CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Dolphin_MN690610 (Region: USA;  Strain: Bottlenose dolphin coronavirus;  Date: )
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,  spike protein
Location
MN690610(+):20450-24898
GenBank Accession
QII89047.1
 

Sequence

CDS
ATGGTAAAATTGTCATACGGGATAGTGCTAGTGTGCACTACGTTGACGATTCCCTTATTATATAATGCCGAAGAATTTTTAGATTTTGATCTTTGGCCATGTGATACCTGTTGGAATAGTAGTTTATTAGAGGAAAATAATACATATACTGCTGCAGCTTTTCATCAGTATGGTATTATACCCTTTTATTACAGTATAAATTGGACCGTCGTTATGAATTATAGTGATGGTGTTTATGATTATAAATGGGATGATGTTGCTTATAACTCTTCCAATTATTTGGCTGTTAATGTTAGTCTTGTTGGCAGGAATTGTACCGCAAATTTAAATGAGACGCTTACTGAGTATAAGGGTTTCGATTTTAAAGGTTTTCCTTTTTCCTGCCCAGACTTTAATGTTACTACGATAGACCATGGTATGTATGGTTATTTATTACAGAATGTCTTATTAGGAAGATGCACTTCCCTTTTGTGTGTAGTTGTAATACCACAGGGTAGAGTATTTTTCCAAAAAGATGAGATGTGGTGGTGGAGCTGGGGTGACCGATTAGGTATATCCTCACATTTTACACGTTTTATGGTTTTTGATAGAAATATTACCGTTATTGGTATAGCGGGTAATTTTGATTTGTATAGATTAGGACATGAAGGGTGTAAGTATATGAAAGGCCAATCCTGTCCTGGCTATGACTGGATGAATGTAACGCGCATTCCTGTAGTTGGTCAGGTGTGTCGTTGGTTTTATGCTGATCAGGATAATTTATGTAATTTAACCCGTGTTGATAATATGCCAAAAACATATTACACAGCAGAATTAGCCCGACCAGCTACTGCAAGTGTTATTGTTGATGGTGCTTATAAGCCTGTTTATACTGGTAAGTTTTTTGATGATGCATTAGGTCCTGATTTTTTCTCTAATAATATTAGGGACTGGGTTTGGATTCGTTCTTTTGATTTTAAGCATACTTATTATGATGCAGTTTATGTAGGTAGAGAAGAGAAATTTTCTCTAGATGCTGTGCAAATAATTTTTAGGTTAAAGCCAAATGCTACGTATTTGGGTTTACCCTTTTGTAATGAGACACATACAGATAAATCCAGTAGTGCCATTATTGCTTATCTTATAGGTGGTGAGTTTTATAGTGTTGATACATCTACAGTTGTTGTTGAGACCTATAACCCTTACATACCTGATCCTTCTGCTACACCCACAAGTGCATCAACTACGCAGTCTAGGACCACCATTTATGGTTGGCAAGATTTGCGTAGTTATAATATGTCTTGTGTTAGGTTTTCATATGAGTTAAAACGTGTTATGTCTGTGCCTTTATCTATGATAAGGGATGTTATTATTGATGTTAAGAAGAGAGTTTTGTCCATAGATGGTTTTCCAGTTGGATCGCTCTTGTCAGATTTTGAATTTAGGTTTAGTATTCTTGCTATGAATGATACCTATTTAGCAGGTCTTAAATATACGACAGCGCTCATTACTTTTGATAAAGGTAATGTTCGCAATGTTATTGATTGTAATAGTGATTCCGTTTTTGACAAACTCAGGTGTGATTTGCAAACTGATGTTATGTCAGATGGGTTTTATCCTGTTAATATTAAAACTAATGAAGCTGAGGAAAATGCAACTTTTATAGATGTTGAGGCTACATTAGCTAATTTGAGTTTGGAAGTTTTTGTTAGTAGTCCAAGTTATAGTCCTGCATGTTTATTAAAAAGCTATAAGTGTGTTGATACCCGTTATTTTTATTTGCAAAATTATACTTATAGTTGTGCTGATAATGGCATTAATAATGGTGCTGATGGTAAGGCATATTGTGAGGGTCGTATGGACACCTTTAATAAATTTGGTGTTAATGGCCTTGATTTTAGAGGTAAATGCCCCTTTTCAGCTAGTAAGGTGAACACAGGGCTTACTTTTGATAAGATTTGTTTTGGTGTTTATGAACAAGGTTGTCAAGCAGATAAAGTTTGTAACTTTGGGTTTTATTTTGATGATGTAGTTTTTAATCAGTATGGTAATAAAGTGTATTATAAGCGCCAAGATTTAGGCTTTATTGATTACCAATTTGGCACACTATTTAAGAATTCTTTAGTTCAACCTAATGTAATTCAGGATGGTTGCCATGATTATGATATTTATGGTTATAAAGGAACTGGTTTTGTAAAACCTTTCTTTGATTATAGCTATTTGAATATGGGAGGTCTTATAATGTTAGACAGTGGAGGATTTCCAGCTGTCTTCAGATATAACTTTGCTTTGTATGAGGTTACGCAGTGCACTAGGGAAGTTGCGCAATTAGCTGTTGCTTCCAATAATGCATTGGGTTATTATTTGCCTAAACAAGTTAATATTGAAGGCTTGACTGATACTGCTGATTGTAATGTCACAGGTGCTTTCAAGTATTGTTCATATGGTTCTATTCAAGCAGCTTTGGTTGAAGAAGTCCAAATTAATGTGTGTAACCCTTCTCTTATGATGGAAAATTCACACTGTATTAATTTAAAAGGCTCATTTATGGTTAATGAACCCAGTGTTACATTAAATTCAACTACTTACCAGCCCCTTTTAGGAGTGTCTGGAGAAGTTGTTTTACCTCGTACTTTAATGCTACATACGACTACTGAGTTTATCCAAACCCATAGTCCTAAGATTGTTATAGATTGCAATAAATACGTGTGCGGTAGTTCTGAGAGATGCAGGCGTATACTTATTAAGTATGGTGGCTTTTGTGAAAGCATCATACGGTTACTTAATGGCGTTAACATGGCAGATGATGTCAGTGCTACCGATTTTCTTGATAATTTTAATAGTTTTGATAATATCTCTATTTCTTTACAGAGTCTAAATGAGAGCTTTGGTTCTTTTGATGGTTATGGCTTTCAGAAGTTTTTACCTAAGTCTTTTGAGTTTGGCAGTGGTGATCCCCGACAATCGCGGTCAACCATAGAAGATTTATTGTTTGATAAGGTTACTACTGTTGGTCTTGGCACTGTTGATGCAGACTATGACAAGTGTACCAAAGGATTGTCGGTAGCGGATTTAGTGTGCGCTCAGTATTATAATGGAATTATGGTTTTACCTGGTGTAGCAGATGCGGAGAAGATGGCAATGTACACTGGTGCATTAGTAGGTGGTATGGCATTAGGTGGCATAACTGCTGCCGCATCTATACCTTTTGCAACTCAAATACAAGCTCGTGTCAATTATCTTGCGCTTACCCAGAATGCTATTCAGGAAAATCAAAAGATAATTGTCCAGCAGTTTAATAGGGCTATTGACTCTATGACTTCTGCATTTGAAAGCGTTAATCAAGGCTTCAGTGCAGTGTCTAGTGCAATAACTGGGATTCAGAACACGGTGAACGCTCAGTCACAGGCGTTGACTAAGTTGTTAGGTCAATTAAATTATAATTTTGGTGCAACGACTAGCTCGATTAAAGAACTTTATGAGAGACTAGCCCAGTTGGAAGCTGATATCCAAGTGGATAGATTAATAAATGGTAGATTAACTGCTTTATCTGCATTTGTGGCGGCCAGGCAAGTTGAGGCTTCCAAGGTAGCGTCACAACGTGTTTTAGCAGCTGAGAAGATTAATGAGTGTGTTAAAAGTACATCTAACAGATATGGTTTCTGTGGTAATGGTACACATATTATCAGCTTCCCGCAGAATGCCCCTAATGGTATGTTGTTTGTACATTTTTCACTGGTACCTAATGAGACTATTACCGTTTATGGTATTATTGGTCTCTGTTTGAATAATTCTATCGGCATTGTACCTGCAAAGGATAGAGGTATATTTATTAAATGCAGTAATGGTAGTTACTGCCCTGAATTTGAGAATAGTTTTAATATGACTAAAGAGGGCAATGTGACTTTTCCCTTTGCCATAACTAGTAGAGAGCAGTATAACCCGCGTCAAATTACGACGGGAGATATACAGATGCTTACTTCCTGTAACTCTAGTTACACACATATAGAGTGGAGTCAGCTACCTTTAGTTGCACCACCCTATAAAGATTTTGATCAGGAGTTTGAAGAATTGTATGAAAAATGGAACTATACATTGGAGGAGTTGGAGAAGTTAAATGTTACTTTTCCATACCTTAATGTTAGTGATCAGATAGATATTATTAATGGTGCCATGGAAAATATTAGGAATCAGATTCAGAATTTGAATAGTTCCTATATTGACCTTGAATGGCTTAATAAGTATGAGAGATATTCTAAGTGGCCATGGTGGGTGTGGCTAATAATAGCACTGTGCTTTGCTGCATTTTGCCTATTAGTCTTTTGGATATTTATTTGTACTGGGTGTTGTGGCGGTTGTTGCAATTGTTGCGGTATACCTGCCCTCTTCGGCTATTGTAAGCGGAAAGCCCACTATGAAAGATTGAGAATGGATGAGGAAGGCAACCTAGAAGAAATAAAAGCAGACTAG
