Strain
Avian_MN509587
(Region: China; Strain: Avian coronavirus; Date: 2009)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,
spike protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTTTAGTGACCATTTTGTGTGCACTATGTAGTGCAAATTTGTTTGATTCTGCCAATAATTATGTGTACTACTACCAAAGTGCCTTTAGGCCTCCAAATGGATGGCATCTGCAAGGGGGTGCTTATGCAGTAGTGAATTCTACTAATTATACTAGTAATGCCGGTTCTGCAAGTGAGTGCACTGTTGGTGTTATTAAGGACGTCTATAATCAAAGTGCGGCTTCCATAGCTATGACAGCACCTCCTCAGGGTATGGCTTGGTCTAAGTCACAGTTTTGTAGTGCACACTGTAACTTTTCTGAAATTACAGTCTTTGTCACACATTGTTATAGTAGTGGTACAGGGTCTTGTCCTATAACAGGCATGATTGCACGTGGTCATATTCGTATTTCCGCAATGAAAAATGGTTCTTTATTTTATAATTCAACAATTAGTGTATCTAAATACCCTAGATTTATGTCATTTCAGTGTGTTAATAATTTAACATCTGTCTATTTGAATGGTGACCTTGTTTACACTTCTAATGAGACCACAGACGTTACATCTGCAGGTGTTTATTTTAAAGCCGGTGGACCTATAACTTATAAAATTATGAGAGAAGTTAAAGCCTTGGCTTATTTTATTAACGGTACTGCACAAGATGTTATTTTGTGTGATGACACACCTAGAGGTTTGCTAGCATGTCAATATAATACTGGCAATTTCTCAGATGGTTTCTATCCTTTTACTAATAGTAGTTTAGTTAAGCAAAGGTTTGTTGTTTATCGTGAGAATAGTGTTAATACTACTCTTACTTTAACCAACTACACTTTTTATAATGAGACTAATGCCTCACCTAATTCAGGTGGTGTCCATACTATCTCAACTTATCAAACACAAACTGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTATCATTTCTGAGTAGTTTTGTGTATAGAGAGTCTAATTTCATGTATGGGTCTTACCACCCAGCATGTAATTTTAGACTAGAAACTATTAATAATGGCTTGTGGTTTAACTCACTATCAGTCTCATTAGCTTATGGCCCTCTTCAAGGTGGGTGTAAGCAATCAGTTTTTACAGGTAGAGCTACTTGTTGTTATGCGTACTCCTACAATGGACGTCGCCAGTGTAAAGGAGTTTACAGTGGTGAGTTACAACAAAATTTTGAATGTGGGCTGTTGGTTTATCTTACTAAGAGTGATGGCTCTCGTATACAAACAGCCACAGAACCACCGGTTATAACTCAACACAATTATAATAATATTACTTTAAATACTTGTGTTGAGTACAATATATATGGTAGAGTTGGCCAAGGCTTTATAACTAATGTAACCGACTCAGCAGCTAGCTATAATTATTTAGCAGATGCTGGATTGGCAATTTTAGATACTTCAGGTGCCATAGACATTTTCGTTGTACAAGGTGAATATGGTTTCAATTATTATAAGGTTAACCCTTGTGAAGATGTTAATAATCAGTTTGTAGTGTCAGGAGGCAAGTTAGTAGGCATTCTGACTTCTCGTAATGAAACTGGTTCTCAGCCTCTTGAAAATCAGTTTTATATTAAGTTAACTAATGGAAGTCGTCGTTTTAGACGTTCTATTAGTAGTAATGTTACTAGTTGTCCATATGTTAGTTATGGCAGGTATTGCATTGAACCTGATGGTTCACTTAAACAAATAGTACCACAAGAATTACAACATTTCGTGGCACCTTTACTTAATGTTACAGAATATGTGCTCATACCTAACAGCTTTAATTTGACTGTTACAGATGAGTACATACAAACTCGTATGGATAAAGTTCAAATTAACTGCCTTCAATATGTTTGTGGGAATTCTATTGAATGCAGAAAATTGTTTCAGCAATATGGCCCTGTCTGTGACAACATATTGTCTGTAGTAAATAGTGTTGGTCAGAAAGAAGACATGGAACTTTTACACTTCTATTCTTCTACTAAACCAAAAGGTTTTGATACACCAGTTCTGAGTAATGTTAGTACTGGTGGTTTTAATATTTCACTTTTGTTAACACCACCTAGTAGTCCTAGAAGGCGTTCTTTTATAGAAGATTTGTTATTTACAAGTGTTGAAACAGTTGGGTTGCCAACTGATGCTGAATATAAAAAATGCACAGCGGGACCTTTGGGTACTCTTAAAGACCTTATCTGTGCTAGGGAATATAATGGTTTACTAGTGTTGCCTCCAATTATTACTGCGGATATGCAAACAATGTATACTGCTTCTTTAGTAGGAGCTATGGCTTTTGGTGGTATTACATCAGCTGCAGCTATACCTTTTGCTACACAGATTCAGGCAAGAATTAATCATCTTGGTATTACACAGTCTTTGTTACTGAAAAACCAAGAAAAAATTGCAGCTTCCTTTAATAAGGCCATTGGTCATATGCAGGAAGGTTTTAGAAGCACTTCGCTAGCATTACAACAGGTTCAAGACGTTGTTAATAAGCAGAGTGCTATTCTTACTGAAACTATGAATTCTCTTAATAAGAATTTTGGTGCTATTTCATCAGTAATTCAAGACATTTATGCGCAACTTGATGCAATTCAAGCAGATGCACAAGTTGACCGTCTTATTACTGGCAGACTCTCTTCTCTCTCAGTGCTAGCCTCTGCTAAGCATTCTGAGTACATCAGAGTTTCCCAACAACGTGAATTAGCCACTCAAAAAATTAATGAGTGTGTTAAATCACAATCTAATAGGTATGGTTTTTGTGGTAGTGGAAGACATGTTCTTTCGATACCACAAAATGCACCTAATGGTATAGTGTTTATACACTTTAGTTACACTCCAGAGAGTTTTGTTAATGTTACTGCAATAGTAGGTTTTTGTGTACAGCCTGCTAATGCTAGTCAGTATGCAATAGTGCCTGTTAATGGTAGAGGTATTTTTATACAAGTTAATGGTAGTTACTATATCACTGCACGTGATATGTATATGCCTAGAGACATTACTGCAGGAGATATAGTTACTCTTACTTCTTGTCAAGCAAATTATGTTAATGTAAATAAAACCGTCATTACTACATTTGTGGAAGATGACGATTTTGATTTTGATGATGAGTTGTCGAAATGGTGGAATGATACTAAGCATGAGCTACCAGACTTTGACGACTTCAATTATACAGTACCCATACTTAATATTAGTGGTGAAATTGATCATATTCAAGGTGTTATACAGGGTCTTAATGACTCCCTTATAAACCTTGAAGAACTTTCAATACTTAAAACTTATATTAAGTGGCCTTGGTATGTTTGGCTAGCCATAGGCTTTGCTATTATTATTTTTATCCTTATTTTAGGATGGGTGTTTTTCATGACAGGTTGTTGTGGTTGTTGTTGTGGATGCTTTGGTATCATTCCTCTAATGAGTAAGTGTGGTAAGAAATCATCTTATTACACGACTTTTGATAATGATGTGGTGACTGAACAATACAGACCTAAAAAGTCTGTTTAA
Protein
MLGKSLFLVTILCALCSANLFDSANNYVYYYQSAFRPPNGWHLQGGAYAVVNSTNYTSNAGSASECTVGVIKDVYNQSAASIAMTAPPQGMAWSKSQFCSAHCNFSEITVFVTHCYSSGTGSCPITGMIARGHIRISAMKNGSLFYNSTISVSKYPRFMSFQCVNNLTSVYLNGDLVYTSNETTDVTSAGVYFKAGGPITYKIMREVKALAYFINGTAQDVILCDDTPRGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSSLVKQRFVVYRENSVNTTLTLTNYTFYNETNASPNSGGVHTISTYQTQTAQSGYYNFNLSFLSSFVYRESNFMYGSYHPACNFRLETINNGLWFNSLSVSLAYGPLQGGCKQSVFTGRATCCYAYSYNGRRQCKGVYSGELQQNFECGLLVYLTKSDGSRIQTATEPPVITQHNYNNITLNTCVEYNIYGRVGQGFITNVTDSAASYNYLADAGLAILDTSGAIDIFVVQGEYGFNYYKVNPCEDVNNQFVVSGGKLVGILTSRNETGSQPLENQFYIKLTNGSRRFRRSISSNVTSCPYVSYGRYCIEPDGSLKQIVPQELQHFVAPLLNVTEYVLIPNSFNLTVTDEYIQTRMDKVQINCLQYVCGNSIECRKLFQQYGPVCDNILSVVNSVGQKEDMELLHFYSSTKPKGFDTPVLSNVSTGGFNISLLLTPPSSPRRRSFIEDLLFTSVETVGLPTDAEYKKCTAGPLGTLKDLICAREYNGLLVLPPIITADMQTMYTASLVGAMAFGGITSAAAIPFATQIQARINHLGITQSLLLKNQEKIAASFNKAIGHMQEGFRSTSLALQQVQDVVNKQSAILTETMNSLNKNFGAISSVIQDIYAQLDAIQADAQVDRLITGRLSSLSVLASAKHSEYIRVSQQRELATQKINECVKSQSNRYGFCGSGRHVLSIPQNAPNGIVFIHFSYTPESFVNVTAIVGFCVQPANASQYAIVPVNGRGIFIQVNGSYYITARDMYMPRDITAGDIVTLTSCQANYVNVNKTVITTFVEDDDFDFDDELSKWWNDTKHELPDFDDFNYTVPILNISGEIDHIQGVIQGLNDSLINLEELSILKTYIKWPWYVWLAIGFAIIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCGKKSSYYTTFDNDVVTEQYRPKKSV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score=1813 Identity=85.10%
Cov(Q)=89.87% Cov(P)=94.75%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Topology
Length:
1165
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
39.70659
Exp number, first 60 AAs:
1.54721
Total prob of N-in:
0.06923
outside
1 - 1096
TMhelix
1097 - 1119
inside
1120 - 1165
