Strain
Pangolin_MT040335
(Region: China; Strain: Pangolin coronavirus; Date: 2017)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTCTTCAGGTTCGCGACGTGCTAGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGCTCTATCAGAGGCACGTCAACATCTTCTTGACGGCACTTGTGGCATAATCGATGTTGAAAAGGGAGTACTCCCCCAACTCGAACAGCCCTATGTGTTTGTCAAACGTTCTGATGCCCGAACTGCTCCTCACGGCCATGTAATGGTTGAATTGGTGGCAGAACTCGATGGTGTTCAGTACGGTCGTAGCGGTGAGACTCTTGGTGTTCTTGTACCACATGTTGGTGAAACACCTGTTGCTTATCGCAAAATTCTTCTCCGTAAGAATGGTAATAAGGGAGCCGGTGGTCATAGTTTCGGCATCGATCTAAAGTCTTATGACTTAGGTGACGAGCTTGGCACTGATCCCATTGATGACTTTCAAGTCAACTGGAACACTAAACATGGCAGTGGTGTAACTCGTGAGCTCATGCGTGAGCTTAATGGGGGCGCATACACTCGCTATGTAGACAATAACTTCTGTGGCCCTGACGGCTACCCTCTTGAGTGCATCAAAGACTTATTAGCTCGTGCTGGAAAGTCTTCTTGCTCTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAAAGAGGTGTGTACTGCTGCCGTGAACATGAACATGAAATTGTTTGGTACACGGAACGCTCCGACAAGAGCTACGAATTACAGACACCTTTTGAAATCAAATTGGCAAAGAAATTTGACAATTTCACAGGGGAATGTCCAAACTTTGTCTTCCCACTAAATTCTACAATCAAGACCATTCAACCACGTGTTGAAAAGAAAAAGCTTGAGGGTTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCTGTTGCATCACCAAATGAATGCAACCCAATGCACCTTTCGACGCTTATGAAGTGTGAACATTGTAGTGAAACTTCATGGCAAACTGGTGACTTCCTTAAAGCCACTTGTGAATTTTGTGGTACTGAAAATCAAGTCAAAGAAGGACCTACCACTTGTGGTTACCTTCCTCAAAATGCTGTAGTAAAAATTTTTTGTCCAGCATGTCATAATCCAGAAATGGGACCTGAGCACAGTCTCGCAGAATACCATAATGAATCTGGTATTAAAACCACTCTTCGTAAAGGTGGTCGTACCAAAGCATTTGGAGGATGTGTGTTCTCTTATGTGGGCTGTCACAACAAGTGTGCCTATTGGGTGCCTCGTGCTGCTGCTAACGTAGGATGTAACCACACAGGAGTTGTGGGAGAAGGTTCTGAAAGTCTCAATGATAACCTTCTTGAAATACTTACTAAGGAGAAAGTCAACATTAACATTGTTGGTGACTTTAAACTGACTGAAGAGATCGCCATAATCTTGGCATCTTTTTCTGCATCCACGAGTGCTTTCGTGGAAACTGTGAAGGGCTTGGATTACAAGTCTTTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAACTTTAAAGTAACCAAGGGAAAATTCAAGAAGAATGCTTGGAATATTGGTGAACCAAAGTCCATACTGAGCCCTCTGTATGCATTTCCCTCAGAAGCTGCTCGTGTGGTACGTTCCATTTTTTCACGCACTCTTGAAACTGCTCAACACTCTGTGCGTGTCTTGCAAAAGGCCGCTATTACAATTCTGGACGGAATTTCACAGTACTCACTCAGATTGATTGATGCTATGTTGTTCACGTCTGAACTTACAACAGACAGTATCGTAGTGATGGCATACGTCACAGGTGGTGTTGTACAAATGACTACACAATGGCTTACCAATATTTTTGGTACTGTGTATGAAAAATTGAAACCTATTCTTGACTGGCTTGAAGAGAAGTTCAAGGAAGGGATAGAGTTTCTTAAGGACGGTTGGGAGATTGTAAAATTCATCACAACCTGTTCTTGTGAAATCATTGGTGGACAGCTTGTAGCATTCACCACTGAACTTAAAGACAGTGTGAAGAAATTTTTCAAACTGGTTAACAAATTTCTTGCTCTTTGTGCTGATTCCATCGTCATTGGTGGTGCAAAACTTAAAGCTTTGAATTTGGGAGAAACCTTTGTCGCACACTCCAGAGGACTCTACAAAAAGTGTGTGAAATCCAGAGGAGACTCTGGTTTACTCATGCCTCTAAAAGCACCAAAAGAAGTTATCTTCCTTGATGGAGAAACTTTGCCTACAGAGGTACTTTCAGAAGAAGTAATACTAAAAACTGGTGAATTACAACCACTTGAGGAACCAACTGCACAGGCAGTTGAAGTACCACTCGTAGGTACACCAGTTTGCATTAATGGATTAATGCTGCTTGAAATTAAAGATACTGAAAAGTATTGTGCTCTTGCACCTAACATGATGGTCACTAATAATACCTTCACTCTAAAAGGTGGTGCACCAACCAAAGTCACATTTGGTGATGACACAGTCATTGAAGTCCAAGGCTACAAGAATGTGAATATCACATTTGAATTGGATGAACGAGTAGATAAAGTACTCAACGAAAAGTGCTCTAACTACACTGTAGAACTTGGAACCAACATAGATGAATTGGCTTGTGTTGTAGCTGAGGCAGTAATAAAGACTTTGCAACCTGTTTCAGAATTACTTACACCGCTAGGCATTGACTTAGACGAGTGGGGTGTTGCAACCTATTACTTGTTTGACGAGTCTGGTGAGTATACTTTGTCTTCACGTATGTATTGTTCATTCTATCCTCCAGATGAGGATTATGAAGAAGAATACAGCGAAGAGGAACAACCTGAACAACCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAATCTGATTACAAAGGTTTGCCTTTGGAATTTGGTGCATCTTCTGTACAACAACAGGAAGAACAAGAAGAAGATTGGTTAGAAACTGAAGCTGAAGTGGTGGAACAAGAAGTTACACCAACTGAGCAAGAGGAAGAGCTACCAATCACTGAAATTGTTCCTGCAGTGGAACAAACTACAATTGTAGAGCTAGAATGTGATAATTTCACTGGTTATTTAAAACTCACTGATAATGTTTCCATTAAAAATGTGGATATTGTAAGTGAGGCTAAAAATGTAAAACCTACAATAGTGGTTAATGCTGCTAATGTACACCTAAAACATGGTGGTGGTGTTGCTGGTGCTCTTAACAAAGCTACTAACAACGCTATGCAAATTGAGTCTGATGACTACATTGCCAGAAATGGACCACTAAACGTGGGTGGTAGTTGTCTTCTAAATGGACACAATTTGGCTAAAAACTGCCTTCATGTTGTTGGTCCTAATCTCAACAAGGGTGAAGACATTCAATTACTTAAAGTTGCCTATGAAAATTTCAATCATCATGAAAAATTACTTGCACCACTTCTCTCAGCAGGCATCTTTGGTGCACAACCAATACAGTCTTTGAAGGTGTGTATTGAAACAGTACGCACACAAGTCTTTTTAGCTGTCTTTGACAAGGACCTCTATGAAGAACTTGTAGCTAGCTTTTTAGAAATGAAAAGTGAGACTAAAGTACAAGATCACTTTGACGTCGTTGAGACTAAGGTTGAAATTACACCTGAAGAATCTGCTTCAAGTGAGAAACCTACCAAGGAAGAGCCTAAAAAGGTGAAACCTTGTATTGAAGAAGTTACAACTACTCTAGAAGAAACTAAGTTTCTTACAGAAAACTTGTTACTGTATGCAGACATTAATGGTAATCTGTATCCAGATTCAACCAGTCTTGTGGAAAATGTTGATGTCACCTTCCTTAAAAAGGATGCTCCTTATATAGTAGGTGACATAATTACTAGTGGTAATTTAACAACCGTTGTCATACCAACAAAGAAAGCAGGTGGTACTACAGAAATGCTTGCAAAGGCATTGCGTAAAGTACCTACTGACCATTATATAACCACCTACCCCGGACAGGGTTGCGTTGGTTATACAATTGAGGAAGCAAAAACAGCTCTTAAGAAGAGTAAGAGTGCTTATTATGTATTACCCTCTATAATTCCAAATAAGAAAGAAGAAATTCTTGGTACTGTTTCTTGGAACTTGCGTGAAATGCTTACGCATGCTGAAGAAACACGTAAATTAATGCCTATTTGCATGGATACAAAGGCTATAATGTCTACTGTGCAAAGGAAGTATAAGGGTATTAAGATACAGGAGGGAGTCGTGGACTACGGTGTAAGGTTTTACTTCTATACTAGTAAAACACCTGTAGCTACACTTATTGCAACTCTTAATTCATTAGGAGAAACCTTGGTCACAATGCCTTTGGGTTATGTGACACATGGTTTAAATTTAGAAGAGGCTGCTAGGTATATGAGATCACTCAAAGTACCCGCAACCGTTTCTGTTTCTTCACCAGATGCTGTTACAGCATATAATGGTTACCTTACTTCCTCTTCAAAGACTCCTGAAGAGCATTTCATAGAAACCATCTCACTAGCTGGTTCATATAAAGACTGGTCCTATTCAGGACAGGCTACTGAATTAGGTATTGAATTTCTTAAAAGAGGTGACAAAGTTGTCTACCACACAACTAGTAAACCAATCACTTTCCACATGGATGGTGAGGTTATCAACATTGACAGTCTTAAGACACTCCTAGCTCTTAGGGAAGTTAAGACCATTAAGGTGTTTACCACAGTTGACAACATTAATCTTCACACTCAAGTTGTGGACATGTCTATGACTTATGGACAACAGTTTGGTCCAACCTACTTGGACGGAGCTGACGTTACAAAGATTAAACCTCATGCATCTCATGACAGCAAGACATTTTATGTGTTGCCTAATGATGATACACTACGCAGTGAGGCTTTTGAGTACTATCACACAACTGATGAAAGTTTTCTAGGTAGATACATGTCAGCATTAAATCATACTAAGAAATGGAAATTTCCACAGGTTAATGGTTTAACATCCATTAAATGGGCAGATAACAATTGTTA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Pfam
Interpro
IPR021590
NSP1
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR024358 SARS-CoV_Nsp3_N
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR038166 Nsp3_PL2pro_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR022733 Nsp3_PL2pro
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR038030 NSP1_sf
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR042570 NAR_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR032592 NAR_dom
IPR024375 Nsp3_coronavir
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score=1935 Identity=97.85%
Cov(Q)=13.15% Cov(P)=98.94%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7088
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
354.044129999996
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00001
outside
1 - 2218
TMhelix
2219 - 2241
inside
2242 - 2328
TMhelix
2329 - 2351
outside
2352 - 2355
TMhelix
2356 - 2378
inside
2379 - 2760
TMhelix
2761 - 2783
outside
2784 - 3034
TMhelix
3035 - 3057
inside
3058 - 3068
TMhelix
3069 - 3103
outside
3104 - 3117
TMhelix
3118 - 3140
inside
3141 - 3572
TMhelix
3573 - 3592
outside
3593 - 3601
TMhelix
3602 - 3621
inside
3622 - 3627
TMhelix
3628 - 3650
outside
3651 - 3673
TMhelix
3674 - 3693
inside
3694 - 3712
TMhelix
3713 - 3732
outside
3733 - 3741
TMhelix
3742 - 3764
inside
3765 - 3770
TMhelix
3771 - 3793
outside
3794 - 7088