Protein
MVKLSYGIVLVCTTLTIPLLYNAEEFLDFDLWPCDTCWNSSLLEENNTYTAAAFHQYGIIPFYYSINWTVVMNYSDGVYDYKWDDVAYNSSNYLAVNVSLVGRNCTANLNETLTEYKGFDFKGFPFSCPDFNVTTIDHGMYGYLLQNVLLGRCTSLLCVVVIPQGRVFFQKDEMWWWSWGDRLGISSHFTRFMVFDRNITVIGIAGNFDLYRLGHEGCKYMKGQSCPGYDWMNVTRIPVVGQVCRWFYADQDNLCNLTRVDNMPKTYYTAELARPATASVIVDGAYKPVYTGKFFDDALGPDFFSNNIRDWVWIRSFDFKHTYYDAVYVGREEKFSLDAVQIIFRLKPNATYLGLPFCNETHTDKSSSAIIAYLIGGEFYSVDTSTVVVETYNPYIPDPSATPTSASTTQSRTTIYGWQDLRSYNMSCVRFSYELKRVMSVPLSMIRDVIIDVKKRVLSIDGFPVGSLLSDFEFRFSILAMNDTYLAGLKYTTALITFDKGNVRNVIDCNSDSVFDKLRCDLQTDVMSDGFYPVNIKTNEAEENATFIDVEATLANLSLEVFVSSPSYSPACLLKSYKCVDTRYFYLQNYTYSCADNGINNGADGKAYCEGRMDTFNKFGVNGLDFRGKCPFSASKVNTGLTFDKICFGVYEQGCQADKVCNFGFYFDDVVFNQYGNKVYYKRQDLGFIDYQFGTLFKNSLVQPNVIQDGCHDYDIYGYKGTGFVKPFFDYSYLNMGGLIMLDSGGFPAVFRYNFALYEVTQCTREVAQLAVASNNALGYYLPKQVNIEGLTDTADCNVTGAFKYCSYGSIQAALVEEVQINVCNPSLMMENSHCINLKGSFMVNEPSVTLNSTTYQPLLGVSGEVVLPRTLMLHTTTEFIQTHSPKIVIDCNKYVCGSSERCRRILIKYGGFCESIIRLLNGVNMADDVSATDFLDNFNSFDNISISLQSLNESFGSFDGYGFQKFLPKSFEFGSGDPRQSRSTIEDLLFDKVTTVGLGTVDADYDKCTKGLSVADLVCAQYYNGIMVLPGVADAEKMAMYTGALVGGMALGGITAAASIPFATQIQARVNYLALTQNAIQENQKIIVQQFNRAIDSMTSAFESVNQGFSAVSSAITGIQNTVNAQSQALTKLLGQLNYNFGATTSSIKELYERLAQLEADIQVDRLINGRLTALSAFVAARQVEASKVASQRVLAAEKINECVKSTSNRYGFCGNGTHIISFPQNAPNGMLFVHFSLVPNETITVYGIIGLCLNNSIGIVPAKDRGIFIKCSNGSYCPEFENSFNMTKEGNVTFPFAITSREQYNPRQITTGDIQMLTSCNSSYTHIEWSQLPLVAPPYKDFDQEFEELYEKWNYTLEELEKLNVTFPYLNVSDQIDIINGAMENIRNQIQNLNSSYIDLEWLNKYERYSKWPWWVWLIIALCFAAFCLLVFWIFICTGCCGGCCNCCGIPALFGYCKRKAHYERLRMDEEGNLEEIKAD

Summary

Uniprot
V5TEW2  
Pubmed
24227844   
EMBL
KF793826    AHB63508.1   
Proteomes
UP000126730   
Pfam
PF01601   Corona_S2
PF01600   Corona_S1
Interpro
IPR002552   Corona_S2
IPR002551   Corona_S1
ProteinModelPortal
V5TEW2  
PDB
6U7H     E-value=1e-134     Score= 446     Identity=33.06%     Cov(Q)=66.13%     Cov(P)=84.56%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope

Subcellular Location

From MSLVP

Topology

Length:
1482
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
62.2979800000001
Exp number, first 60 AAs:
10.53769
Total prob of N-in:
0.41657
POSSIBLE N-term signal
sequence
outside
1  -  1415
TMhelix
1416  -  1438
inside
1439  -  1482
 
 
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