCVSVLQKQGAGKLSSMWKNFWYACGAILALFVLLNCVGFTEYASSLPGYDFKYIEGGQLKPFANGLYCVRNTFDTFMDWHAQKFGFKPSNSDKCPIVVGASDSGRVVPGVASDVYLLGKTLIFTLKTVFGSAGHCYDVNGIADGDKCLFNSACTNLEGLGGTRTYCYKTGLIEGAMTYGDLQHDSYYRLSGDNYVRLPYVVVQGLGFRAVRTQATTYCRVGECVDSKAGMCFGADRWMVYSNDIGSDFICGSSLMDLLRNVLSVFNYNFSTMIMSGQVIFNCVLACVVVFGCYFVMKFRRVFGDMSLAVFTVCAAVVVNNLSYFISLNYVGMVVYSFLYFISTRGLKYCFIWDISYVVAYCLLAPWWLLTWYICAALIGLIPNLFKLKVSTTLFEGTKFVGTFDAASVGTFVIDARSYERLINSTSIEKIKQYASTFNKYKYYSGSANEADYRCACYAHLAKALIDFSTTRQDTLYTPPTVSINSTLQAGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDKVYCPRHVLASDTTVTIDYDAVYHSMRLHNFSISKGNVFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGHKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFEDQPSIQLEGVATLITENVIAFLYAALINGERWWCSNERCTIDSFNEWALGNGFTNLVSGDGFSMLAAKTGVDVCQLLSAIQRLATGLGGKTILGYASLTDEYTLSEVVRQMYGVNIQSTKTSSALKNLLLMGFFFLLFWSEFFMYSTILWINPGLITTFLGLFVMLSMLLASCIKHKMLFLQLFLLPSIIIAACYNFAWDMEVTRMLATQFDYHVSFLNMDIQGAINIIVCFIGISLHTYRFLDTQLRSYSTYILSMCTVLYTFYYGYDSLSLAIMLLGFGCREWYVGTAAFRLAQFIVPYCPGLISFVGDIKAVLVMYLVFGFVATVYFGLLYWLNRVLKLTLGCYDFKVSAAEFKYMVANGYTAPRGPFDSVLLSLRLLGIGGQKTIKVSTVQSKLTDLKCANVVLLGCLTNMNIAANSREWSYCVNLHNEINLTSDPEEALEKLLALVAFFLSKQQNFGVDDLIDSFFENRNVLQSVASAFANMPSFIAYEKARMNYEDAIANDAAPTVVKQLKKAMNTAKGEFDHEASVQKKIQRMADAAAAQMYKDARAVDRKSKVVSAMHSLLFGMLRKLDMSSINQLMELAKDGCIPMAIIPAAAATKLTVITPDLESFSKIRVDNNIYYAGAAWSITDVKDADGRVVILKEINADNKDALVWPLHVTCERVVKLQNNEIIPGKLKQRAVKAEGDGFSTDAKALYNTEGGHCFVYALIADKPDLKVVKWEYDGGCKTIELEPPLKFAVEAPTGVQIKYLYYVKNLNNLRRGATLGYIGATVRLQAGKQTELACNSSLLTLCAFAVDPAKAYVSAVKQGAKPVGNCVKMLANGSGSGQAVTNGVEANMNQDSYGGASVCIYCRAHVDHPAMDGACRFKGKYVQIPIGVNDPIRFCIENEVCKVCGCWLNNGCSCDRSSVQSTDQAYLNGQGALVQLD

Function

The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.

Catalytic Activity

Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate

Subunit

3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).

Miscellaneous

Produced by -1 ribosomal frameshifting at the 1a-1b genes boundary.

Similarity

Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.

