Strain
Avian_NC_011550
(Region: Hong Kong; Strain: Munia coronavirus HKU13-3514, complete genome.; Date: 7-Apr)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCAAGAACAAGGAGAAGCGCAGTCCCATTGTACTGCCTGAATTAGTGCCTCCTCCACTGCAGCTTTTTATATCTGTTGCTGCTTGCGAGGAAGGACATCCCAACAATACTACCTACTTGGCTAACTATAACTTGTACACCACCAAGGCTCCGCCAGGTGTGCAGGTTATTAAGCCTGGTATATCACTTACTGACTTTGAGGCTATTTTTGGATCGCAACCCACTTTGCGTGCCATACGCAATTTGGTTTGTGAGCGCAACGCTAGTTGGGCTAATTCCAAGGATGATTTTTACCTCAAGGCCAAAACTTTGACCTTTTCTGATCCTGTGTTGCGGGCCATAATTCGCTATGCTCCGCCTAGGATTTCATCACTTGCAGCATTGGCTCTGTTTGACCGGCTGGTTAAAATAGAGTATGATGAACTTAAGAAGATTGCCCTAGATGCAGCTGTTGTACTTGCATACGAAGGCAAGATTACCACAACCCTTGCAGATGCAAAGAGTGTTGTGCTTACTCATAAGGACTCCTACTTAACGTTATCCAATGATGTTGTAGGAGCCAAATTTACTTCTGTCCTGCTTGCGCAGGCCAGTCCAGCTAATGCGGCTATGCGGTTCTTAAACTTTTACCTTTATCCTTCGGCAACGGCTGTTGAGAAGGACGGTAAAATGCAACCCGTAGCCTGCAAGCCTATCCCTGCAAATGCTAAAGGAAAACCAATTCAAGAGGACTGCCACCTGATTCCAGACTACCAGCAACTTGTTGTTAGTCAGGTTGAAGGTGTTGATTCCATTGTTGATGGGGTTCTCTACCTTAAGACTAGCTCAGTACCACCCATTTACTATCCTCGTGTAAAGGGCGGTGCCTTGCTTATACCACTTAAACCACAGGGCACTTCATCAAAGAAGCTTAACGTGGTTTTTCATACTGAACCATCTGATGTTTTGATGGCTTTTGTACAAATGCAACAATTTCTCAGTCGCACTGAGCAATCCTGGATTGAAGTGACTGATGCCCAGACCTATGATGTTTCTCCTACCGTAACTGTACGTGTGGGGGTGTCTAAACCTGGAGATGTTGTTGTGTCAACTGAAGAGGAATACCTCAATTGTTTTAATGACCCTGACGTGAAAGAGCTTTATAAGCTTTTTCGCACTGAGTCATGGGCCAAACTTGAACGGAAATTTGCGGGTCTGAGGGTTCGCATTTCGTCCGCTTTATCCAACTTTATAAGCTTTTTGCATGCAATTGCAGATCGCTTTAAACCATTGTATGATGTCATTCATGCAGTTATCTATAAGCTTCAGTGCTTATCTTTGGATGCTGCTGCGCGCATAGCGAGTGTTAAGCTTGTCTATCGCGCTGGCAAACTTATAGTTGACGCTGCATCCTTTGTGGCATCAGCTATACAACCATTATGTGACTTCTTCTTACCCTTTCTGAAGAAAGTCGCTGATTATGCAACTTATGCAGCTGGTAATTACATGTTGATGTTTACTAGCGCAGGTACTTTTGTGTTAAAGAAAGCCCCAGCAAAGATAATTAATAAGGTTAAGTACATCTTTGATGTTAACCCTGATTATCCTGTTGAGGCAACAACCAACAAAGTAGTAACACATGATTCGCTCGCAATAACAGATGCCACTCCTACTAGGGCTCTAGAGGCTGTTGACGTTGTTGTAGGCTCTACAGTGTTACAAATGGCAACAGATGGCACTTCTTACTTTCCTTCGGATGGTAACAGTGCTTCTTTACCTGGATTTCGAGCAGGCGCAGATCACCTTACTGTGAGTTTTGTCTGTGACCTTTTTGATGATCCAACAAATCAGGCTATTAATGAGCTTTTAGCTGGTTATGAGCTTAACAATTTAGTGGCACCAAGCGACTCAACTCCAAGGGACATTGCTCGCCTTGTTGTTGATGCTCTTGTTGACGCTCTAACAGACCACTTCCCAGAGAGGGTCATGGACTTACCGGAAGACTACCAAGTCTTCTCTAGTCATGATGACCTACCTCTGGCAACACACCATATTCCCGACCATCTCACTCTCTATGTTCAAGCTATGGAGAGTGAGGATGACTGTGAAGATGAACTTTATGTGGAGGATGATGACTACTGTGATCAGCCTGCCACAAACTTCGATGATGAAGAAGGACCTATTCCTCAGCAATGGGACCTTCCGGATGTAGACCACTTCTTAGCAAAGTTGCGCAAGGAGCCGGCTGGCGACCAAGCACCTGCTAACACTAGTGATCAACAACAAGATCAAATTACTAGTAACCAGACTCAACCTACCGACGAAGAGCCATCAGCTTATGAGCCGGATGAGGTTAACTCTGATGATGAAATTATTATTCCTATAGTGCCTGACCAACCTGCGGACTTTAAAGCCGCAGTAAGCACTATAGCAGAATATAAGACAAAGGATAAACTTCCACCCATTCAGGAAGAAACATCCAGTCAGGAGAGCAGTCGTTCCACAACTCCTAATCAGGAGGGCATCGACGCTACTTCAGACGTAAATAGTGTAGACTCAGCAGATGAAAGTGCTGAATCGAGCTCAGAAACAGATAGCACCTTTGAAGATGCTACAGAAGATGTTCAACCTCAGCAGGATAGTTCCTCGGCAGTCCGGTCTGTCGGATTAGATGACCAGAATTCCATTGCTAACGCGGCACACGATCGTGGCAATTGTGATAGTAAGGTTATCTTTGAAGATGTCGAGTCGGCCCAGGCTACTACTGCAGAGGCAGTCAACACTGTCCAATCGAGTAACCAGAACTCCATCGCTAACGCGGCATACGATCGTGGCGATTGTGATAGTACGGCTATTTGTGACGATGGTGAGACAATCATTACTGATAGTAGTGAGGGTGACATCACTGATGAACCCCTGGCTACTATAGTAAACACACCTACAACTGTAGATAACAATTTGCCAGCAGTTGCTGTTAAACAACCTAGCCCTACGAAAGTAGAGCTCGTTGTGGGACAGCTGACTAGTATAAAATATGACAATTCCGTGTTAGTAAATCCAGCCAATGAAGCACTTTCCAATGGGGGTGGTGCTGCTAAGGCTATAGCTGACATGGCAGGTCCTAAATATCAGGCTTACTGTGATAGCATAGCGCCTATTACAGGTAATGTTACTACAGAACCTTTTGATGCCGCTAAGTATGGTGTCTCATGTATTTTACATGTGGTGCCACCACGCGGTTCAGATCCTAATGTGCAGGAACTTTTGTACCAGGCGTATAAGAGTATTCTTACTGAACCTGCGCACTACGTTATACCTATCTTAGGTGCTGGCATCTTTGGTTGCAATCCTGTGCATTCGCTTGATGCCTTTAAGAAAGCCTGCCCAAGTGACATCGGGCGTGTAACCCTTGTCACTTTGGACAGCAATCATTTGCAAATTTGGGATGCGATTAACAGAACTGTTGTTCGCACCACAAAGGACTTTGACCAGGTCACCACTAAGGCATTAACACCTCAAGGCATACTTGATGCTAACCTTTTTGATGGCCAAGAATTTGTCCAGGACCCAAAGCCTGGTCAAGTTTATTTGGAGGTTACTGATGAAATACAGCAGCAGGCAAAAGAGCTTGATCTCACCCTGCAGCAGTATGTAACCTACCTTAAACTCTGTCATGCTAACTGGCCCATTAGTCGTACTAATGGCGTTATGCATTTGAAACAACATAGAAATAATTGTTTTGTAAGCGCGGCCTTGAATTTGTTTCAAAACACGCGCTTTCAACTGAGGCCTGCCATTGATCAACTCTACAAAGAGTTTCTTAATGGCAATCCTAGTAGACTTGTAGCTTGGGTCTATGCGGCAACTAACCACACTATTGGTGAGTTTGGATGCCCCCAGGAAGTAATAGCATTGTTCGTTAACAACGCAAACTCTGCATTTTCAGCCACTACAGTTTGTTGTGGCACCTATTTCAACCACACGGGGGTCATATCTGTTTCAAAAGATTATGACCCACTGGTACCGAAGGTCTACTGTATGAAGTGTGACACGTGGACTCCGTTTAACCCTGTTAGTGGTGTAGGAGCAATTGCAGTCGGCACTTCAGATGAGGAACCTACACTTCCTGCCATTAAATATGCGCAAGACCATTGCTGGTATACTAATGGCAAGAAAACTATTAACGGCTATAACGCCAAAGCTAAAGTAGTGGCCACCTATCATAACTTTGATGTGGCACCTGCTCCACGTACAGAGACAGTGTCAATGCCGCTGTCTACTAATAAATACTCTGTACTTCCTACGGAAGACATACCACAGAGTAGTCCACTTTTGTTAGAACCTCCACCCAGGGAACTTCCACAAGATGAAGACAAACCTAAGGCTGAGGTTTTGGACAATCCCACGCACTTAGACCTAATGGACTTGTGGATTCGCAAGCCCAAGTTCATCTTGGTTAAGTCATGGTCTATTTTGGGAAAGGCACTATGTAAAACAGGAACAGTTGTTTTTCTTAGTGCTAAACTCTTACTTAAGTTTTATAACCACCTAGTAGAAATAGGGGCTATAGACAAAACTGTTAAATTGTCTGTTGGTTTGGCCTGTAAGGTGGCACGCCACTTTATGCCATCGGCAGCAACTTTACGGAAAACATGCCTGGGATTGTTTTATTCAACAAAGACAATCTTCATGGCATTAGCTCCATTTTTGATGTTACCGGCTGTAGCGAGTATATTTTCTACTGGTTACAAGCTGGGTGTACACTTATATGCACGTACTGGCATACCATGCGTGTATAATACAACTATGCATTATGATTATAATGCTTTCTGTGCTGGTGATTTAACATGTCTAACATGTTTTAATGGCCAGGACTCATTACATTTGTACCAGCACCTGCGCGTTAATCAACAACCCGTAATGGAAGTTGACTACACGCTTTATGCGCTGGCTTTCATTTTATTACTTGCAAATGCCACTTTAGTTTTAGCGGCCCTTGCATTTGTGTTTATTGTCAA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Protein
