Strain
Bat_NC_010437
(Region: Hong Kong; Strain: Bat coronavirus 1A, complete genome.; Date: 2005)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCGTCCAACCTTGTGACATTGGCCTTTGCCAGTGATTCGGAGATTTCTGCAGAGGGTTTCTGTGATGTTAGTTCTGCCGTCTACGCTTTTAGCGTGTCCGCAGCTAACGGTTTCACAGATTGCCGTTTTGTAGCCCAAGGCTTAGAACATTGCCTTGTTGGTATTGAAGCTGATGACTACGTCCTGTGTGTAACAGGCGATGTTCAGCTTAAGGCATATATTGCCAAATTCTCGGACCGTCCTCTAAACCTTCGTGGTTGGATCGTCCGTTCTAATTCAAATTACTTTCTTGAAACCATGGATCTGGTTTTTGGCTGTGGTGGTGGCACTTCAATTCCAGTAGATAACTACATGTGTGGTGCCAACGGTAAGCCAGTTTTACCAGAAGATATGTGGTGCTTTTGCGACTATTTTGGTGATGATGGAGATAACATCACTGTAAATGGTCAAGCCTATCATAAGGCATGGAATGTCACTCGTGGTGATGTCCCATACCAGTTTCAGAATGCTAGCACTATTCTTAGCATTGAGTACCTTGCAGACGAAAAACATGTGCTGCCTGATGGTGCTGTTGCTAAGTCTGCTAAACCACCTAAGTTCTCTAAGAACATTGTTCTTTCAGAGAAATACAAAGCACTTTATGATGCTTGTGGCAATCCATTTGTCACTAATGGCACCAATGTCCTTGAGGTTGTAACCAACCCCATTTTTGCGCATGGTTTTGTGCAGTGTAAATGTGGGTCTAAACATTGGACTACTGGTGACTGGGCTGGTTTCAAATCAGTGTGCTGTGGCATACCAGGACGTGTCTTATGCACAGTCTTTGGTGGTGTTGCACCTGGTTCAGTTCTTCTGACATCAACTCGTGTTGATGCCAGCCCTGGTGCTACACGCTACTATCATGGTCTTACACTCAAACACATTTGCAATGTGGATGGTGTTGCATGCTGGCGTGTCACTAAAGTGCAGGGTGTCGAATGTTTTGTAGCTAGTGGTTCTATTGAGGACTGTGTTGGCTCCACTTTCGATACTTGTACATATGACAATTACACTTCATTTGCGAAGGCCTTTAAGTGTGGCATGCTAACTGGCAGCTTTTCTGACAATGTTGTTGCCAGTGTCATTAATGGCACACTTGATGTTGGTCTTGCAGTGCTGGATGTAACTACAGCTGTTACCAAGCCATGGTTTGTGCTGAAGTGTGGTTCACTTCTTGAATCTGCTTGGGATGCACTCATAATGGCCATTAAACAGTTACCTGTTATGGCTAGTGATGTGCTGAAGTTCTTTAACAACCTCACTCAAGTGCTGATTGTTGTTAGAAATGGTGTCATTGACATCATTCATTCTGTGCCAGAGGCTTTTAAGAGCGCCTTTGAGATCTTTAAAGACCTTGTTACAGGTGTGTTTGATCTTGTTGTTGATCACTTTAAGATCGCCAACAAAAAATTCAAGCGTGCTGGTGATTACATCCTTTTTGAAAACGCACTCGCTTGTCTTGTCAGTGGTAAGATTAAGGGTGTTAAACAAGCAGGTCTTAAAAAGCTTCTGTATGCTAAGGCTATTGTTGGTGCTACGGTTAAAGTTACTGTTAATCGTATTGAAAGTGCAACTGTCAAACTCGTTGAGTGTAAGCCATCTAACTTTGTTAAGAAAGGCAGTGCTGTTGTTATTAACAACATTGCATTTTTCCACAGTGATGGTGTTTACAGACTGATGAGTGACAGTGATGAGGTCTATGAAGACATTGCTTTTACTGCTGAAAGTGTGTCCACAGTTAAGAAACCAGTCTTTGATTGTACCAAACCAGTTGACTTTCCTGACATCAGTAGTACTGATGTTGAAGTACTGGTTCGCGAGGTCAGAGCTACTCTTGGTAAATTCTCCAGAGTCTACGACAAGTATAACTGTGTTGTCAAAGATGGAAAATGTGTTGTCACACATAGGTATGTCTTCAATGCACCTAGCTTTGTTGAAGACAAGGCTATATTTGTTGACCTCTGTAAGGATTATGTCGCAGATGTTGGCTTTGAGGCATTTTATGCTAATGCCATTGTTGCCAATAACTCTGATGAGTTTAATCCAGTTTACTCAGCTTTTGAGGTTTTCAAAACCAAAGTTGAGTGCCCTGAAGAATTTATGAATATTGATGGCGGTTCTATTTTTGGAACTTTCATCAATACAGTTAATGATGCTGTGAACTTTGTCAAATCGTTGAAGATAACGGTAACAGCTACTGAAGTCATGATCAACACTGTTAAGCGTTTCAAACGCTTTGCCAGTGCCCTTGCTAAGCTATATAGTGAGTTCATGAACACTGTCAAGAATATCATTTCTATCGGCAGTATCAAATGTTACCACTATGGCTTTGTGAAACCTGTTCTAGTGATCAAAGATATCTTTTACCGCATCTATGATGCTGCTGTAGACACATTCAATGTCGCTGTTGAAGCAGGTCTAAACACAGTTAAGACTTTCAGTGGTGGTGAAAATCCTATCACTTTCTCACGTGTTGAAGTTGCTAGTGTCGAGCTTGAACATGCTGAATATGTCAAGCCCGAAGCTAATGGTCATGTCAGTGTTATCAATGGACACACATTCTATACATGTGGTGACTATTACTACCCTTGTGACCAGAATAATTGCTTCTCACAGTGCTTTAAGAAGGTTGGTGGATCTGCTGTTACATTTTCTGAAAAAGTTGCTGTCAAACAAATTGACCCTGTTTACAAAGTAAAGCTCGTCTTCGAGTTTGAAGATGACACTATCAGTAGTGTTTGTAAGCAGGCAATTGGTAAATACATCTCTTTTGAAGGCAATGACTGGTCCAGCTTTGAGGAAACTATTCATAACGCTATGAATGTTGTTGGTGAATTCGTAGACCTACCTGATTACTTCATCTATGATGAAGAAGGTGGTCATGACTTAACTAACACTGTTATGATTTCTCAATGGCCAGTGTTTGATCCATCAGCACTACAACTTTTAGTTGCTGACTTGGGTGTCAACTGTGATTTCAATGGTAAGTCTTCCATTGAAGAATGCTTGACTTCTGTCTCTGACACTGTTCTTTGCGTGTCATTGGAAAAGTCATGTGACTGTGGCACCTTCAATGCTATAATGGAAGGGTTTGCACTTGATTTCAAACCATGCACTGATAGTGATGTCTGTGATAACTGTGGTGGTTTTTGTACTACTACTGTTTTGAGCATGACTGGTACTGGTTTTGTGCGTTCTTGTGATGAACCATTAATGCCTTTCAATGTTACATTTGAAGGTTATGGTGTTTACAAGAACGTTTGTTTTGTTAATGACACAGTGTTACCTCCTCCTTTTGATGAAGAGATCACACCTATTGAGGAAGACCTAGTAGTAGAAGATGTCATCACAGCTGATGAAGTTGTTGATGTTGAAACTACTGCACAAGTAGAAGAAGTGACTGTTGTTTCAGCTATCGAAGAGGACATTATCAAACCTGAAGAGGTTATTGATGTCTCTTCTGACATTGAAGCTGTTAATCATGCACTTTCCTTCATGAAACCTACAGAAACGAAGTTTGTAGACCCATTCAAGTTTGATTATTATGATCATGAGGGCATTCGTGTACTCAGACAGAATAATAACAATTGTTGGGTCGCTTCTACTTTGGTACAATTGCAACTTTCATGCTTGTTGGATGATGATGACACTATGGCTCTTTTTAAGGCTGGTAGTGTGTCACCATTAGTTCGCAAGTGCTATGATGCAGTTGGAGCTATTGTGGGTAGTCTAGGTGATGCATCTCATTGTTTAGAAGTTCTTTTAAAAGACCTGCATACCATGTTTATCACTTGTGATGCCACTTGTGGTTGTGGTAGCAGTAATTATGAACTTACTGGTTCTGTTTTTAGATTTATGCCTACCAGAGATAGTTTTAGTTATGGTGCTTGTGGTGTTTGTGGTAAAACACTCAAGCTTAAGATTAGAACTATGACTGGTACTGGCTTCTTTTGTCAGGACCCAAAACCTTTTAATACTGCACGTGCTATTGTAAAGCCAGTTTGTGCTAGTATTTATCAGGGTTCTACTACTAGTGGACACTATAAAACCAATGTCTTTGGCAAAAGATTTTGCGTTGATGGTTCTGGTGTTAGCAGCATTTCTAATGGCCATATTAACACGATTCTTTTGAAGGATTGTAACTATGGCATTTCTGCTATTGCTGAACCTAAGCAAGAAAAAGTTGAGCAATTTGTCACACCTGAAGATGTTGGACAAGTTGTCAAACAAAAACCTAAGCCTTTCACTATTTATCGCAATATTGAATTCTACCAAGGCGATGTTTCTGAATTAGTTGGTCTTGACTTTGACTTTATTGTCAATGCAGCCAATGAGAATCTTAAGCATGCTGGTGGAGTTGCAGCTGCGATCGACAAGCTTACTGGCAATGAATTGCAGAGTTTGTCAAATAAGTATGTAAAGACAAATGGTAAAGTCAAAGTTGGTTCTAGTGCCATGATACGTTGTAAGAAATACAGCGTACTTAATGTTGTAGGACCTAGAAAAGGTAAACATGCACCTGATCTTTTGGAAAAGTGTTATAGAACCATTCTTAAAGAGCAAGGTGTTCCTCTCACGCCTCTTATTAGTGTTGGTATATTTGGTATACCTCTTGCAACATCTTTCAATGCTCTATTGAACACGTCCAGTGGTAGAACGGTTAGATGCTTTTGCTACACTGATAAAGAGTGTAATGAGATTAAAACACTTGTTGCTTCGCTTAATGAAGAACAAGTTGCAGCTACTGTTGAAGAAACAGTTGTAGCTGAAGAAAAGCCTATTGCTGACTTAGAAACAGCTGTTGAAAGACCTGCTGAAGAAAAGTCAGTTGAAGCTGAGAAAATAGCTACCGAGGAGGTTAAAGAACCTTTGGTAGCCGAGAAAGTCATTGTTGAGGTAAATGAACCTGTTTTAAAGGTTGCTGGTGTGTCTTATTATAATATTGAAGACAGTTTTGC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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5GWZ
E-value=7e-147 Score= 459 Identity=70.53%
Cov(Q)=7.08% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4268
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
390.17964
Exp number, first 60 AAs:
0.00251
Total prob of N-in:
0.00054
outside
1 - 2119
TMhelix
2120 - 2139
inside
2140 - 2182
TMhelix
2183 - 2205
outside
2206 - 2267
TMhelix
2268 - 2290
inside
2291 - 2678
TMhelix
2679 - 2701
outside
2702 - 2932
TMhelix
2933 - 2955
inside
2956 - 2961
TMhelix
2962 - 2984
outside
2985 - 2987
TMhelix
2988 - 3010
inside
3011 - 3016
TMhelix
3017 - 3039
outside
3040 - 3344
TMhelix
3345 - 3367
inside
3368 - 3454
TMhelix
3455 - 3477
outside
3478 - 3486
TMhelix
3487 - 3506
inside
3507 - 3512
TMhelix
3513 - 3535
outside
3536 - 3549
TMhelix
3550 - 3572
inside
3573 - 3584
TMhelix
3585 - 3607
outside
3608 - 3616
TMhelix
3617 - 3634
inside
3635 - 3646
TMhelix
3647 - 3669
outside
3670 - 4268
