Strain
Bat_NC_048216
(Region: Kenya; Strain: NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b; Date: 2010/6/21)
Gene
ORF1a protein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTACAACCAGTTGACGCTTGCTGTTGCAAGCGACTCGGAAATTTCAGGTCATGGCTGTTCTTCCCTGTCTGAAGCCGTGCACTCATATAGTGTTGCCGCTTCCAGTGGATTTGGGAACTGCCGTTTTGTGTCTTTTGGTTTGCAGGACCTTGTTAACGGTGTAAAGGATGATGATTTCGTTCTTTGCCTTACTGGTGACAACGTTCTGCGTGCTACCATTGGACCTTTTGGTGACCGACCGTGTAACCTACGTGGTTGGCTCATCTTTTCTAACAGCAACTACACTCTGCAGGACTTTGACGTTAGCTTTGGTGGTTTTGGTGGTAACAAAATACCTGTCGACCAGTACATGTGTGGTTATGATGGCAAGCCTGTCATACCCGCCGGTAGCTGGGAGTTTAAGAACTACTTCGAGGATGGCAACGAGATCACCTTGAATGGTGTCGTTTACTACCTCGCTTGGCAGGTTGAACGTAAACCACTACCGCACGCTAACCAAAATTTGCTGTCTATTACTGAGATCTTGTATCTGTCCAAGGAACAGCACACACTTCTTCCAGGTTCCATTCTTACAACTGCTGCACCTCCTAAGCGTTCTGCTAAGGTTGTGCTCAGTGATGATTGGAAATCTCTGTATGAAGAGTGCGGTTCACCCTTTGTCAACAATGGCACCACACTTCTCGAAGTCGTTCCAAAACCTGTGTTTTTGAATGCATTCGTTAATTGTAAGTGTGGTAACAGTTGTTGGTCTGTAGGTGATTGGACTGGTTATAAGTCAGCGTGTTGTGGTGAGAATGCCCAAAGGGTCTGCGTCGTTCCTGGTGAAGTCGTTGCTGGTGACATTGTCGTCACTTCTAAAGCAGCGGGCGTTGGGGTGAAGTACTACACTGGTATGACACTCAAGTTCGTCAAGGAATGCGGCAATGTCCATTTGTGGCGTGTCATTGCAGTTCAGAGTTCTGATGGTTTTGTCGCATCCTCAACATACGATGAGGATGCTCACTACCGGAAGCTTGACCCGTTCTGCTTTGACGTCAATACCCAGATGGCTAAGGACCTCCGATTGGCCTTTTTGGGCAACCAGCCCTCTGATGCAGTCAAGAATGCCGTTTGCTCTGGTGTCATTGATATCAGTGCTGGTTACTTTGGCCTTTATGATGATATCATAAATAGCCATAAACCATGGTTCGTCCGCAAACTTTCGGGTCTTGTGGATGTTGCCTGGAACAAATTTGTGACTGCACTCAAAAACTTGCCTGTCACTAGTGCACAACTTGTCAAATTCTTGAAGGCCGTTGGTTCTGCAGCTATTGCTGTTACTAACGGTGTTATCAGGATTGTTGCTGATGTGCCTTCTATGTTTGCCGATGCCTTTGAGCTGCTTAAATCTGCTGTTAGTACCATTTTCGACGCAGCGTCGGAAGTGGTTACTATTGGTGGACAACAGTTCAGAGCCATTGGCAGTTACATACTGCTTAACAACGCCATTGTTAAGATTGTCACAGAAAAAGTGAAGGGTGTGCGTGAGCACAGTCTTCGAACTGCCAAGTATGCCAATGCTGTCATTGGTTGTACTGTAGATGTGACACCAACACACATTGAGCCTGCTGTTGTTAGTTTGAAGCTTGTTGACCAAGCTCCTCCAATTGACAAGAAAGGCAGAATCAAGGTGATTGGCGGACAGGCATTTTATTTCTGTAACGGTGTATACCGCTTGATGGCGACTCCAACTGCCGTCTTACAGGAGCCAGTCTTTGCTGGTGAAGCTTCCTATAACATTAAGTTTAAGGAATCTCCGCCTAGTGGCTTCACACAGCGTGTTGTCACCGCTTCCACTTCTGCAGATGCTGTTTTGGAAGTTGAGAGCCTTGTTTCTCACTATCGTACTCCCTTTCTGAGCTTTGTTGTTTCTGTGGAGAAGGGTGAAATTGCTGTAAAGCGTGAGTACATGCTTTGCACGCCCTTTTACATGAAACCTGTAGCTGACAAATGGGAGGCTTTTTGTGTGAGACACTGTTTAGAGCCTTGGTTTGCTGACGACTATGGTGTTATGTGTAACGCCGTTGGAGTTGACACTTGCAAGCCTTCTCATGCAAAGTCACAGGAGTTTTTGGGTAACTTGCGTCCTAAGTGTCCCACCGTTCTTTTTCAGATAGATGGTGGAAAAATTTGGGATACAGTTGTTAACTCGTGTAAGGCTCTATTTGACTTTGTTAAATCTGCCCAGTTTACTCTTACCCCCGACGGTTTGCTGGGTAGTTGTGCTAAGAGGTTCCGTCAGTTTATGGATTTACTTCTTAAGCTTTATAATGAATTTCTGGGTTTAACCTGCAAAGCTGTTAAAACTGCTGGTGTGACTTTTAAGTTTTATGCAGTTGAACAGCCTTATGTGGTTTTCAACGGTGTTCTTAGTCGCCTTGCGCGTAAGAAACCTGCTGATGTTGATTGCTCATTTGACAGCCGTGTTGGCGAGTTTTGGGCATTCATTGATGCCACTTATGCTATTGACAACCCAAAGGTTGCTGATGTTGAACCCCTGGAACTTTCAGAGGTTGACTTTGTGCCTCCTACTAATGGTGGCAGGTTTGTCATCTCTGATGATTTCCTGTGGTACAACAAAGATGACCTTTATTATCCTGCTGGTCTGAGTGGTGTCTTGCCAAAAGCTTTTACTAAAAATGCTGGTGGAAAGATAACATTCTCAGATGAGGTCGTGGTACATGACATTGAACCAACACACAAGGTCAAGCTCATCTATGAGTTTGAGGACGATAAAATTGCCGACATCTGTAAAAAGACTATCGGCAAGCGTATCGTTCACACTGGTGATTGGGACGCATTGTGTAACACGCTTCGCACAGCTTTGGATGTTTTGTCTAAGCATGTTAAGTTACCAGAGTGTTTCATTTATGATGAAGAAGGGGGTAATGATTACACCAAACCTGTCATGATTTCTCAGTGGCCTGCTGCTGCTTCTAGTGATGATGAGAGTGTCGAAGACGTGTGTGAGGACCCCGTCGACGATTCGGCAGATGTTGATGAATCGATGAAAGGTGAGCCACAGATTCAAGACCCTGAACCTGAGATCATCATTGACGAAGTTCAAGAAGTCAATGATGCACTCAATTTCATCGTCCCTACTGAAAGCAGTTATAAACCTGACCCTTTTGCCTACCCGTACAATGACTTTAATGGTTTAAAAGTTTTGAAGCAAAGTCATAACAATTGTTGGGTCAACGCTACTTGCATACAGCTGCAACTTACTGGTTTGTTGTCTGATGAACCAGCAGTGCAGTTGTTTAAGGCAGGTCGTGTTGCACCACTTGTTAAACAATGCTACGAAGCTCTGAGTACCATTAAAGGGGCTTTAGGCGATGTCGCAGAATGCATGGATAAGCTATTGAAAGATAGTTTCACCATGTTTATAACATGTGACACTGTTTGTGGGTGCAAAGTTAGTAGGGCAGAATTCGCTGGGAGTTTCTTCAGGTTTATGCCTGTTGCTACACCATTTCCGTATGGTGGCTGTTCTAATTGTAGAAAAGCCATTATGCATACAATACGGTCTATAAAGGGCACTGGTGTTTTCTCTCAAGCTAAGCCTGCACCATTTGATGTTAAGGACAGTATAGTCCCTGTTAAGTGTGCAGCTGTGTACTTGGGTTCCACAGAGGCCGGCCATTACAAGGTTAACATCTTTGACAAGAAGGTGTCCGTTGATGGTATGGGCGTTACACCTATTAACAACAACAATGTCAACACACTTTGTGTTGTTGATGTTGACTACACTAGCACTGCTGAGACTCCGGTTTTGGAAGTCGACATGAAACCTTTTGCAATCTCTGGTGATGTGCAATTCTTCCAGGGTGAGGTTGGCAAGGTTTTAACCAGTGTTAAGCATGATTTTGTTGTTAATGCTGCCAATGAGAAGTTGGCACATGGTGGGGGTATCGCCAAGGCCTTGAATGATTTTACAGGTGGTGAACTTCAGGTTCTGTCTGACAGGTACATTAAGAAAAATGGTCCTGTCAAGGTTGGTGCTGGTGCTATGATTGACTGTAAGGCTGCGCGTGTGTTGAATGTCGTCGGTCCTAGAGCTGGTAAGCATGAGGTTTCTCTGCTTACAAAAGCCTACAAGACGATTTTACGCACACCTGGTTTTGGTCTTACACCAATACTTAGCTGTGGCATCTTTGGTGTTAAACTCGAAACCTCTCTCAATGTACTCTTGGATGTTATCACAGGTAAGCCACTCAGTGTTGTGGTTTACAGTGATAGTGAGGTTGATGCAGTTAAAACTGTTTTGGCTTCACGAAAGAGTGCTGTGTCTGAAGAGGTTGTGCCGCCTGCTGATAAACCTGCGGCAGAAGAGATTGCACCTGTTAGTGAACCTGCTGATGTTGTTGACGACGTTGTTGTCCAAAAGTCAGGTGTTGACATTCAGCCATTTAGGGTTGAAGGCAACTTTGAGTTTTACAACTGTAACATCACCGATCTTACCGGACCTGAACCATTTGTCTTGTTTACGAGTCCAACACTCAAACTTGATAAGCATGGTGAAGATCTTGATAAGCAGTTGAATGGTGTTCTGTCGTCTGCCATTTCAGATTATCTTAGTAAGAACAAGGCTGTACCCGCTGGCAACATGATTAAACTTGTCGTAGAGAATACGACTGTTTATATGAGTGTTGTCCCTAATGAGCTTGACCCTGCGTTCAGCAAGAATGTTGAACGTTGTGCACATAAGCTCAATAGGCTAAAGCTCAGCTTTGTCACTAACTTACCACCTTCTTATGCGCTTAGAGGCCTGTTGTCAAGCCTCACTGTGCGCATTAAATTTGTCACTCACACAATTGAAGTTGTTGATGAGTGTTTTAAACCCTCTGTTGTCACTGTTAAAGTGACTGAGGATGGTGTCAACGTCAAGGATGTTGTCGTTGACACTTCACAATCTTACCAGTCTCAGATTGGTGTTGTTTCGGACGGCAAAGATGT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Protein
MAYNQLTLAVASDSEISGHGCSSLSEAVHSYSVAASSGFGNCRFVSFGLQDLVNGVKDDDFVLCLTGDNVLRATIGPFGDRPCNLRGWLIFSNSNYTLQDFDVSFGGFGGNKIPVDQYMCGYDGKPVIPAGSWEFKNYFEDGNEITLNGVVYYLAWQVERKPLPHANQNLLSITEILYLSKEQHTLLPGSILTTAAPPKRSAKVVLSDDWKSLYEECGSPFVNNGTTLLEVVPKPVFLNAFVNCKCGNSCWSVGDWTGYKSACCGENAQRVCVVPGEVVAGDIVVTSKAAGVGVKYYTGMTLKFVKECGNVHLWRVIAVQSSDGFVASSTYDEDAHYRKLDPFCFDVNTQMAKDLRLAFLGNQPSDAVKNAVCSGVIDISAGYFGLYDDIINSHKPWFVRKLSGLVDVAWNKFVTALKNLPVTSAQLVKFLKAVGSAAIAVTNGVIRIVADVPSMFADAFELLKSAVSTIFDAASEVVTIGGQQFRAIGSYILLNNAIVKIVTEKVKGVREHSLRTAKYANAVIGCTVDVTPTHIEPAVVSLKLVDQAPPIDKKGRIKVIGGQAFYFCNGVYRLMATPTAVLQEPVFAGEASYNIKFKESPPSGFTQRVVTASTSADAVLEVESLVSHYRTPFLSFVVSVEKGEIAVKREYMLCTPFYMKPVADKWEAFCVRHCLEPWFADDYGVMCNAVGVDTCKPSHAKSQEFLGNLRPKCPTVLFQIDGGKIWDTVVNSCKALFDFVKSAQFTLTPDGLLGSCAKRFRQFMDLLLKLYNEFLGLTCKAVKTAGVTFKFYAVEQPYVVFNGVLSRLARKKPADVDCSFDSRVGEFWAFIDATYAIDNPKVADVEPLELSEVDFVPPTNGGRFVISDDFLWYNKDDLYYPAGLSGVLPKAFTKNAGGKITFSDEVVVHDIEPTHKVKLIYEFEDDKIADICKKTIGKRIVHTGDWDALCNTLRTALDVLSKHVKLPECFIYDEEGGNDYTKPVMISQWPAAASSDDESVEDVCEDPVDDSADVDESMKGEPQIQDPEPEIIIDEVQEVNDALNFIVPTESSYKPDPFAYPYNDFNGLKVLKQSHNNCWVNATCIQLQLTGLLSDEPAVQLFKAGRVAPLVKQCYEALSTIKGALGDVAECMDKLLKDSFTMFITCDTVCGCKVSRAEFAGSFFRFMPVATPFPYGGCSNCRKAIMHTIRSIKGTGVFSQAKPAPFDVKDSIVPVKCAAVYLGSTEAGHYKVNIFDKKVSVDGMGVTPINNNNVNTLCVVDVDYTSTAETPVLEVDMKPFAISGDVQFFQGEVGKVLTSVKHDFVVNAANEKLAHGGGIAKALNDFTGGELQVLSDRYIKKNGPVKVGAGAMIDCKAARVLNVVGPRAGKHEVSLLTKAYKTILRTPGFGLTPILSCGIFGVKLETSLNVLLDVITGKPLSVVVYSDSEVDAVKTVLASRKSAVSEEVVPPADKPAAEEIAPVSEPADVVDDVVVQKSGVDIQPFRVEGNFEFYNCNITDLTGPEPFVLFTSPTLKLDKHGEDLDKQLNGVLSSAISDYLSKNKAVPAGNMIKLVVENTTVYMSVVPNELDPAFSKNVERCAHKLNRLKLSFVTNLPPSYALRGLLSSLTVRIKFVTHTIEVVDECFKPSVVTVKVTEDGVNVKDVVVDTSQSYQSQIGVVSDGKDVLSGTLPSVQDEGQVLVVAPNVDWQTYYGFPEAEAFSTFDCKPYEFENDVVNGMRVMKTSDNNCWVNATCIALQYLKPSFKSEGLRALWNKFVLGDVGQFVRFVYHIAGANKGDKGDAEDTLFKLSKFIESDAVTVLEQYSACVECADTTVTVSGAVVCASVLRDGCDAGHCPHRCKVRARVKSVKGRAVVTNVEVPTVLPANRLLKGVAYVAFSGPVDSGHYTVFDARGKSMYDGDRYLAHDLSTLAVSSVVMTGGYTAHNVTQSVVVKPEPTVMERIDKGAGTFFKWGDFLMHNFVLFFTWLFTMCSLVVTTLRKKDIKIMAMAPERTGVVLRKSLKYNVRASITVVKQKWWLLSMFFKLLLLLYTVYAAVFMSVRFGPFNSHLCDGVVSGYEESSFDKDLYCGNSPMCKMCLFGYQELNDFEHTSVIWRHLTDPLFSSFKPVIVLGLMLIFGNMYLRFSLLYFVAQYFNKLGVFFGFQQTQWYLNVLPFDLVCDELIVSVIVYKALMFLRHVLLGCTDPNCVACSKSARLRRVPLQTIVNGTMRSFYVSANGGAKLCKKHNFFCVNCDEFGPGNTFINGEIARELGNVTKTSVQPTAPAYVIIDKVDFADGFYRLYAGETFWRYDFDITEPKYGCKEVLKNCNTLVDFIVFNNSGTNVTQVKNLCVYLSQLLCKPIKLVDSELLATLSVDFNGVLHKAYVEVLCNSFAKELNANMSMAECKAALGVTVSDEDFVNAVANAHRHDILLSEASFNNFVTSYAKPEEKLSAYDVACCMRAGAKVVNHNVLIKESLSIVWSARDFNTLSQEGRKYIVKTTKAKGLTFLLTFNDNAAITQVPATSIVSKQGAGFKKTYSFIWYTCLFIVALFSLISLWDFTTYVDSFPGYDFKYIENGQLKVFDKPLGCVRNVFNDFNQWHQAKFGSVPTNSDKCPIVVGVSERTNVVPGIPTNVYLVGKTLVFTVQAAFSDTGVCYDLYGPTTPERCIFNSACTKLEGLGGVGVYCHEANLVDGAKLYSDLQPNTYYRYDKDNYVRLPEILMRGFGFKTIRTLATTYCRVGECIDSMRGVCFGLDKWFVYDGSTDGHVCGDGLLDLLLNVLSIFSASFSVAAMSGQIVFNFCIAALVVFMCFLVTKFKRVFGDMSLGVCTVVCATVVNNLSYVVTQNVLFMIVYALLYFAVTRTFRYAWIWYIAYVIAYIFFAPWWLYLWFVIVAIMDLLPNLFKLKVSTHLFDGDKFVGTFENAAAGTFVLDMHSYEKLVNSIAPEKLKSYAASYNKYKYYSGGANEADYRCACYAHLAKAMMDYAQNHNDMLYSPPTISYNSTLQAGLRKMAQPSGRIESCVVRVCYGNTVLNGIWLGDTVYCPRHIIAPCTTSLIDYDHAYSIMRLHNFSISVGNVFLGVISAVMQGSVLRIKVSQNNINTPPHSFRTLKPGESFNILACYDGVASGVFGVNLRTNYTIRGSFINGACGSPGYNVKSDGTVEFVYLHQIELGSGCHVGSSFEGAVYGGFEDQPTLQVESASTLVTDNLLAFLYAALLNGCNWWLKGDVCTVDSYNEWAHANGFTAVNSVDCYSILAAKTGVSVERLLSAIQRLANGFGGKNILGYTSLCDEFTLSEVIKQMYGVSLQSGKTTSVFKTIALFALFFIMFWSELFLYTTSFWFNPVVITPVLGLLVLFSLILTGFVKHKMLFLQAFLLPVVMAMAIYNCAWDMHVNTLLATSFDYHVSFLQMDIQGLLNVVICLLVTFLHTWRFAKANFTSWATYVCSLLAVLYTYFYSGEVLSLLIMFLCAVTNEWYIGAMAYRLARLLITLLPVSLFDYLGETKVLLSVYLILGYLCCVYWGILYWVNRFFKCTMGIYDFKVSPAEFKYMVANGLSAPQGPFDAVVLSFKLLGIGGPRTIKISTVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSNMNIAANSSEWAYCVNLHNKINLCNDPEQAQEMLLALLAFFLSKHSDFGVDELVDSYFENSSTLQSVASSFVNMPSYIAYENARQAYEDAVNNGSNPQLVKQLKRAMNIAKSEFDHELSVQKKIGRMAEQAAAQMYKEARAVNRKAKVISAMHAMLFGMLRRLDMSSVENVLSLARDGVVPLSIIPAASASRLTIVSPDFDSYVKIVFEGCVHYAGVVWNIVDVKDNDGKPVHIKEITKDNVEAIVWPIILNCERVVKLQNNEIMPGKLKQKVARAEGDNGLSAEGKALYNTESGKTFMYAFISSKADLKCVKWEHEGGCATVELDAPCRFMVETPNGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAANSGLLTVCAFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGAGNGQAVTATVDANSNQDSYGGASVCLYCRAHVPHNTMDGYCKYKGKYVQIPMGCMDPIRFCLENEVCKVCGCWLNNGCVCDRTTMQSFDHSYLNGQGALVRLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR011050
Pectin_lyase_fold/virulence
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IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
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IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
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IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
3TLO
E-value=1e-153 Score= 478 Identity=75.91%
Cov(Q)=7.37% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
GO
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4113
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
352.1742
Exp number, first 60 AAs:
0.00111
Total prob of N-in:
0.00048
outside
1 - 1958
TMhelix
1959 - 1981
inside
1982 - 2018
TMhelix
2019 - 2041
outside
2042 - 2110
TMhelix
2111 - 2133
inside
2134 - 2521
TMhelix
2522 - 2544
outside
2545 - 2776
TMhelix
2777 - 2799
inside
2800 - 2824
TMhelix
2825 - 2847
outside
2848 - 2851
TMhelix
2852 - 2874
inside
2875 - 3305
TMhelix
3306 - 3328
outside
3329 - 3331
TMhelix
3332 - 3351
inside
3352 - 3357
TMhelix
3358 - 3380
outside
3381 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3423
TMhelix
3424 - 3446
outside
3447 - 3450
TMhelix
3451 - 3473
inside
3474 - 3492
TMhelix
3493 - 3515
outside
3516 - 4113