Keywords

3D-structure Activation of host autophagy by virus ATP-binding Endonuclease Exonuclease Helicase Host cytoplasm Host membrane Host-virus interaction Hydrolase Inhibition of host innate immune response by virus Inhibition of host IRF3 by virus Inhibition of host RLR pathway by virus Membrane Metal-binding Methyltransferase Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase Modulation of host ubiquitin pathway by virus Nuclease Nucleotide-binding Nucleotidyltransferase Protease Reference proteome Repeat Ribosomal frameshifting RNA-binding RNA-directed RNA polymerase Thiol protease Transferase Transmembrane Transmembrane helix Ubl conjugation pathway Viral immunoevasion Viral RNA replication Zinc Zinc-finger

Feature

chain Non-structural protein 1

Uniprot

P0C6X1

Pubmed

11369870 8337838 9094676 9367364 10917600 10329692 + More
9847320 11431476 11842254 11842253 12746549

EMBL

AF304460

Proteomes

UP000006716

PRIDE

P0C6X1

Pfam

PF13087   AAA_12
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF06478   Corona_RPol_N
PF16348   Corona_NSP4_C
PF06460   NSP16
PF05409   Peptidase_C30
PF08715   Viral_protease
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10

Interpro

IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014827   Viral_protease
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR036499   NSP9_sf
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR009466   NSP11
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR036333   NSP10_sf
IPR014828   NSP7
IPR027352   CV_ZBD

SUPFAM

SSF140367   SSF140367
SSF142877   SSF142877
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF144246   SSF144246
SSF101816   SSF101816
SSF52540   SSF52540

Gene 3D

1.10.150.420 1.10.8.370 2.20.25.360 2.40.10.250 2.40.10.290

ProteinModelPortal

P0C6X1

PDB

6L5T E-value=0.0 Score= 598 Identity=100.00% Cov(Q)=7.22% Cov(P)=100.00%

3D Structure

View Sequence and Structure Alignments

KEGG

vg:918764

GO

GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724  F:RNA helicase activity
GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0044172  C:host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment
GO:0039648  P:modulation by virus of host protein ubiquitination
GO:0039694  P:viral RNA genome replication
GO:0033644  C:host cell membrane
GO:0008168  F:methyltransferase activity
GO:0004519  F:endonuclease activity
GO:0032259  P:methylation
GO:0003678  F:DNA helicase activity
GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0036459  F:thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity
GO:0039548  P:suppression by virus of host IRF3 activity
GO:0006351  P:transcription, DNA-templated
GO:0019082  P:viral protein processing
GO:0008270  F:zinc ion binding
GO:0005524  F:ATP binding
GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0008242  F:omega peptidase activity
GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723  F:RNA binding

From MSLVP

From Uniprot

Host membrane
   nsp7, nsp8, nsp9 and nsp10 are localized in cytoplasmic foci, largely perinuclear. Late in infection, they merge into confluent complexes (By similarity).   With evidence from 5 publications.
Host endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment   The helicase interacts with the N protein in membranous complexes and colocalizes with sites of synthesis of new viral RNA.   With evidence from 5 publications.

Length:

4060

Number of predicted TMHs:

14

Exp number of AAs in TMHs:

352.22572

Exp number, first 60 AAs:

0.00102

Total prob of N-in:

0.00044

outside

1 - 1906

TMhelix

1907 - 1929

inside

1930 - 1976

TMhelix

1977 - 1996

outside

1997 - 2052

TMhelix

2053 - 2072

inside

2073 - 2473

TMhelix

2474 - 2496

outside

2497 - 2726

TMhelix

2727 - 2749

inside

2750 - 2774

TMhelix

2775 - 2797

outside

2798 - 2816

TMhelix

2817 - 2839

inside

2840 - 3255

TMhelix

3256 - 3278

outside

3279 - 3281

TMhelix

3282 - 3301

inside

3302 - 3305

TMhelix

3306 - 3328

outside

3329 - 3347

TMhelix

3348 - 3370

inside

3371 - 3376

TMhelix

3377 - 3394

outside

3395 - 3413

TMhelix

3414 - 3436

inside

3437 - 3440

TMhelix

3441 - 3463

outside

3464 - 4060

Sequence

Summary

Ontologies

Subcellular Location

Topology