MAKNKEKRSPIVLPELVPPPLQLFISVAACEEGHPNNTTYLANYNLYTTKAPPGVQVIKPGISLTDFEAIFGSQPTLRAIRNLVCERNASWANSKDDFYLKAKTLTFSDPVLRAIIRYAPPRISSLAALALFDRLVKIEYDELKKIALDAAVVLAYEGKITTTLADAKSVVLTHKDSYLTLSNDVVGAKFTSVLLAQASPANAAMRFLNFYLYPSATAVEKDGKMQPVACKPIPANAKGKPIQEDCHLIPDYQQLVVSQVEGVDSIVDGVLYLKTSSVPPIYYPRVKGGALLIPLKPQGTSSKKLNVVFHTEPSDVLMAFVQMQQFLSRTEQSWIEVTDAQTYDVSPTVTVRVGVSKPGDVVVSTEEEYLNCFNDPDVKELYKLFRTESWAKLERKFAGLRVRISSALSNFISFLHAIADRFKPLYDVIHAVIYKLQCLSLDAAARIASVKLVYRAGKLIVDAASFVASAIQPLCDFFLPFLKKVADYATYAAGNYMLMFTSAGTFVLKKAPAKIINKVKYIFDVNPDYPVEATTNKVVTHDSLAITDATPTRALEAVDVVVGSTVLQMATDGTSYFPSDGNSASLPGFRAGADHLTVSFVCDLFDDPTNQAINELLAGYELNNLVAPSDSTPRDIARLVVDALVDALTDHFPERVMDLPEDYQVFSSHDDLPLATHHIPDHLTLYVQAMESEDDCEDELYVEDDDYCDQPATNFDDEEGPIPQQWDLPDVDHFLAKLRKEPAGDQAPANTSDQQQDQITSNQTQPTDEEPSAYEPDEVNSDDEIIIPIVPDQPADFKAAVSTIAEYKTKDKLPPIQEETSSQESSRSTTPNQEGIDATSDVNSVDSADESAESSSETDSTFEDATEDVQPQQDSSSAVRSVGLDDQNSIANAAHDRGNCDSKVIFEDVESAQATTAEAVNTVQSSNQNSIANAAYDRGDCDSTAICDDGETIITDSSEGDITDEPLATIVNTPTTVDNNLPAVAVKQPSPTKVELVVGQLTSIKYDNSVLVNPANEALSNGGGAAKAIADMAGPKYQAYCDSIAPITGNVTTEPFDAAKYGVSCILHVVPPRGSDPNVQELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPSDIGRVTLVTLDSNHLQIWDAINRTVVRTTKDFDQVTTKALTPQGILDANLFDGQEFVQDPKPGQVYLEVTDEIQQQAKELDLTLQQYVTYLKLCHANWPISRTNGVMHLKQHRNNCFVSAALNLFQNTRFQLRPAIDQLYKEFLNGNPSRLVAWVYAATNHTIGEFGCPQEVIALFVNNANSAFSATTVCCGTYFNHTGVISVSKDYDPLVPKVYCMKCDTWTPFNPVSGVGAIAVGTSDEEPTLPAIKYAQDHCWYTNGKKTINGYNAKAKVVATYHNFDVAPAPRTETVSMPLSTNKYSVLPTEDIPQSSPLLLEPPPRELPQDEDKPKAEVLDNPTHLDLMDLWIRKPKFILVKSWSILGKALCKTGTVVFLSAKLLLKFYNHLVEIGAIDKTVKLSVGLACKVARHFMPSAATLRKTCLGLFYSTKTIFMALAPFLMLPAVASIFSTGYKLGVHLYARTGIPCVYNTTMHYDYNAFCAGDLTCLTCFNGQDSLHLYQHLRVNQQPVMEVDYTLYALAFILLLANATLVLAALAFVFIVNMYGFTIPYIGTLYIDYQTFLVMSFIVYYVYRVCAFLRHLAKGCKQPTCTLCSKMRTSPTITVETIVQGRKYPSVVETNGGFSICKEHNFYCKNCTAEKPGTFIPTEAVESLSRTTKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARAMHNQTAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVMIAADFDNSGSLKTARELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPLNTYDEVAARMEKYFTLQKITPSGDIFNDLKQATAGQATDSAINAAILAVQRGLDFTIDNPNNILPHYAFDFTTLTADDQATIIETGCAKGNLKGTGVGVILSANLVTRLSQSALRIIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRLKAGAVPSRRVVYTILAICAVYAFAFALSCAAARLTLHTVPSIKTDMRVDNFYVIRDGVLDTIRATDNCFANKFLSFDSFHQATYTNSPACPVVVGVADVKTHSVPGIPAGIILRDNLVLHIYELSIYEREQRASMVRDALKLHTGSIFNLDNRVVVGYTQHEVVVGSSYLRSPALFNAKCTYLQRDGNRTLYCYDAVDVPHKLYSDVLPHVEYQAVDFNGEVVPLKIPEQILYYPHIVRYVSNTYCRMGQCFNTNPGVCVSFTDEFPYSGNEMPGVYCADTSFQLASKLVMGTVSGIHVFTSTAALIASTVVIIVCVVLVLALQRLFREYTTFVMYTCGLAVINLIGIALMYKCLALAVPFYVIYLYFVCTFSSVKRSVALFYFSVVMLPHVSNMQLLAVVVCSIFYCLYNYVYAVTKTGGKFSSFLDASKSTFVIDNDKYVLLRDLAGSDFDAYLASYNKYKYFSGTASDKDYDRVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKLAVVQGVVSKLQAGVKLLLHPSGVVERCMVSVVYNGVALNGIWLKNVVYCPRHVIGKYRGTQWAQMVSIVDCHDFCVKCPTQGVQLNVQSVKMVGALLQLTVHTSNTLTPDYRFERITPGSSMTIACTYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGFTLKGKTLCLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGTFYGPYVDEEIAQNQTAFQYYTDNVVAQMYAHLLTVDANPRWLAQAAISVDDFNAWASSNAFAHFPCEQTNKAYILGLAQVTRVPLERILNTIIQLTLNRDGVMIMGAPDFDCDWTPEMVYNQAPIALQSGVVKKTCMWLFHCLFMAIAIMLAALHVLPVTLYPLALPFAAAIAVFLVLTIKHTVVFTTTFLLPSLIMMVVSANTFWIPNTYLRTLYQYVFGSSISQQLYCYSVALYIGVYVVLAVNYTLRSLRYRATSISTFSIQCFQFGYLLAILYRLFTTKWSENLVFTAASTFTSHPVLAGVCWWVARRIPLPLFVPDVAVHVFTYTVIGYVICMRFGLMWIINRFTAIPMGTYSYMVSIEQLKYMMAVKMSPPRNAFEVLMANLRLLGIGGVRNIAISTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAICKKIVKLHNETLKATTYQDAETSLVKLLAHIVEFLPTDQVDAYLADEEEAQHVNNYLDNLLENTTVVQAVADANINLDSYRIYKEADAIYRRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWERDAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRVKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGISNDNFKVIFNDKDSYLQYVEGNTLIYKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGVPEEYPVVVETVKEGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAIDINGTESTEKSFYITKTGKKILVAVTSTKDNLKTVTCATDTGKAVLNLDPPMRFAHTVGGKQSVVYLYFIQNCSSLNRGMVIGHISGTTILQANGTHIEYQENASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGKPIQGCVQMVAAMGPGFAVTIKPQPSEHQNSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVQIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVAYDCTCGTSLQNSAYLNRVVGSSEARLEPQQPGTIPDAVKRAFHVHNNTTSGIFLSTKTNCARFKTQRCNLPIPYKGLVDLYFVSKQCSLSVFETEEACYNAFDKALITTEDTFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYAIRHLSTSRDVIKEILITICGTPEDWFGELWYDPIENPTFYREFHKLGGVLNRCVLNANKFAEACQQAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFISTQPGNGCCDMSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECYGPDGNAIEYDGFQYDFTDLKLEWFEKYFKFWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNILFAMCIPNTAFGNLCSHATVDGHSVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIAAVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGLTKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLSPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYVEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKILKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMHNINNPILVGWDYPKCDRSMPNILRIASSCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVAAFLSTSTTSHSNNDIACLHRALYEDIYRGDSSDTAVINSFYHHLQTYFGLMILSDDGVACIDSDAAKQGSVADLDGFRDVLFYQNNVYMADSKCWTETDMSVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDSFQTLTDMSYVNNFLQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCSSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTRTSHKRVIAINNYICSVDNCNEDNVEKLYISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSTYDTIAPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVRDVYDQRFIKLVWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGTETYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKSLLPDTVGASFYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYTHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVDTVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKAAMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKVGILVVFRQANELYNSLQFEPIDSQLQAGEPLTSLFKRCSFEYSGQHPAHALTWHDCGAEYRCDEPLAKLVGVTDGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDTYHNMFLTRDVCRAYVQSWIGIDVEAAHATKPNVGTNMPLQVGFSTGKNFSVTPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGDEFKHLKKDMRQARPWKVVRYEIVAHLADVAPHTDYLCFVTWAHQLELATMRYFVKIGVEEQCYCGRRACFTNGVQFACKAHYALTTPPCDYVYNPFLVDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHSNAHVASADAAMTICLAIHELFSSVDWSLEFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRRPGVKYHYYDQAPIVKHVQKLRYKPEMEARFVDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGAALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLVYYSTTDCSSEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQEFISAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGALDVVINSNAVYAKVDNNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKTLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWVDDDTAFTNTLNVSTYTDVDPTNHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVLLTTIKVKKAEPFCFALLLHSMALAIDGQELYIYKRLNGQLVSIDTICTQGRSVDKFIPKTPMERDFLEKSSEEFINLYQLHDLGVEHIIYGDDSKPIIGGTHTLISLVRNKFDFQLVNHIYNPVQNCVVTSTKASSKNVCTILDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKTFSVVIDNQPIRFMLWHDAKVNTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLITDMQPADIPNYHSYTPKVPGVVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPDGTVLIDLDIRDFTSDANQIIVSDYRTYMPPHHIDAIFSDLYCGDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSFSPELYSLAGWFDEYQLYCTAVNATSSEAFLCCFNYLGHAKENVDGYNLHASYIRWRNEIVLTPTYSSLADNPATACKLKATPIISVKELEKKPILKYLVSSGRLLVRPPECRALY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036499 NSP9_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 936 Identity=50.96%
Cov(Q)=14.87% Cov(P)=98.22%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0032259 P:methylation
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GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6307
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
335.107849999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00683
Total prob of N-in:
0.01071
outside
1 - 1554
TMhelix
1555 - 1577
inside
1578 - 1642
TMhelix
1643 - 1665
outside
1666 - 1679
TMhelix
1680 - 1702
inside
1703 - 2044
TMhelix
2045 - 2067
outside
2068 - 2333
TMhelix
2334 - 2356
inside
2357 - 2376
TMhelix
2377 - 2399
outside
2400 - 2426
TMhelix
2427 - 2449
inside
2450 - 2865
TMhelix
2866 - 2885
outside
2886 - 2888
TMhelix
2889 - 2906
inside
2907 - 2912
TMhelix
2913 - 2935
outside
2936 - 2954
TMhelix
2955 - 2977
inside
2978 - 2983
TMhelix
2984 - 3006
outside
3007 - 3015
TMhelix
3016 - 3038
inside
3039 - 3050
TMhelix
3051 - 3073
outside
3074 - 6307
