Strain
Feline_MN165107
(Region: China: Changsha; Strain: Feline coronavirus isolate XXN, complete genome.; Date: 18-Apr)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGATGCGTTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCGTGCTGCAAGGCTTTATCGTTAGAGCCAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTCATTGAAGGCGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGCGCTTGGCTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTATGTCAACAAACTCTCCTTACAATCAGGGAAATCCAATACAATCTGGATATCCCACACAAATTGCCTAATTGTGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCCAAGGTTGTTCTTTCCGAAGAGTATAAAAAGCTTTATGACGTTTTCGGTTCACCATTTATGTGCAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGGCAGTCTCCACTTCATTGCTGCTACTCTTAAGTGTCCATGTGGCTCAGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGCTGTGGTTTTCAAGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCCGTTAAGCCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGCGTACTCCAATATGCTGGTGATGTTGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCAAAGTTCACGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGTGAATTGAATGCCTTCATTAGACCAGAGAGTACTTCACCTGTTGCTTGCTCCATTAAGCGAGCTTTCATCACAGGCGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACTTGTTTGGTAGTGCTAACCTACTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCGATTTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTAGCATCACTCTGCACTTCCGCCTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTATTTGTAGTTTCATCTAGTGGTGTTAAGGACATTGTTGACAAGTGCATTAAAATTCTTGTGAAGGCTTTTGATGTTTTCACACAGACTATTACTATTGCGGGTATAGAGGCTAAGTGTTTTATCCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTCAAAATACTTGGCAAGCGACAGAAAGGTCTCGATAGTGCATTCTTTGCCACTAATTTGATTGGTGCTACTGTTAATGTGACACCACAAAGGACTGAGGCATCCTACATTAGCTTGAATAAGGTAGACGATGTTGTTACACCGGGTGAAGGTCATATTGTCATTATTGGAGGTATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCGGTCCTTGTTAATAATGTGTTTAAAGCAGCTCGTGTGCCGTCTTACAATATTGATTATGATGTTGATGATGACACCAAGAGTAAAATGGTAGTTAAAATTGGAACATCATTTGACTTCGATGGTGACCTCGATGCTGCTATTGTTAAGTTTAATGACCTACTTGTTGAATTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGACGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGCTTGTCTTAAAAACCATGTCGGTTTATGGGACATTATAAGAAGAGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACCTTCAATCACCTTAATGGATTGGAGGATATCAAGGACACAAACATTCAGGTTATCAAAGACATTTTGTGCCCTGACCTTCTACTTGAATTAGATTTTGGTGCCATCTGGTATAGATGTATGCCCATATGCTCTGACACATCTGTCTTAAGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTATTAAGGTGGTCTGTGATGGGTGTCACAGCTTGGCTAACCGTCTAACAATTAATTACAGTAAACTGTGTGATACAGCTCGTAAGGATGTTGAAATAGGCGGTATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTCATTGACATGAAAGATGCTATTTATTCTGTAGTTGAACATGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAATTAACAGTGGCACTGTCGCAACTGATGACTGGTCCGACCCTATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGACGTGATTGTCATTGCTGGATATACCTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAAAAGATGTATAACAAGATGGGCGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGACAATGTCAATGTTAAAGAGATACAGCCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAGTTTGAGTTTGACAATGAGGTTGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACTAAATACAAGTTTACAGGCACAACTTGGGATGAGTTTGAAAATGCTATCTCTGAAGAACTTGATAAGATCTTTGACACGCTTGCTGAACAAGGTGTAGAACTTGAAGGCTACTTCATTTATGACACGTGTGGTGGATTTGACATTAATAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTATGATCTTAACACATCTGTTGATGTCAAAAGTGACTCTGATGCAAGCGGGGAAGATACCTCTTCGATTTCTGATAACGAAGATGTTGAACAAATCGAAGAAGAGAATGTTTCAACTGCTGATGTAGTGGTTGCAGACGTTGAGGATTCTGTTGAACAAGTTATCCTTGCCGAGGAACTTACAAATCCCGATGCGCAACTTTCCTCAGTAGATGAAAAAGTTGAAGTTTCTGCTAAAAATGACCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCACGACTCCTTTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGCTGTTATCAGTTGCAAGCTTTTGATTTCTTTAACCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGATGATGTCATGCCTTTCGTGAACTTTTGTTATGCAGCTCTAGCTTTAAAACAGGGTGATTCGGGAGATGCAGAATACCTTTTGGAGATGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGTGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGCACTGTGTTTAAACTCACACCCCTTAAGACTGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAATTAATATGTGTAAGTTCGCTGGCGTGGAGGGTTCAGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACACCTGTGGCGCAATTCATTGTGAAACCTACCATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAATGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACGGCTGAATTTAACACCAGAATTGAACCACCTGTGCCCGCTAGGTATGAGTGTGTAGAAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGCAATCTTAACACCCTTCTATAAAGCGGGAAAAGTTTCGTTTTACCAAGGTGATTTAGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGATGTTGTGGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACGTAGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTGTTTACAGGTGGCAAGTTGACAAAACGCTCTAAAGAGTATCTTAAATCTAACAAGTCAATATCTCCTGGCAATGCCGTGCTTTTTGAAAATGTGCTTGAGCATCTTAGTGTGCTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAGCTCTGCAATGTTTACAAAGCAATTGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTCTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAGTGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAGCTACCATAGAGAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACGGAAGACAATGTGAACCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTTACTAACCAGTTGCCTAGTGTATCAGATGCTGGTGAGAAGGTTGTTAAAGCGCTTGATGTTGATTGGAACGCACATTATGGCTTTCCAAATGCAGCAGCTTTTAGTGCCAGCTCACACGGTGCTTATAAATTTGAAGTTGTAACACATAACAATTTCATTGTTCATAAGCAGACTGATAACAATTGCTGGGTTAACGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGATTTTCTCACGCGTAAAACTGCCGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGGCAACCTGGTGATGCCGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTTAAGTGATAGTGCAGTCACCATCACACATACAACTGCATGTGATAAGTGTGCAAA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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDALQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVVLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYKKLYDVFGSPFMCNGDSLNKCFGSLHFIAATLKCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGFQGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFKVHETVCTTDFEGELNAFIRPESTSPVACSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSSGVKDIVDKCIKILVKAFDVFTQTITIAGIEAKCFILGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEASYISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGGMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNIDYDVDDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIVKFNDLLVEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYLKKYKMPACLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNGLEDIKDTNIQVIKDILCPDLLLELDFGAIWYRCMPICSDTSVLSNVKIMLGNGIKVVCDGCHSLANRLTINYSKLCDTARKDVEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEHGEAFSFKTASVPVINSGTVATDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVKEIQPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWDEFENAISEELDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTSVDVKSDSDASGEDTSSISDNEDVEQIEEENVSTADVVVADVEDSVEQVILAEELTNPDAQLSSVDEKVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSTTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVNFCYAALALKQGDSGDAEYLLEMMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKTEFKYGVCGDCKQINMCKFAGVEGSGVFVHDRIEKQTPVAQFIVKPTMHAVYTGTTQNGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAEFNTRIEPPVPARYECVEEECQSPKAILTPFYKAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHVGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKSISPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLSVFVYTDQERATIENFFNGTIPVKVTEDNVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAHYGFPNAAAFSASSHGAYKFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMLSDSAVTITHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTNIRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYVCYTGLNSRGHYTYYDSRNGLMVDAEKAYHFERNLLQVTTAIASNFIANKPKENVSKNSTKEPNTARVFSEVEDTPKNIVRKEKLLAIESGTDYTITTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYIRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPLVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGKSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVLQLSYFAFLAVFGNNYVRCVLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVINFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHILFPCSNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLGNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTSYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSPKSGSGFFDVIKQLKQIFWCLVFFVTIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKDSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVDGAKLYSDLMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGNSILGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACLAIAICYGVLKFKKTFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYRYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDVLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCVVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYANELSSVRLHNFSVAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVIAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTGIVSTDAFNMLAAKTGHSVEKLLECIVRLNKGFGGCTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPAMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTLVSVILVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATAHNVVWDMTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNLLTMLISLTTKDWFVVFASYKVSYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGSQVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKTVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFISSDNNLKYVKWESNNDVIPIELEVPLRFYVDGANGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKKGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGSTIDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 607 Identity=96.03%
Cov(Q)=7.51% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4020
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
429.456369999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00011
Total prob of N-in:
0.00017
outside
1 - 1891
TMhelix
1892 - 1914
inside
1915 - 1983
TMhelix
1984 - 2006
outside
2007 - 2020
TMhelix
2021 - 2043
inside
2044 - 2403
TMhelix
2404 - 2426
outside
2427 - 2498
TMhelix
2499 - 2521
inside
2522 - 2541
TMhelix
2542 - 2561
outside
2562 - 2664
TMhelix
2665 - 2687
inside
2688 - 2699
TMhelix
2700 - 2734
outside
2735 - 2748
TMhelix
2749 - 2771
inside
2772 - 3188
TMhelix
3189 - 3211
outside
3212 - 3215
TMhelix
3216 - 3238
inside
3239 - 3244
TMhelix
3245 - 3267
outside
3268 - 3286
TMhelix
3287 - 3309
inside
3310 - 3315
TMhelix
3316 - 3338
outside
3339 - 3364
TMhelix
3365 - 3383
inside
3384 - 3395
TMhelix
3396 - 3418
outside
3419 - 4020
